Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Ing4-205ENSMUST00000140131 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Gm44443-201ENSMUST00000204396 5633 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Dok5-201ENSMUST00000029075 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Casc3-201ENSMUST00000017384 3963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Cacna2d2-202ENSMUST00000085092 5183 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Cutc-202ENSMUST00000112047 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Tpm1-208ENSMUST00000113689 904 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Gm14321-201ENSMUST00000127441 632 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Zcchc17-202ENSMUST00000134159 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Zpr1-206ENSMUST00000156440 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Gm28374-201ENSMUST00000162374 728 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Crabp1-201ENSMUST00000034830 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Isl2-201ENSMUST00000034869 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Msl2-201ENSMUST00000085177 4889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Galnt18-201ENSMUST00000049430 2575 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Adamts14-201ENSMUST00000092486 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Hira-202ENSMUST00000120532 2063 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Elavl3-201ENSMUST00000003501 5014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Gch1-201ENSMUST00000089959 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Nid1-201ENSMUST00000005532 6091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Kbtbd2-202ENSMUST00000114323 3816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Appbp2-201ENSMUST00000018625 6463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Haspin-201ENSMUST00000052140 2810 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Gm10516-201ENSMUST00000180598 2615 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Fubp3-202ENSMUST00000113482 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Tfdp2-201ENSMUST00000034982 7354 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Gusb-202ENSMUST00000111307 932 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Slc25a41-202ENSMUST00000169012 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Rgcc-201ENSMUST00000022595 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Lat-201ENSMUST00000032997 1235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Cck-201ENSMUST00000035120 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Ipo8-201ENSMUST00000048418 5360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 AK157302-201ENSMUST00000104942 1924 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Kifc3-212ENSMUST00000213004 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Gm14317-201ENSMUST00000151754 1464 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Dtx2-202ENSMUST00000111142 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Zpbp2-203ENSMUST00000107509 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Gm26697-201ENSMUST00000180898 1760 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Rps6kb2-201ENSMUST00000025749 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Sirt6-201ENSMUST00000042923 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Ap1m1-201ENSMUST00000003117 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Anks1-201ENSMUST00000025058 6844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Syt3-202ENSMUST00000118962 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Actl10-201ENSMUST00000104928 1501 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Actl10-202ENSMUST00000226583 1501 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Anapc7-203ENSMUST00000122010 2950 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Acvrl1-203ENSMUST00000119063 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Tbl1x-201ENSMUST00000088217 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Rb1cc1-201ENSMUST00000027040 7607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Clta-203ENSMUST00000107847 1121 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Pdcd5-202ENSMUST00000120714 767 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Gm14114-201ENSMUST00000139345 287 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Gm17035-201ENSMUST00000170557 419 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Fxyd1-208ENSMUST00000205807 539 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Tekt1-203ENSMUST00000108503 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 4933428P19Rik-201ENSMUST00000199616 1376 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Gfra2-202ENSMUST00000227633 1480 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Col16a1-201ENSMUST00000044565 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Hhatl-201ENSMUST00000035110 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Htr3a-201ENSMUST00000003826 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Klc1-202ENSMUST00000118471 2272 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Cacna1g-201ENSMUST00000021234 8139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Trim28-201ENSMUST00000005705 3245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Rabl6-201ENSMUST00000058137 3230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Trip10-201ENSMUST00000019631 2224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Cfap206-201ENSMUST00000029971 2246 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Mydgf-201ENSMUST00000019723 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Xpo1-202ENSMUST00000102869 6004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Klf5-201ENSMUST00000005279 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Dars-201ENSMUST00000027602 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Raxos1-201ENSMUST00000181100 2547 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Rnf111-201ENSMUST00000034739 4880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 2210016F16Rik-201ENSMUST00000022032 3051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Spopl-203ENSMUST00000132484 6595 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 9130019P16Rik-203ENSMUST00000185712 650 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Dnajc2-201ENSMUST00000030771 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 2510002D24Rik-201ENSMUST00000055413 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Tollip-202ENSMUST00000055819 1100 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Aprt-201ENSMUST00000006764 849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Coro7-202ENSMUST00000090480 1147 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Plcb1-205ENSMUST00000131552 7202 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Nipa2-201ENSMUST00000032635 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Ube2e1-201ENSMUST00000022296 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Snx8-204ENSMUST00000196130 2547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Zbtb2-201ENSMUST00000100077 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Fbxl3-206ENSMUST00000145693 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Zswim4-201ENSMUST00000039480 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 App-201ENSMUST00000005406 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Opa3-202ENSMUST00000161711 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Ubap1-202ENSMUST00000108060 2514 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Mta1-203ENSMUST00000109723 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Mta1-204ENSMUST00000109726 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Mta1-205ENSMUST00000109727 2789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Ptf1aos-201ENSMUST00000122978 916 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Arhgef33-211ENSMUST00000225658 473 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Sap30-201ENSMUST00000034022 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Nrn1-201ENSMUST00000037623 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Lrriq3-201ENSMUST00000029833 2652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Agap1-204ENSMUST00000190096 4078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.3 ms