Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Rnf170-209ENSMUST00000209300 1881 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Snx9-201ENSMUST00000002436 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Prss53-202ENSMUST00000205300 1662 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Grina-201ENSMUST00000023225 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Adgrb2-204ENSMUST00000106015 4982 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Igflr1-202ENSMUST00000172251 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Gm18025-201ENSMUST00000221733 862 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Cdk10-201ENSMUST00000036880 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Frrs1l-201ENSMUST00000053681 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Usp4P35123 C130074G19Rik-201ENSMUST00000048308 3035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Crocc-203ENSMUST00000102491 6582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Usp4P35123 AC153526.5-201ENSMUST00000218661 2147 ntBASIC17.27■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Trpv4-203ENSMUST00000112219 2295 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Dera-201ENSMUST00000087675 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Usp4P35123 A930001A20Rik-201ENSMUST00000182586 1366 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Agap1-204ENSMUST00000190096 4078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Sik3-204ENSMUST00000126865 6287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Tmem132c-201ENSMUST00000119026 5134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Atxn7-202ENSMUST00000223714 2954 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Atxn7-201ENSMUST00000022257 6853 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Hsf4-202ENSMUST00000163734 1630 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Nhsl1-209ENSMUST00000207038 4854 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Papd4-205ENSMUST00000225868 3081 ntAPPRIS ALT1 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Golga5-201ENSMUST00000021609 3390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Shcbp1l-201ENSMUST00000042373 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gm30025-201ENSMUST00000218555 728 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Lgr6-202ENSMUST00000137968 2820 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Disp3-201ENSMUST00000047720 5282 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Arhgap39-202ENSMUST00000077821 4494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Myo9b-206ENSMUST00000212935 6316 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Sh2b1-201ENSMUST00000032978 3393 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Ctla2a-201ENSMUST00000021880 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Lman2l-202ENSMUST00000115011 2290 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Rft1-201ENSMUST00000064230 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Cpd-201ENSMUST00000021201 7946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Lefty2-201ENSMUST00000085797 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Eda-202ENSMUST00000113775 5088 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Fam171b-201ENSMUST00000051454 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Fgfr1-214ENSMUST00000178276 4741 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Plekhf1-201ENSMUST00000098513 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Nap1l4-201ENSMUST00000072727 2285 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gm24841-201ENSMUST00000158676 357 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gm28374-201ENSMUST00000162374 728 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Mrpl13-205ENSMUST00000172387 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Arhgef4-208ENSMUST00000211073 171 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Thap3-201ENSMUST00000036680 1124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Hist1h2bh-201ENSMUST00000224359 1679 ntAPPRIS P1 BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Iqsec2-203ENSMUST00000112605 6017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Tmem50b-201ENSMUST00000023686 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Tbc1d12-201ENSMUST00000037302 4209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Sybu-202ENSMUST00000110267 3127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Mef2d-201ENSMUST00000001455 5401 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 4930432B10Rik-202ENSMUST00000181330 1612 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gm9917-202ENSMUST00000181099 1499 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Rbck1-201ENSMUST00000028964 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Mrpl49-201ENSMUST00000007482 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Slit1-201ENSMUST00000025993 5045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Nr1h2-203ENSMUST00000107911 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Perp-201ENSMUST00000019998 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Tnip2-202ENSMUST00000087737 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Kcnq5-203ENSMUST00000115300 6975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Alcam-201ENSMUST00000023312 6036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gpc5-202ENSMUST00000175665 2187 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Cdca7-201ENSMUST00000102691 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gas5-203ENSMUST00000159119 665 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gm36736-201ENSMUST00000206060 646 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 AC156016.1-201ENSMUST00000227190 1035 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Asic4-202ENSMUST00000113577 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gata5-201ENSMUST00000015771 3277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Cachd1-202ENSMUST00000097955 4277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Fhl1-201ENSMUST00000023854 2356 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 B4galt7-201ENSMUST00000064701 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Itgb4-205ENSMUST00000106461 6208 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Rnf103-202ENSMUST00000114178 3431 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Derl3-201ENSMUST00000009236 1321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Amigo1-202ENSMUST00000106656 5482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Taf5l-202ENSMUST00000165628 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Trim7-202ENSMUST00000109213 2356 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Mmp28-204ENSMUST00000119346 1517 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Shox2-202ENSMUST00000162060 1537 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Coch-202ENSMUST00000164782 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Lhx5-201ENSMUST00000031591 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Dnajc2-204ENSMUST00000115195 1994 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Atf7ip2-204ENSMUST00000119023 1048 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gm12382-201ENSMUST00000122005 922 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gm17661-201ENSMUST00000170317 270 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gm42545-201ENSMUST00000202755 922 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gm21814-202ENSMUST00000203277 873 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gm16042-201ENSMUST00000204813 1247 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Myoz1-201ENSMUST00000090469 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 A4galt-201ENSMUST00000049530 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Gfy-201ENSMUST00000179443 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Oas1b-201ENSMUST00000086377 1832 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Zkscan6-202ENSMUST00000071465 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Hs3st5-203ENSMUST00000168572 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Zswim1-201ENSMUST00000017908 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Med15-202ENSMUST00000080936 3263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Tcf3-207ENSMUST00000105343 2920 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Map4k5-201ENSMUST00000049239 4452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Usp4P35123 Krt13-201ENSMUST00000007275 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.2 ms