Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Dcaf5-201ENSMUST00000054145 5706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Rgp1-203ENSMUST00000117140 1635 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Gjb3-201ENSMUST00000046532 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Irak2-203ENSMUST00000089023 1734 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 BC051019-202ENSMUST00000106735 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Matk-202ENSMUST00000117488 1980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Podxl2-201ENSMUST00000038409 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Btbd10-203ENSMUST00000119278 2394 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Nt5c-202ENSMUST00000106530 836 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Rhoc-202ENSMUST00000106787 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Atp6v1g2-203ENSMUST00000130992 524 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 9130024F11Rik-204ENSMUST00000187927 517 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Vamp8-201ENSMUST00000059983 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Tmtc4-209ENSMUST00000148661 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Atp1b1-201ENSMUST00000027863 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Map3k5-201ENSMUST00000095806 5450 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Nelfb-201ENSMUST00000059849 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Vps53-202ENSMUST00000094015 2645 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Naf1-201ENSMUST00000118009 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Adsl-204ENSMUST00000164806 1595 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Grk3-203ENSMUST00000197776 1570 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Gm14261-201ENSMUST00000145105 1429 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Rev1-201ENSMUST00000027251 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Gck-202ENSMUST00000109822 1786 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Gdap1l1-203ENSMUST00000109421 1206 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Ptpa-208ENSMUST00000131476 989 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Gm20481-201ENSMUST00000173680 564 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Abhd18-206ENSMUST00000203650 797 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Gm26646-202ENSMUST00000205705 439 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Tmem52-201ENSMUST00000023920 932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Aire-213ENSMUST00000148469 1618 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Mfsd13a-202ENSMUST00000128041 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 3110002H16Rik-201ENSMUST00000025276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Chrm4-201ENSMUST00000045537 1440 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Agpat3-203ENSMUST00000105388 3681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Zmym3-204ENSMUST00000118092 1502 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Prrt4-201ENSMUST00000159200 3411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Igsf11-201ENSMUST00000023478 3443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Evx2-201ENSMUST00000001867 4191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Gss-203ENSMUST00000130881 1724 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Naa10-206ENSMUST00000114391 834 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Gm14140-201ENSMUST00000119999 995 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Gm9727-201ENSMUST00000161387 555 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Jpx-202ENSMUST00000182447 712 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Gm43935-201ENSMUST00000203569 1050 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Gm36584-201ENSMUST00000209046 708 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 CT009713.7-201ENSMUST00000224689 571 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Nsmf-201ENSMUST00000006646 2922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Glcci1-201ENSMUST00000064285 6200 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Rnls-201ENSMUST00000096114 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Gm26795-201ENSMUST00000180993 1952 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Casp9-201ENSMUST00000030747 3897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Cnih1-201ENSMUST00000015903 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Tmem214-202ENSMUST00000201203 6110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Cacna1b-202ENSMUST00000070864 9655 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Acss2-202ENSMUST00000065973 2876 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Dnm1-216ENSMUST00000201494 2732 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Yars2-204ENSMUST00000159962 2805 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Ftl2-ps-201ENSMUST00000118517 552 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 2200002J24Rik-201ENSMUST00000013227 333 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Med11-202ENSMUST00000151013 445 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Calcb-203ENSMUST00000182816 706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Pfn3-201ENSMUST00000054146 545 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Gm15590-201ENSMUST00000078419 552 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 1600017P15Rik-201ENSMUST00000083427 412 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Rab3a-201ENSMUST00000034301 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Stxbp5l-202ENSMUST00000114775 1691 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Shroom3-204ENSMUST00000168878 5630 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Ddx41-204ENSMUST00000224765 2199 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Krt6a-201ENSMUST00000023788 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Tfdp2-206ENSMUST00000185644 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Hnrnph1-201ENSMUST00000069304 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Nr1h2-213ENSMUST00000167197 1944 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Bud23-201ENSMUST00000071677 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Zdhhc24-201ENSMUST00000006632 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Ust-201ENSMUST00000061601 4228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Tbxas1-201ENSMUST00000003017 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Rbbp7-203ENSMUST00000112327 1862 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Znrf1-201ENSMUST00000095176 3108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Cds2-202ENSMUST00000103181 8396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 D730003I15Rik-202ENSMUST00000194375 1667 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Klhdc8b-210ENSMUST00000193895 2718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Gm13418-201ENSMUST00000119097 944 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Nudt3-209ENSMUST00000176876 465 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Snrpf-201ENSMUST00000020203 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Urah-207ENSMUST00000211372 688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Urah-201ENSMUST00000026554 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 2010003K11Rik-201ENSMUST00000048482 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Nudt3-202ENSMUST00000062397 558 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Mdk-202ENSMUST00000069423 773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Olfr615-201ENSMUST00000098198 942 ntAPPRIS P1 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Dleu2-208ENSMUST00000182768 1442 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Kcng4-202ENSMUST00000164382 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 5830415G21Rik-201ENSMUST00000192543 1332 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Zfp655-206ENSMUST00000200039 1765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Nkpd1-201ENSMUST00000078908 2753 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Pard3-226ENSMUST00000162907 4682 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Lrrc43-202ENSMUST00000121444 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Mtcl1-201ENSMUST00000086693 7221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Col6a1Q04857 Fam131b-201ENSMUST00000031891 4065 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.2 ms