Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12536-201ENSMUST00000129102 358 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Rhox13-201ENSMUST00000152730 876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28577-201ENSMUST00000176106 741 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h1a-201ENSMUST00000055770 741 ntAPPRIS P1 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Olfr571-201ENSMUST00000061738 969 ntAPPRIS P1 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Thoc7-201ENSMUST00000065865 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Ptprt-201ENSMUST00000109441 6623 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Ripor2-202ENSMUST00000058009 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Urgcp-201ENSMUST00000053427 5527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15743-202ENSMUST00000182690 1901 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Rnls-201ENSMUST00000096114 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Lrig3-201ENSMUST00000074807 4016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Ap1m1-201ENSMUST00000003117 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Eml1-203ENSMUST00000109860 4160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Crhbp-201ENSMUST00000045583 1701 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Ino80e-203ENSMUST00000106343 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Ociad2-202ENSMUST00000200776 2359 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Tnfrsf25-202ENSMUST00000035275 1603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Dscr3-201ENSMUST00000023615 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Dok5-201ENSMUST00000029075 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Xpo6-213ENSMUST00000168189 4552 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Socs4-201ENSMUST00000065562 6877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp133-ps-202ENSMUST00000124788 1079 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13524-201ENSMUST00000125869 662 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Platr15-201ENSMUST00000147128 768 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 2210408F21Rik-212ENSMUST00000152157 490 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Pafah1b3-207ENSMUST00000155118 679 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Bvht-202ENSMUST00000183087 588 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 4930519L02Rik-201ENSMUST00000197683 619 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Gm2270-201ENSMUST00000222858 797 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 AC125350.1-201ENSMUST00000225115 903 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Cklf-201ENSMUST00000034342 667 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Lce3c-201ENSMUST00000055375 567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 4931422A03Rik-201ENSMUST00000056170 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Zbtb45-201ENSMUST00000051390 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Grk6-202ENSMUST00000099482 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Lhx6-203ENSMUST00000112963 3481 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Acvr2a-201ENSMUST00000063886 5686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Eda-202ENSMUST00000113775 5088 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Gpr161-202ENSMUST00000178700 1827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Msi2-201ENSMUST00000092794 1855 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Sco1-201ENSMUST00000092996 2412 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Gm8839-201ENSMUST00000121279 1645 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Cask-201ENSMUST00000033321 4057 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Timm44-201ENSMUST00000003029 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12359-201ENSMUST00000139017 1399 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Ager-201ENSMUST00000015596 1370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Zmynd15-203ENSMUST00000108563 2649 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Men1-205ENSMUST00000113501 2508 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Tubg1-201ENSMUST00000043680 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Gmnn-202ENSMUST00000110382 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11452-201ENSMUST00000122376 690 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10052-201ENSMUST00000168019 960 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 A830052D11Rik-201ENSMUST00000181729 1130 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Hikeshi-207ENSMUST00000207309 835 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Ank1-201ENSMUST00000033947 1030 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Wapl-201ENSMUST00000048263 6351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7729-201ENSMUST00000050143 801 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Ifi27l2a-201ENSMUST00000055071 463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Angptl8-201ENSMUST00000058777 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Sh3glb1-205ENSMUST00000199854 1416 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 2310022A10Rik-201ENSMUST00000067386 2701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Slc35e3-201ENSMUST00000079041 3489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Snx11-202ENSMUST00000107661 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Ccnl1-201ENSMUST00000029416 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Col13a1-204ENSMUST00000105453 2935 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Rab6a-201ENSMUST00000032946 3214 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Nrxn2-202ENSMUST00000113458 3503 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Rusc1-203ENSMUST00000166687 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Arpc5-201ENSMUST00000077755 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Haglr-201ENSMUST00000100000 2085 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Vmn1r17-201ENSMUST00000227186 2234 ntAPPRIS P2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Nfib-205ENSMUST00000107247 3267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp668-203ENSMUST00000106262 3169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Cap1-202ENSMUST00000106255 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxd4-201ENSMUST00000047904 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Slc29a1-202ENSMUST00000064889 1988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Kcna6-204ENSMUST00000185333 5836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Matn4-201ENSMUST00000103103 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Vps37a-201ENSMUST00000098817 6379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Grwd1-201ENSMUST00000107723 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Cadm3-201ENSMUST00000005470 2518 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Ctsg-201ENSMUST00000015583 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Syne4-208ENSMUST00000176304 1006 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Dgcr6-202ENSMUST00000076757 894 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Rad51d-203ENSMUST00000092844 1228 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 AL590614.2-201ENSMUST00000225374 1937 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Gprc5b-201ENSMUST00000008878 4518 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Stk39-201ENSMUST00000102715 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Tmprss5-201ENSMUST00000070390 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Pacsin3-202ENSMUST00000059566 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Mtmr12-201ENSMUST00000038172 6840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Lrch4-201ENSMUST00000031734 3078 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Knl1-201ENSMUST00000028799 5527 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Ppfibp1-201ENSMUST00000016631 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Nsmf-203ENSMUST00000100334 2957 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp2r5e-201ENSMUST00000021447 4810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26892-201ENSMUST00000181695 1636 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Mfsd12-201ENSMUST00000044844 3971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Ccdc3Q9D6Y1 Antxr2-202ENSMUST00000199088 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 50.9 ms