Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC3

Trim41, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM41, mousemouse

Predictions only

Length 630 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim41Q5NCC3 Gm45606-201ENSMUST00000209836 2795 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Ppme1-201ENSMUST00000032963 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Rbpms-213ENSMUST00000191473 2547 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Kdf1-201ENSMUST00000042919 1708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Rab3a-201ENSMUST00000034301 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Snupn-201ENSMUST00000068856 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Sec22b-202ENSMUST00000122288 1177 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 A330070K13Rik-201ENSMUST00000063656 633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Gm26548-201ENSMUST00000181165 2029 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Ttc34-203ENSMUST00000207854 4733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Gja4-201ENSMUST00000053753 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Sec14l1-203ENSMUST00000103026 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Ftl2-ps-201ENSMUST00000118517 552 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Snhg15-203ENSMUST00000134527 675 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Tmem208-201ENSMUST00000015000 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Skiv2l-ps1-201ENSMUST00000173935 658 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Gm20661-203ENSMUST00000177368 900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Rpl18-204ENSMUST00000209693 535 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 AC139382.1-201ENSMUST00000221402 498 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Prdx4-201ENSMUST00000026328 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Krtap19-4-201ENSMUST00000051103 304 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Gm15590-201ENSMUST00000078419 552 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Rogdi-202ENSMUST00000090453 652 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Lpgat1-202ENSMUST00000110856 2792 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Scaf8-201ENSMUST00000076734 4869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Mtss1l-201ENSMUST00000052457 4717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Tigd3-201ENSMUST00000055911 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Nap1l1-201ENSMUST00000065917 1486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Tmed1-201ENSMUST00000034698 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Krt12-201ENSMUST00000017741 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Tcf7l2-203ENSMUST00000111646 2839 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Miga1-205ENSMUST00000199397 2842 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 E530001F21Rik-201ENSMUST00000120991 730 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Gm11424-201ENSMUST00000121929 829 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Nudt3-209ENSMUST00000176876 465 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Arhgef33-209ENSMUST00000225223 714 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Apof-201ENSMUST00000050901 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Nudt3-202ENSMUST00000062397 558 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Spdef-205ENSMUST00000167489 1708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Arhgef16-201ENSMUST00000030898 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Ero1lb-203ENSMUST00000221560 1964 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Gm19439-201ENSMUST00000198195 2273 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Tmed9-201ENSMUST00000109905 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Nosip-201ENSMUST00000003513 1814 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Ostm1-201ENSMUST00000040718 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Plekhg3-201ENSMUST00000075249 5138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Anapc15-204ENSMUST00000106973 650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Kir3dl1-201ENSMUST00000113104 1031 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Tctn3-202ENSMUST00000132452 1271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Gm26646-202ENSMUST00000205705 439 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Gm7506-201ENSMUST00000207758 815 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Ccdc88c-204ENSMUST00000223097 1253 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Dnm1-216ENSMUST00000201494 2732 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Gm26884-201ENSMUST00000181207 3074 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Ing1-207ENSMUST00000211007 2241 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Cxcl12-202ENSMUST00000112866 1878 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Gm14317-201ENSMUST00000151754 1464 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Trim41Q5NCC3 Aspscr1-204ENSMUST00000106159 1615 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Gnb2-212ENSMUST00000150063 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Arl4a-201ENSMUST00000101472 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Naa10-206ENSMUST00000114391 834 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Hagh-202ENSMUST00000118788 1191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Lamtor4-201ENSMUST00000062067 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Ppp1r1b-201ENSMUST00000078694 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Nrbp1-207ENSMUST00000202576 2221 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Nrbp1-201ENSMUST00000031034 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Rara-204ENSMUST00000107475 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 P2rx5-201ENSMUST00000006104 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Fhl2-201ENSMUST00000008280 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Shox2-202ENSMUST00000162060 1537 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Gm14140-201ENSMUST00000119999 995 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Gm7616-201ENSMUST00000143112 624 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Gm6089-201ENSMUST00000197666 938 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Gm43935-201ENSMUST00000203569 1050 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Trappc4-201ENSMUST00000034623 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Sox12-201ENSMUST00000063332 4169 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Sulf2-201ENSMUST00000088086 3927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Ewsr1-203ENSMUST00000079949 2588 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Gm43702-201ENSMUST00000198772 2546 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Htr3a-201ENSMUST00000003826 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Pgc-201ENSMUST00000024782 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Sh2b2-203ENSMUST00000196397 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 4930528D03Rik-201ENSMUST00000181528 1339 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Matn4-201ENSMUST00000103103 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Elac2-202ENSMUST00000101049 2884 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Sqstm1-201ENSMUST00000015981 2673 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Mtmr1-202ENSMUST00000114601 4640 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Csrp3-202ENSMUST00000167786 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Arpp19-210ENSMUST00000170308 429 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Gm20949-201ENSMUST00000206478 952 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Gm45144-201ENSMUST00000207473 354 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Lce1l-201ENSMUST00000054426 670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Hbb-bt-201ENSMUST00000098192 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Phtf1-203ENSMUST00000090685 3006 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Peli2-201ENSMUST00000073150 5900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 0610009E02Rik-201ENSMUST00000133463 1609 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Dok3-202ENSMUST00000223563 1644 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Krt23-201ENSMUST00000006969 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Pitx1-201ENSMUST00000021968 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Trim41Q5NCC3 Tm4sf4-201ENSMUST00000029377 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.2 ms