Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Mfap2-203ENSMUST00000166376 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Jpx-202ENSMUST00000182447 712 ntTSL 3 BASIC26.93■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20324-201ENSMUST00000186291 1118 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Tamm41-201ENSMUST00000032461 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Misp-205ENSMUST00000219305 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Magi3-202ENSMUST00000121198 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 D1Ertd622e-204ENSMUST00000153115 3495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Sox13-201ENSMUST00000094551 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Arl11-201ENSMUST00000055159 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Cap1-202ENSMUST00000106255 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 4930447C04Rik-202ENSMUST00000110489 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Dok3-202ENSMUST00000223563 1644 ntAPPRIS P1 BASIC26.92■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4459-201ENSMUST00000118750 468 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7616-201ENSMUST00000143112 624 ntTSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm40513-201ENSMUST00000217258 411 ntTSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Coro1a-202ENSMUST00000106364 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Cope-201ENSMUST00000066469 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Atp6v1b2-201ENSMUST00000006435 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Il11ra1-204ENSMUST00000108042 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 1700008O03Rik-201ENSMUST00000107933 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8097-201ENSMUST00000117903 829 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Plpp7-202ENSMUST00000140762 634 ntTSL 3 BASIC26.91■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm14-203ENSMUST00000180008 370 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4535-201ENSMUST00000182274 558 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26646-202ENSMUST00000205705 439 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Rangrf-201ENSMUST00000038644 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gpank1-201ENSMUST00000052167 1295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10355-201ENSMUST00000097146 517 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Hbb-bt-201ENSMUST00000098192 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Tmx1-201ENSMUST00000021471 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Vps4a-201ENSMUST00000034388 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc30-201ENSMUST00000044781 1464 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Taz-202ENSMUST00000114180 1786 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Ddx28-201ENSMUST00000058579 2262 ntAPPRIS P1 BASIC26.9■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem233-201ENSMUST00000111997 2477 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Pgam1-ps1-201ENSMUST00000119107 749 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Chchd7-205ENSMUST00000120732 711 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5091-201ENSMUST00000181658 1179 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27217-201ENSMUST00000183438 882 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10518-201ENSMUST00000097454 1301 ntAPPRIS P1 BASIC26.9■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Pqlc2-205ENSMUST00000172747 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd29-201ENSMUST00000118525 3242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Nfe2-208ENSMUST00000149111 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gabbr2-201ENSMUST00000107749 5750 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Il17re-203ENSMUST00000101065 1973 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 2810013P06Rik-201ENSMUST00000186531 2137 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Pacs2-202ENSMUST00000220541 3101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Rhoc-202ENSMUST00000106787 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Arpc1a-201ENSMUST00000031625 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Fam46b-201ENSMUST00000051676 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Sumo1-201ENSMUST00000091374 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Nsmf-205ENSMUST00000114386 2685 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Mfn1-201ENSMUST00000091257 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Atg7-215ENSMUST00000183165 2012 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Eif5a-207ENSMUST00000108610 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Rab9-202ENSMUST00000112091 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Lmo4-202ENSMUST00000121112 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc24-201ENSMUST00000106422 1365 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Timm23-201ENSMUST00000013845 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12497-201ENSMUST00000138778 237 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7230-201ENSMUST00000173026 815 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28411-202ENSMUST00000191318 464 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Rbfox2-207ENSMUST00000227533 1041 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Ddx41-204ENSMUST00000224765 2199 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Rgs6-206ENSMUST00000186309 1693 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12999-201ENSMUST00000124471 485 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11780-201ENSMUST00000136880 516 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 1700039E22Rik-201ENSMUST00000174082 770 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37584-201ENSMUST00000193595 1290 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Lmo4-207ENSMUST00000196264 1263 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Polr2f-201ENSMUST00000040077 543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 2300002M23Rik-201ENSMUST00000044326 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Sh2b1-203ENSMUST00000205440 3089 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Slc38a10-203ENSMUST00000076697 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26752-201ENSMUST00000181086 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a11-201ENSMUST00000014750 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Enkd1-201ENSMUST00000013299 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 1700037H04Rik-201ENSMUST00000028800 832 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Apof-201ENSMUST00000050901 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Coq10b-202ENSMUST00000087617 834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Cacng6-202ENSMUST00000183200 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Dand5-201ENSMUST00000065539 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 4933433G15Rik-201ENSMUST00000180533 1481 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Camsap3-206ENSMUST00000207533 2584 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Phkg2-202ENSMUST00000121004 1840 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gnb3-201ENSMUST00000024206 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Sh3bp1-201ENSMUST00000001226 2510 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Scube2-202ENSMUST00000106728 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16401-202ENSMUST00000197463 2074 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18856-201ENSMUST00000178096 1374 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Vac14-201ENSMUST00000034190 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl25-201ENSMUST00000092073 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 BC048679-202ENSMUST00000144156 640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Sf3b6-201ENSMUST00000046207 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Olah-203ENSMUST00000194918 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Pofut2-201ENSMUST00000020493 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Fkrp-201ENSMUST00000061390 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 1700066B19Rik-201ENSMUST00000097617 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88bQ4QRL3 Nrxn1-217ENSMUST00000174337 3021 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19 ms