Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Zkscan17-202ENSMUST00000101150 3771 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Tnfsf13-201ENSMUST00000018896 1407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Celf3-204ENSMUST00000197558 2414 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Stradb-201ENSMUST00000027185 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Gm5901-201ENSMUST00000106805 1140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Gng5-203ENSMUST00000119130 593 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Pigx-210ENSMUST00000155966 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Nudt14-201ENSMUST00000002881 734 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Dhx16-201ENSMUST00000025292 3351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Trim45-202ENSMUST00000094048 1815 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Scrt1-201ENSMUST00000096365 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Zbtb46-202ENSMUST00000087409 2577 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Arf2-202ENSMUST00000063347 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Dap-201ENSMUST00000044524 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Gm12866-201ENSMUST00000128998 1671 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Eva1c-201ENSMUST00000037539 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Cog8-202ENSMUST00000095517 4476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Plekha8-202ENSMUST00000119706 6739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Dsn1-202ENSMUST00000103130 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Pfkfb4-203ENSMUST00000198140 3488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Gm29340-201ENSMUST00000188763 3854 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Nr3c2-203ENSMUST00000109912 5675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Flrt2-202ENSMUST00000110117 3223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Xylt2-201ENSMUST00000116349 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Dab2ip-202ENSMUST00000091010 6455 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Tor2a-201ENSMUST00000009707 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Crem-228ENSMUST00000150235 2662 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 BC029722-201ENSMUST00000124586 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 CT010444.2-201ENSMUST00000217877 1629 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Trip10-202ENSMUST00000224152 1812 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Siglece-201ENSMUST00000032667 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Rnps1-203ENSMUST00000163717 1920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Gm10584-201ENSMUST00000207036 2628 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Mgll-203ENSMUST00000113582 1034 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Mpig6b-202ENSMUST00000174190 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Neurl1b-203ENSMUST00000183077 1084 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Ap3s1-204ENSMUST00000225520 957 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Flywch2-201ENSMUST00000024704 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Chpt1-202ENSMUST00000073783 852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Rab23-201ENSMUST00000088287 4322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Klk9-201ENSMUST00000005891 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 2900052L18Rik-201ENSMUST00000139014 1588 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 P2rx2-201ENSMUST00000058016 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Haus3-201ENSMUST00000060049 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Keap1-201ENSMUST00000049567 3172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Sgms1-201ENSMUST00000099514 3665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Bnc1-201ENSMUST00000026096 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Rnf40Q3U319 Irf3-213ENSMUST00000209066 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 2510009E07Rik-201ENSMUST00000053336 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Mrpl49-201ENSMUST00000007482 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 4933436I20Rik-201ENSMUST00000189405 1434 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Mbd6-201ENSMUST00000026476 4165 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Slc30a5-201ENSMUST00000067246 3179 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Fam178b-202ENSMUST00000170295 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Vwa8-202ENSMUST00000227255 3406 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Dok5-201ENSMUST00000029075 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Rgs6-206ENSMUST00000186309 1693 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Flg-201ENSMUST00000050758 1488 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Steap2-202ENSMUST00000115424 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Gm6576-201ENSMUST00000169678 883 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Pet117-201ENSMUST00000183618 693 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Bax-205ENSMUST00000211365 801 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Sds-201ENSMUST00000066540 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Jph4-202ENSMUST00000124493 3200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 C2cd2-201ENSMUST00000170757 6555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Aldh3a1-201ENSMUST00000019246 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Jup-202ENSMUST00000107403 2386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Gm16386-201ENSMUST00000181397 1423 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Ddc-202ENSMUST00000109659 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Serinc2-203ENSMUST00000122374 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Rabggta-205ENSMUST00000227061 2882 ntAPPRIS P1 BASIC16.95■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Tra2a-204ENSMUST00000204189 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Megf11-210ENSMUST00000164113 6018 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Coil-202ENSMUST00000107898 3120 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Nsmce3-201ENSMUST00000094331 5946 ntAPPRIS P1 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Pias3-201ENSMUST00000064900 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Tpbg-201ENSMUST00000006559 3603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Raf1-201ENSMUST00000000451 3070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Cux2-201ENSMUST00000086317 5113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Fem1b-201ENSMUST00000034775 6785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Lmcd1-201ENSMUST00000032376 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Apoe-205ENSMUST00000173739 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Apoe-209ENSMUST00000174355 1104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Apoe-201ENSMUST00000003066 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Timp2-201ENSMUST00000017610 3709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Mapk8ip1-202ENSMUST00000111279 3274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Gm29208-203ENSMUST00000213687 2219 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Scube3-201ENSMUST00000043503 6699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Inhbc-201ENSMUST00000026472 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Inhba-202ENSMUST00000164993 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Stxbp1-201ENSMUST00000050000 3892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Ankdd1a-201ENSMUST00000061766 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Mrap2-203ENSMUST00000179313 2039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Prss53-202ENSMUST00000205300 1662 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Coro1c-201ENSMUST00000004646 3491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Espn-206ENSMUST00000103196 1323 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Nmt2-203ENSMUST00000102989 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Spire2-202ENSMUST00000212404 2158 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Washc1-201ENSMUST00000072383 2904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Rnf40Q3U319 Yipf5-201ENSMUST00000025364 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.2 ms