Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Clta-203ENSMUST00000107847 1121 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 AC130671.1-201ENSMUST00000227384 1237 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Nudt8-202ENSMUST00000025802 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Lat-201ENSMUST00000032997 1235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 H2afz-201ENSMUST00000041045 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Coa6-201ENSMUST00000059093 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Prpf3-207ENSMUST00000161476 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Tekt1-203ENSMUST00000108503 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Gm16759-201ENSMUST00000126238 1393 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Slc29a4-201ENSMUST00000058418 2789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Scrn2-201ENSMUST00000021249 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Dap-201ENSMUST00000044524 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Irf3-213ENSMUST00000209066 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Bend6-204ENSMUST00000129464 1750 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Nfe2-208ENSMUST00000149111 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Sirt6-201ENSMUST00000042923 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Spata18-202ENSMUST00000071077 1978 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Prss53-201ENSMUST00000121394 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Trmt2a-202ENSMUST00000100099 2235 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Tmem119-201ENSMUST00000067853 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Itpkb-201ENSMUST00000070181 6235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Luc7l2-208ENSMUST00000161538 4253 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Tmem131l-201ENSMUST00000052342 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Lonrf2-202ENSMUST00000147695 6932 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Rps5-202ENSMUST00000108539 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Rint1-204ENSMUST00000117783 560 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Gm26643-201ENSMUST00000180854 1274 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Txnrd2-215ENSMUST00000206151 2874 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Nme2-202ENSMUST00000072566 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp4P35123 G3bp2-202ENSMUST00000164378 3026 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Taf5l-201ENSMUST00000093039 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Galnt17-202ENSMUST00000160609 2875 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Men1-205ENSMUST00000113501 2508 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Alox12-202ENSMUST00000108574 2314 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Pqlc1-205ENSMUST00000131780 2080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Taf6l-213ENSMUST00000189739 1794 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
Usp4P35123 BC024978-204ENSMUST00000179391 1748 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Usp27x-201ENSMUST00000115744 3240 ntAPPRIS P1 BASIC17.33■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Siglecf-202ENSMUST00000121494 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Samd8-201ENSMUST00000022292 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Tmem214-202ENSMUST00000201203 6110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Usp4P35123 Rab11fip4-201ENSMUST00000017783 7156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp4P35123 A330009N23Rik-201ENSMUST00000180639 1392 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Csnk1e-201ENSMUST00000117786 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Gm26891-201ENSMUST00000181644 2599 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp4P35123 AC166341.7-201ENSMUST00000221698 126 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp4P35123 AC175538.1-201ENSMUST00000225343 1269 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Odf1-201ENSMUST00000081966 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Ankrd63-201ENSMUST00000104937 4861 ntAPPRIS P1 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Lrrc7-201ENSMUST00000106044 5918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Dcdc2c-206ENSMUST00000221349 2209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Ttll11-202ENSMUST00000112976 3077 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Agfg1-208ENSMUST00000190052 2991 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Fam160a2-203ENSMUST00000118726 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Gnb3-201ENSMUST00000024206 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp4P35123 F2rl1-201ENSMUST00000022185 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp4P35123 B4galt3-205ENSMUST00000126699 1758 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Pick1-202ENSMUST00000053926 2415 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Zfp277-202ENSMUST00000069692 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Hnrnpll-201ENSMUST00000061331 3116 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Ckap4-201ENSMUST00000053871 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Lrp12-202ENSMUST00000110305 4244 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 March11-203ENSMUST00000152841 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 AC124581.1-201ENSMUST00000225416 1399 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Rarg-202ENSMUST00000063339 2718 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Dnajc25-201ENSMUST00000095070 4023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Mettl4-ps1-202ENSMUST00000130218 1323 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Atp5g1-203ENSMUST00000107686 691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Bex3-202ENSMUST00000113112 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Gm15723-201ENSMUST00000139331 600 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 4930554G22Rik-201ENSMUST00000196102 686 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 2310033P09Rik-201ENSMUST00000020719 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Gm35240-201ENSMUST00000218335 661 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Sec11c-201ENSMUST00000025394 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Tmem183a-201ENSMUST00000049470 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Dock3-201ENSMUST00000044532 9063 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Rftn1-201ENSMUST00000044503 4029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Klf5-201ENSMUST00000005279 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Lrrfip1-212ENSMUST00000189617 2155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Dlx1-201ENSMUST00000037119 4111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Zfand6-208ENSMUST00000209117 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Ubfd1-201ENSMUST00000033158 4849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Mesp2-201ENSMUST00000107394 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Rint1-205ENSMUST00000120869 1886 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Dusp12-201ENSMUST00000027970 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Sept8-201ENSMUST00000108987 4436 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Cspp1-203ENSMUST00000118263 2162 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Krt15-201ENSMUST00000107411 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Atp5c1-202ENSMUST00000114896 1735 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Naa10-205ENSMUST00000114390 797 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Gm6433-201ENSMUST00000118634 875 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Slc25a51-203ENSMUST00000132815 1005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Zmynd19-202ENSMUST00000148042 1103 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Cdk2ap2-201ENSMUST00000025779 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Coro7-202ENSMUST00000090480 1147 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Tnfrsf25-201ENSMUST00000025706 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Sgpp1-201ENSMUST00000021450 3323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Vmn1r17-204ENSMUST00000228294 2084 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Tjp1-202ENSMUST00000102592 7049 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp4P35123 Hist1h2ac-201ENSMUST00000171127 2482 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 51.9 ms