Protein–RNA interactions for Protein: Q9ERG0

Lima1, LIM domain and actin-binding protein 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 753 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lima1Q9ERG0 Tcf3-204ENSMUST00000105340 2826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Tcf3-202ENSMUST00000020379 2829 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Tmem87b-201ENSMUST00000110325 4807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Gm45736-201ENSMUST00000210592 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Wnt10b-207ENSMUST00000228594 1510 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Gnb3-201ENSMUST00000024206 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Ccnd3-202ENSMUST00000171031 2113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Pcdh1-203ENSMUST00000160721 5416 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Praf2-201ENSMUST00000033489 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Tmem50b-201ENSMUST00000023686 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Rint1-205ENSMUST00000120869 1886 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Sirt6-201ENSMUST00000042923 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Necab3-202ENSMUST00000109716 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Hdhd2-202ENSMUST00000097521 1716 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Ric1-201ENSMUST00000043610 7190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Nap1l4-201ENSMUST00000072727 2285 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Safb-207ENSMUST00000182533 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Josd2-206ENSMUST00000121922 684 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Ost4-201ENSMUST00000132034 576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Zmynd19-202ENSMUST00000148042 1103 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Fam167b-201ENSMUST00000052835 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Pusl1-201ENSMUST00000097737 1243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Tubgcp4-202ENSMUST00000110657 1992 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Zkscan3-204ENSMUST00000117721 5788 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Stx7-201ENSMUST00000020174 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Tnfrsf25-201ENSMUST00000025706 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Mapk8ip1-201ENSMUST00000050312 2930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 A930001A20Rik-201ENSMUST00000182586 1366 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Fyn-201ENSMUST00000063091 3562 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Gclc-201ENSMUST00000034905 3423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Kbtbd2-202ENSMUST00000114323 3816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Taf6l-213ENSMUST00000189739 1794 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Tll1-201ENSMUST00000066166 4767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Tcf3-209ENSMUST00000105345 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Mbnl1-201ENSMUST00000099087 5655 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Degs1-201ENSMUST00000035295 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Gk5-201ENSMUST00000085217 2815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Rnf170-209ENSMUST00000209300 1881 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Hsd17b4-201ENSMUST00000025385 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Lhx8-205ENSMUST00000205251 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Wbp1-202ENSMUST00000113936 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Fhl1-201ENSMUST00000023854 2356 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Trim14-202ENSMUST00000102924 1582 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Trim45-202ENSMUST00000094048 1815 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 A4galt-201ENSMUST00000049530 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Rbm26-202ENSMUST00000100327 3634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Pten-201ENSMUST00000013807 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Gpc5-202ENSMUST00000175665 2187 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Rgs19-207ENSMUST00000108779 642 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Rint1-204ENSMUST00000117783 560 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Dohh-206ENSMUST00000131968 672 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 4930412O13Rik-201ENSMUST00000026889 1187 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Uchl1-201ENSMUST00000031131 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Cck-201ENSMUST00000035120 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Bmyc-201ENSMUST00000061483 983 ntAPPRIS P1 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Ppfia3-207ENSMUST00000211067 4565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Plppr5-201ENSMUST00000039564 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 A4galt-202ENSMUST00000164614 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Shank3-202ENSMUST00000066545 4702 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Zswim1-201ENSMUST00000017908 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Psmd12-203ENSMUST00000106752 1955 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Irf3-213ENSMUST00000209066 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Usp43-202ENSMUST00000108677 4447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Ttyh1-217ENSMUST00000206869 1491 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Ctnna2-204ENSMUST00000160894 4162 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Urgcp-206ENSMUST00000170116 5528 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Cacna1h-205ENSMUST00000159610 8230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Cacna1h-201ENSMUST00000078496 8220 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Mesp2-201ENSMUST00000107394 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Raxos1-201ENSMUST00000181100 2547 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Celf3-208ENSMUST00000198316 2505 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Espn-204ENSMUST00000080042 1402 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 St8sia1-201ENSMUST00000032421 8991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Casp3-201ENSMUST00000093517 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 P2rx2-201ENSMUST00000058016 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Tef-201ENSMUST00000023024 4079 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Kpna4-203ENSMUST00000194558 3726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Spats2l-212ENSMUST00000170139 2315 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Nr1h2-203ENSMUST00000107911 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Nrip1-201ENSMUST00000054178 4529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Cox7a2l-202ENSMUST00000167741 1147 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Gm17035-201ENSMUST00000170557 419 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 2310001K24Rik-202ENSMUST00000186760 740 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 2510002D24Rik-204ENSMUST00000191388 995 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Gm42738-201ENSMUST00000201813 439 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Tomm20-202ENSMUST00000212771 458 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Ntpcr-201ENSMUST00000034313 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Dhfr-201ENSMUST00000022218 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Prss33-201ENSMUST00000059906 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Endov-203ENSMUST00000106245 5126 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Arl4c-202ENSMUST00000159814 3997 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Fam214b-204ENSMUST00000107958 3280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Lima1Q9ERG0 Prkab1-202ENSMUST00000111999 2026 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
Lima1Q9ERG0 Vmn1r17-204ENSMUST00000228294 2084 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Lima1Q9ERG0 Gpsm1-202ENSMUST00000066936 3384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Lima1Q9ERG0 Pigu-201ENSMUST00000077626 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Lima1Q9ERG0 Ffar3-201ENSMUST00000094583 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Lima1Q9ERG0 Zfp553-201ENSMUST00000056232 3043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Lima1Q9ERG0 Arhgap42-201ENSMUST00000093893 6116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Lima1Q9ERG0 Bmp2k-201ENSMUST00000035635 7387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.8 ms