Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

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Length 1,051 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Gdf15-201ENSMUST00000003808 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Psmd8-201ENSMUST00000059642 1540 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Ush1c-208ENSMUST00000177212 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Gja4-201ENSMUST00000053753 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Tgfb1i1-205ENSMUST00000165667 1812 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Uchl5-201ENSMUST00000018333 1845 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Apbb1-205ENSMUST00000187057 1630 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Olah-203ENSMUST00000194918 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Epor-201ENSMUST00000006397 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Shroom4-202ENSMUST00000103005 4839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Ddah2-204ENSMUST00000174493 1254 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 H2afz-207ENSMUST00000174561 810 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Gm22240-201ENSMUST00000175225 82 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Gm27463-201ENSMUST00000183569 57 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Akip1-201ENSMUST00000033335 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Wnt2b-201ENSMUST00000029429 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Mccc1-201ENSMUST00000029259 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Tap1-201ENSMUST00000041633 2614 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Tekt1-203ENSMUST00000108503 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Eva1c-201ENSMUST00000037539 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Sh3bp2-203ENSMUST00000118545 3034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Trim7-202ENSMUST00000109213 2356 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Mettl27-205ENSMUST00000111221 1796 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Trappc3-201ENSMUST00000030660 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Arntl-201ENSMUST00000047321 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Cenps-207ENSMUST00000177408 689 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Gm26938-201ENSMUST00000182839 744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Fgfr1op2-202ENSMUST00000058245 918 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Gm10812-201ENSMUST00000099864 546 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Pde8b-208ENSMUST00000162292 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Map3k5-201ENSMUST00000095806 5450 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Pkp2-202ENSMUST00000161342 2931 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Ube2j2-201ENSMUST00000024056 3483 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Aldh5a1-201ENSMUST00000037615 5647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Washc1-202ENSMUST00000116556 2887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Dmpk-203ENSMUST00000108474 2591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Fbxl3-206ENSMUST00000145693 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Neurl1b-201ENSMUST00000053020 6195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Tlk1-201ENSMUST00000038584 4280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Heyl-201ENSMUST00000040821 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Gprc5b-201ENSMUST00000008878 4518 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Nr1h3-202ENSMUST00000111354 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Vstm5-201ENSMUST00000034413 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Ulk1-201ENSMUST00000031490 5213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Bend5-201ENSMUST00000030274 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 E030042O20Rik-201ENSMUST00000135244 1427 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Slc2a13-202ENSMUST00000109283 6536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Dohh-202ENSMUST00000121047 946 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Gm14453-201ENSMUST00000139677 553 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Sct-202ENSMUST00000167790 507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 D330020A13Rik-201ENSMUST00000181956 1069 ntAPPRIS P1 BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Spcs1-201ENSMUST00000186131 1005 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Pgpep1-208ENSMUST00000211715 676 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Pomc-204ENSMUST00000219543 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Arhgef33-211ENSMUST00000225658 473 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Sct-201ENSMUST00000046156 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Acot7-206ENSMUST00000167926 1505 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Dnajb11-204ENSMUST00000166487 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Gm19430-201ENSMUST00000193847 2137 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Rogdi-207ENSMUST00000202281 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Nepro-201ENSMUST00000048788 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Usp28Q5I043 Lefty2-201ENSMUST00000085797 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Gm3468-201ENSMUST00000165193 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Gm2956-201ENSMUST00000177786 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Ccdc30-201ENSMUST00000044781 1464 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Mirt1-201ENSMUST00000180489 5292 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Bicdl1-204ENSMUST00000121746 1568 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Hmgb3-202ENSMUST00000072699 1571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Polr1c-201ENSMUST00000087026 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Mesp2-201ENSMUST00000107394 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Tbx18-201ENSMUST00000034991 4679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Lncpint-201ENSMUST00000115107 1676 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Helt-201ENSMUST00000058636 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Lrrc58-201ENSMUST00000078717 8604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Otp-201ENSMUST00000022195 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Pip4k2a-201ENSMUST00000006912 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Vegfa-201ENSMUST00000024747 2765 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Ptprn-201ENSMUST00000027404 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Senp7-211ENSMUST00000202000 3218 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Bpifb3-201ENSMUST00000088950 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Ptpre-207ENSMUST00000211140 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Krt27-201ENSMUST00000017732 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Arhgap21-201ENSMUST00000114594 7351 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Zfp655-206ENSMUST00000200039 1765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 H2-Q4-201ENSMUST00000081435 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Rabggta-201ENSMUST00000062861 2338 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Neurl1a-202ENSMUST00000111808 4157 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Noc4l-201ENSMUST00000042147 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 AC093043.3-201ENSMUST00000226531 2273 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Hace1-201ENSMUST00000037044 3785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Zfp384-208ENSMUST00000112428 3132 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Usp27x-201ENSMUST00000115744 3240 ntAPPRIS P1 BASIC18.75■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Lcmt2-201ENSMUST00000099486 2047 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 C1qtnf5-202ENSMUST00000114816 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Gm11539-201ENSMUST00000119837 557 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Tpsg1-202ENSMUST00000160377 1040 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Dleu2-210ENSMUST00000183054 722 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Cpne1-217ENSMUST00000184265 871 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Ssr2-207ENSMUST00000195014 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Usp28Q5I043 Fxyd1-208ENSMUST00000205807 539 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.2 ms