Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Tdrd7-201ENSMUST00000102929 3716 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Rnf40Q3U319 Skor1-202ENSMUST00000116613 3591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Rnf40Q3U319 Ptgs1-201ENSMUST00000062069 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Rnf40Q3U319 Ruvbl1-201ENSMUST00000032165 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Rnf40Q3U319 Scamp3-201ENSMUST00000029684 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Rnf40Q3U319 Hmga1-205ENSMUST00000118599 529 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Rnf40Q3U319 Gm13620-201ENSMUST00000131198 511 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Rnf40Q3U319 St6galnac2-201ENSMUST00000079545 3643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Rnf40Q3U319 Ankrd44-210ENSMUST00000179030 6140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Rnf40Q3U319 Prss53-201ENSMUST00000121394 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Rnf40Q3U319 Hnrnph1-202ENSMUST00000077817 2126 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Rnf40Q3U319 Ankrd44-201ENSMUST00000044359 6192 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Rnf40Q3U319 Gbe1-203ENSMUST00000163832 2984 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Rnf40Q3U319 Tprn-201ENSMUST00000114336 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Rnf40Q3U319 Meis2-204ENSMUST00000110906 3229 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Col13a1-203ENSMUST00000105452 3037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Rhot1-203ENSMUST00000077451 3297 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Kif1c-201ENSMUST00000072187 5046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Sdc1-205ENSMUST00000171158 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Dcdc2a-201ENSMUST00000036932 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Sppl2b-201ENSMUST00000035597 2869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 4430402I18Rik-205ENSMUST00000162110 1559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Ndufaf3-201ENSMUST00000074208 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Capn15-205ENSMUST00000212520 5216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Nat9-201ENSMUST00000103038 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Gm42555-201ENSMUST00000199304 1039 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 AC161424.1-202ENSMUST00000213570 767 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 1700052K11Rik-201ENSMUST00000190120 3708 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Lat2-202ENSMUST00000077636 1717 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Sass6-205ENSMUST00000198311 2404 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Hyls1-201ENSMUST00000115110 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 9130019P16Rik-202ENSMUST00000145111 4486 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Gdf5-201ENSMUST00000040162 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Galt-202ENSMUST00000108038 1859 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Tnxb-202ENSMUST00000168533 9381 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Tox3-201ENSMUST00000109621 3356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Fam222b-202ENSMUST00000100782 2473 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Zswim1-201ENSMUST00000017908 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Cyfip2-205ENSMUST00000165599 6659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Plk1-201ENSMUST00000033154 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 B230219D22Rik-201ENSMUST00000057844 4652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Foxl2-201ENSMUST00000051312 3256 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Cdc42se2-201ENSMUST00000064104 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Phc2-201ENSMUST00000030588 3949 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Alad-202ENSMUST00000107444 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Arl2bp-202ENSMUST00000109527 1133 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Gm27454-201ENSMUST00000185090 204 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Gm45417-201ENSMUST00000209533 758 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 1700007K13Rik-201ENSMUST00000086370 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Gpr3-202ENSMUST00000105911 2518 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Strn4-201ENSMUST00000019220 3535 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Maged1-201ENSMUST00000026142 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Pax8-201ENSMUST00000028355 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Arhgap11a-204ENSMUST00000110949 4458 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Mn1-201ENSMUST00000094463 6860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Gm26995-201ENSMUST00000182216 1306 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Hsd17b2-201ENSMUST00000034304 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Tle2-205ENSMUST00000135211 2746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Txnrd3-202ENSMUST00000101171 2494 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Slc45a4-204ENSMUST00000132607 2457 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Tuba1c-201ENSMUST00000058914 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Pcdha3-201ENSMUST00000192503 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Drd2-201ENSMUST00000075764 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 D630044L22Rik-201ENSMUST00000181174 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Barhl1-201ENSMUST00000050776 3666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Zswim4-201ENSMUST00000039480 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Hist1h2bp-201ENSMUST00000102982 469 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Rpl27-202ENSMUST00000107249 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Tgfbr3l-201ENSMUST00000110993 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Rpusd3-204ENSMUST00000129047 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Rpl18a-206ENSMUST00000212709 700 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Arl10-201ENSMUST00000026988 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Cd302-201ENSMUST00000028356 1257 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Rpusd3-201ENSMUST00000060634 1224 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Acbd6-202ENSMUST00000080138 993 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Trmt112-201ENSMUST00000088257 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Kat2a-201ENSMUST00000006973 3043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Agbl3-204ENSMUST00000115016 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Pkp2-201ENSMUST00000039408 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Snx8-204ENSMUST00000196130 2547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Gba2-201ENSMUST00000030189 3544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Robo3-202ENSMUST00000115038 4797 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Cacna1i-202ENSMUST00000160424 9781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Gm17200-201ENSMUST00000170214 2022 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Gm26646-201ENSMUST00000180715 1490 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 2810474O19Rik-209ENSMUST00000189932 5269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 1700066M21Rik-201ENSMUST00000042734 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Tead2-203ENSMUST00000107801 3396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 D17Wsu92e-202ENSMUST00000114859 3522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Sybu-207ENSMUST00000227305 3124 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Ehmt2-202ENSMUST00000078061 3746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Smox-208ENSMUST00000110188 1991 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Pcdha9-201ENSMUST00000115659 5341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Kctd17-206ENSMUST00000162517 901 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Kctd17-209ENSMUST00000166142 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Doc2g-201ENSMUST00000025806 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Ferd3l-201ENSMUST00000061035 886 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Vamp5-201ENSMUST00000074231 553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Gm6139-201ENSMUST00000079261 882 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
Rnf40Q3U319 Chtop-207ENSMUST00000107346 1321 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.3 ms