Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Ttyh1-217ENSMUST00000206869 1491 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Rabep1-201ENSMUST00000076270 5408 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Akp-ps1-202ENSMUST00000212812 1959 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Rcc2-201ENSMUST00000038893 3767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Papd4-201ENSMUST00000048702 2990 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Slc6a8-206ENSMUST00000164449 2151 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Cisd2-202ENSMUST00000120988 1363 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Nkx2-1-201ENSMUST00000001536 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Trim14-202ENSMUST00000102924 1582 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Papolb-201ENSMUST00000099400 4239 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 4930461C15Rik-201ENSMUST00000133622 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Fam71e1-202ENSMUST00000205359 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Agk-201ENSMUST00000031977 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Snph-203ENSMUST00000109875 4910 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Gm26889-201ENSMUST00000181523 2252 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Plekha4-206ENSMUST00000211155 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Mapt-202ENSMUST00000106988 2202 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Agap1-204ENSMUST00000190096 4078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Clta-203ENSMUST00000107847 1121 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Gm6433-201ENSMUST00000118634 875 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Smim14-202ENSMUST00000121661 1056 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 D330023K18Rik-201ENSMUST00000133550 920 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Gm10231-201ENSMUST00000181584 441 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Atp5g2-202ENSMUST00000185641 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Gm10175-202ENSMUST00000208752 441 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Nudt8-202ENSMUST00000025802 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Atp5g2-201ENSMUST00000075630 441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Gm10549-201ENSMUST00000097634 450 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Bcr-201ENSMUST00000164107 6839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Kctd8-201ENSMUST00000054095 2859 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Npffr1-201ENSMUST00000020287 3479 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Bfsp2-201ENSMUST00000124310 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Spats2l-212ENSMUST00000170139 2315 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Zfp691-201ENSMUST00000052715 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Igdcc3-203ENSMUST00000217371 3183 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Fbxl3-206ENSMUST00000145693 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Eva1c-202ENSMUST00000099543 1554 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Fam185a-201ENSMUST00000056045 3027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Ube2r2-201ENSMUST00000040008 3600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Rcc2-202ENSMUST00000071169 3999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Gabrb3-201ENSMUST00000039697 5579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Zbtb16-202ENSMUST00000216150 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Shank3-202ENSMUST00000066545 4702 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Mccc1-201ENSMUST00000029259 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Tuba8-201ENSMUST00000032233 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Gm20635-201ENSMUST00000176473 1287 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Gm26643-201ENSMUST00000180854 1274 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 AC133083.1-201ENSMUST00000221736 2209 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Slc1a6-201ENSMUST00000005490 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Klhdc8b-214ENSMUST00000195435 1612 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Gm5421-201ENSMUST00000181698 2354 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Ddx50-201ENSMUST00000020270 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Cyb561d2-201ENSMUST00000041459 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Slc37a4-203ENSMUST00000213388 2344 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 9530085L11Rik-201ENSMUST00000203963 2115 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Fam57a-201ENSMUST00000094014 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Mesp2-201ENSMUST00000107394 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Rnpep-202ENSMUST00000077340 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Camk2d-226ENSMUST00000199300 5524 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Tax1bp3-201ENSMUST00000040687 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Senp7-211ENSMUST00000202000 3218 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Ptprs-201ENSMUST00000067538 6855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Gm45560-201ENSMUST00000211492 1472 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Adgrl1-201ENSMUST00000045393 5643 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Ffar3-201ENSMUST00000094583 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Kri1-205ENSMUST00000184326 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Rint1-204ENSMUST00000117783 560 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Arrdc4-202ENSMUST00000118110 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 4732471J01Rik-202ENSMUST00000205787 991 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Cyp46a1-201ENSMUST00000021684 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 AC175538.1-201ENSMUST00000225343 1269 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Grhpr-201ENSMUST00000045078 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Limd2-202ENSMUST00000064545 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Rerg-202ENSMUST00000117919 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Trpc1-204ENSMUST00000189137 4559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Dbx1-201ENSMUST00000032717 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Siglecf-202ENSMUST00000121494 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Krt6b-201ENSMUST00000023786 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Higd1a-201ENSMUST00000060251 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Sirt6-201ENSMUST00000042923 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Apeh-206ENSMUST00000193254 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Kdelc2-201ENSMUST00000037853 3642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Syngap1-204ENSMUST00000194598 6011 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Rfx7-202ENSMUST00000163401 7880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Exoc8-201ENSMUST00000098312 4598 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Bend6-204ENSMUST00000129464 1750 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Phax-201ENSMUST00000008445 1942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Rasgrp1-207ENSMUST00000178884 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Hspa1b-201ENSMUST00000172753 2803 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Tmem183a-201ENSMUST00000049470 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Hnrnpll-201ENSMUST00000061331 3116 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Fubp3-202ENSMUST00000113482 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Comtd1-204ENSMUST00000177527 714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Smim22-201ENSMUST00000178155 429 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Ankrd39-202ENSMUST00000194894 664 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Trappc6a-201ENSMUST00000002112 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Mrpl21-202ENSMUST00000025745 1138 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Zbtb7c-201ENSMUST00000058997 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Coro7-202ENSMUST00000090480 1147 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Foxc2-201ENSMUST00000054691 2725 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.3 ms