Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Pprc1-203ENSMUST00000111899 5246 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Wipf1-202ENSMUST00000102679 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Ppp2r2a-204ENSMUST00000225380 1988 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Fzd5-201ENSMUST00000063982 6915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Arhgef11-201ENSMUST00000039476 6776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Gm6277-201ENSMUST00000180860 1839 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Srpr-201ENSMUST00000034541 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Wapl-201ENSMUST00000048263 6351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Tmem117-201ENSMUST00000080141 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Klhl33-201ENSMUST00000164415 1602 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Lmtk2-201ENSMUST00000041804 8114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Gm26755-201ENSMUST00000180703 2657 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Casp3-204ENSMUST00000211115 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Trhde-201ENSMUST00000061632 5714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Pias4-201ENSMUST00000005064 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Lhx6-208ENSMUST00000148852 1481 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Btbd1-201ENSMUST00000026093 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Gas5-203ENSMUST00000159119 665 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Cox7a2l-202ENSMUST00000167741 1147 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Alkbh1-212ENSMUST00000185301 408 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Btg1-202ENSMUST00000218953 668 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Gm5417-201ENSMUST00000079706 384 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Gm16638-201ENSMUST00000148687 1865 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Gm26663-201ENSMUST00000181105 1882 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Atp2b2-201ENSMUST00000089003 7067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Slc6a17-208ENSMUST00000169449 6322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Slc6a17-201ENSMUST00000029499 6308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Lrrfip2-201ENSMUST00000035078 3260 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Tmem175-204ENSMUST00000146207 1686 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Rcc1-203ENSMUST00000105951 2326 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 BC029722-201ENSMUST00000124586 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Bmp2k-201ENSMUST00000035635 7387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Stk33-201ENSMUST00000090414 2221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Tspan4-201ENSMUST00000026585 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Hyls1-201ENSMUST00000115110 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Atp5b-201ENSMUST00000026459 1916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Rab33b-201ENSMUST00000054387 3492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Pex12-205ENSMUST00000175741 2337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Plxdc1-202ENSMUST00000107564 619 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Gm15375-201ENSMUST00000119510 849 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Gm35240-201ENSMUST00000218335 661 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Rps28-201ENSMUST00000087342 392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Ppp2r5e-201ENSMUST00000021447 4810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Hs3st2-201ENSMUST00000084628 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Zfp995-205ENSMUST00000190066 2221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Dennd4b-202ENSMUST00000129564 5647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Trip6-201ENSMUST00000024119 2168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Urgcp-201ENSMUST00000053427 5527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Tnfrsf25-202ENSMUST00000035275 1603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Klhdc4-201ENSMUST00000045884 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Xrcc1-205ENSMUST00000205573 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Lpin2-213ENSMUST00000156570 1586 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Sctr-201ENSMUST00000072886 2012 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Snx30-201ENSMUST00000030080 7314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Wnt10b-207ENSMUST00000228594 1510 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Rapgef3-207ENSMUST00000134885 1422 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Sbk2-202ENSMUST00000182214 2236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Zkscan3-204ENSMUST00000117721 5788 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Ankrd50-202ENSMUST00000120875 4945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Dusp12-201ENSMUST00000027970 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Bloc1s3-201ENSMUST00000077408 3188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Nfkbid-202ENSMUST00000108175 2000 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Ccl27a-219ENSMUST00000173865 657 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Ndufa6-201ENSMUST00000023085 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Mrps28-201ENSMUST00000042148 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Arid3b-202ENSMUST00000098686 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Otp-201ENSMUST00000022195 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Zmym3-206ENSMUST00000120107 5882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Sh3bp2-203ENSMUST00000118545 3034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Nubpl-201ENSMUST00000040090 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Rabl6-201ENSMUST00000058137 3230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Ank1-203ENSMUST00000110688 7206 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Ccnd3-202ENSMUST00000171031 2113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Zfp384-207ENSMUST00000112427 3072 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Capg-202ENSMUST00000114071 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Snip1-201ENSMUST00000052183 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Gm9867-201ENSMUST00000192212 2647 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Dbnl-202ENSMUST00000102928 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Apba3-211ENSMUST00000220297 2268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 App-201ENSMUST00000005406 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Cbl-204ENSMUST00000205968 2809 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Rgl3-201ENSMUST00000045726 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Wac-215ENSMUST00000171042 2205 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Psmd4-202ENSMUST00000107237 1332 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Kctd6-202ENSMUST00000170111 3052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Mta1-203ENSMUST00000109723 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Mta1-204ENSMUST00000109726 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Mta1-205ENSMUST00000109727 2789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Bicdl1-204ENSMUST00000121746 1568 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Ccdc166-202ENSMUST00000183130 1563 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Gm43799-201ENSMUST00000201845 579 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Letm2-208ENSMUST00000210616 2974 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Tpsb2-201ENSMUST00000069616 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Snx12-201ENSMUST00000077876 1002 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Pdss2-201ENSMUST00000095725 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Seh1l-201ENSMUST00000025421 3516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col28a1Q2UY11 Gpr6-201ENSMUST00000061796 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Epor-201ENSMUST00000006397 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Klf5-201ENSMUST00000005279 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Col28a1Q2UY11 Cep152-201ENSMUST00000089776 5768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.4 ms