Protein–RNA interactions for Protein: Q8CFK2

Brf1, Transcription factor IIIB 90 kDa subunit, mousemouse

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Length 676 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Brf1Q8CFK2 Fezf1-201ENSMUST00000031709 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Brf1Q8CFK2 Stxbp3-205ENSMUST00000138552 1789 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Brf1Q8CFK2 Hmg20b-204ENSMUST00000122993 1502 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Brf1Q8CFK2 Prss53-201ENSMUST00000121394 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Brf1Q8CFK2 Kcns2-201ENSMUST00000072868 5456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Brf1Q8CFK2 Hist1h2bf-201ENSMUST00000105106 461 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.81
Brf1Q8CFK2 Gm10013-201ENSMUST00000106074 672 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
Brf1Q8CFK2 Grtp1-204ENSMUST00000209691 1030 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
Brf1Q8CFK2 AC158538.1-201ENSMUST00000225870 294 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
Brf1Q8CFK2 4933427E11Rik-201ENSMUST00000056711 1214 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
Brf1Q8CFK2 Cul1-201ENSMUST00000031697 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Ube2i-207ENSMUST00000172868 2755 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Nrn1-201ENSMUST00000037623 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Wdr45-201ENSMUST00000043045 1609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Uhrf2-201ENSMUST00000025739 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Igdcc4-205ENSMUST00000213533 6220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Igdcc4-201ENSMUST00000035499 6223 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Nsfl1c-201ENSMUST00000028949 1364 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Arpc5-201ENSMUST00000077755 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Asph-210ENSMUST00000108337 2836 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Hoxd4-201ENSMUST00000047904 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Txndc11-201ENSMUST00000038424 3095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Mapk8ip3-221ENSMUST00000178969 5579 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Utp23-204ENSMUST00000161651 582 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Ndufab1-ps-201ENSMUST00000166096 468 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Yipf4-201ENSMUST00000024873 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Cenps-201ENSMUST00000030813 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Exosc5-201ENSMUST00000079634 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Olfr315-201ENSMUST00000081533 998 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Mrpl43-201ENSMUST00000097715 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Fhl1-203ENSMUST00000114769 2770 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Tead3-205ENSMUST00000154873 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Madcam1-201ENSMUST00000020554 1436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Esyt2-205ENSMUST00000220816 4287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Arid1a-205ENSMUST00000145664 8187 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Myh7b-201ENSMUST00000092995 6163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Atg5-201ENSMUST00000039286 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Fam3a-206ENSMUST00000114143 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Wipf1-202ENSMUST00000102679 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Lhfpl4-201ENSMUST00000162280 4762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Uhmk1-202ENSMUST00000123399 7775 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Iqcd-202ENSMUST00000094391 1673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
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Brf1Q8CFK2 Sh3gl2-203ENSMUST00000107188 2286 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Cdc14b-203ENSMUST00000109770 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
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Brf1Q8CFK2 Coq7-201ENSMUST00000032887 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
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Brf1Q8CFK2 Slk-201ENSMUST00000026043 7278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
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Brf1Q8CFK2 Wdr55-201ENSMUST00000049323 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Gm20517-202ENSMUST00000132397 4807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
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Brf1Q8CFK2 Tbcb-201ENSMUST00000006254 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Hand1-203ENSMUST00000160392 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Dag1-201ENSMUST00000080435 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
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Brf1Q8CFK2 Mrpl28-201ENSMUST00000025014 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Tbpl1-201ENSMUST00000095794 1195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Slc25a23-201ENSMUST00000040280 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Krt84-201ENSMUST00000023720 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Ager-201ENSMUST00000015596 1370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 4833445I07Rik-201ENSMUST00000193193 1642 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Tdrd12-201ENSMUST00000032701 1620 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Abhd5-204ENSMUST00000156520 3157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Impdh1-202ENSMUST00000159124 2600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Cfap206-201ENSMUST00000029971 2246 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 St8sia5-201ENSMUST00000075290 1841 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Plekhh3-206ENSMUST00000164474 3010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Shisa2-201ENSMUST00000053949 3119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Krt83-201ENSMUST00000023718 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Rab3d-202ENSMUST00000119055 694 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Gm15889-201ENSMUST00000159142 1083 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Pard3-226ENSMUST00000162907 4682 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Gm8797-201ENSMUST00000192045 490 ntAPPRIS P1 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Gm37722-201ENSMUST00000193757 208 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 D230030E09Rik-201ENSMUST00000222459 884 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Nudt1-201ENSMUST00000050205 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Nudt1-202ENSMUST00000071881 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Rab7-203ENSMUST00000113597 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Brf1Q8CFK2 Apbb1-205ENSMUST00000187057 1630 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 44.1 ms