Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Romo1-201ENSMUST00000088610 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Dok3-202ENSMUST00000223563 1644 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Osgin2-201ENSMUST00000037198 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Pacs2-202ENSMUST00000220541 3101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Nfe2-208ENSMUST00000149111 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Hrh3-204ENSMUST00000165248 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm1818-201ENSMUST00000169406 1184 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Mir8098-201ENSMUST00000184011 137 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm28659-201ENSMUST00000188013 759 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm42456-201ENSMUST00000196840 387 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Dcps-201ENSMUST00000034539 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Vamp8-201ENSMUST00000059983 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Dgcr6-202ENSMUST00000076757 894 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 2810039B14Rik-201ENSMUST00000183928 1459 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Ubb-201ENSMUST00000019649 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Fip1l1-203ENSMUST00000113535 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Tom1l2-201ENSMUST00000064019 2151 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Map3k21-201ENSMUST00000034316 5693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Trmt112-ps2-201ENSMUST00000117987 378 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm12536-201ENSMUST00000129102 358 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 1810026B05Rik-205ENSMUST00000184855 409 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm29629-201ENSMUST00000187926 386 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm44357-201ENSMUST00000195897 142 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm19658-201ENSMUST00000196231 138 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm44367-201ENSMUST00000196836 138 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm44350-201ENSMUST00000197197 138 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm44390-201ENSMUST00000197533 144 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm44313-201ENSMUST00000198018 138 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 4930458A03Rik-201ENSMUST00000198197 961 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm44486-201ENSMUST00000198508 138 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm44314-201ENSMUST00000199263 138 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm44394-201ENSMUST00000199558 138 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm44484-201ENSMUST00000199873 138 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm44466-201ENSMUST00000200264 138 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm44359-201ENSMUST00000200671 138 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Dnajb8-201ENSMUST00000061866 990 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Zfp706-201ENSMUST00000078976 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gja4-201ENSMUST00000053753 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Borcs5-201ENSMUST00000062755 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Irf7-202ENSMUST00000097952 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Il10rb-201ENSMUST00000023691 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm26752-201ENSMUST00000181086 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Dpy19l1-203ENSMUST00000142064 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Vsig10l-204ENSMUST00000203769 2473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Elf2-212ENSMUST00000194641 5919 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Nisch-208ENSMUST00000165981 2415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Ahsa1-201ENSMUST00000021425 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm26661-201ENSMUST00000181025 471 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm44264-201ENSMUST00000203049 742 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 AC127349.1-201ENSMUST00000224590 266 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Cmtm5-203ENSMUST00000227441 610 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Snx2-201ENSMUST00000037850 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Tmprss5-201ENSMUST00000070390 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Glra1-201ENSMUST00000075603 2037 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Pou2f2-205ENSMUST00000108417 1937 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Sqstm1-201ENSMUST00000015981 2673 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Dnajc19-201ENSMUST00000011029 2499 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Sf1-202ENSMUST00000113487 2649 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Il17re-203ENSMUST00000101065 1973 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Myb-201ENSMUST00000020158 3074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Grwd1-201ENSMUST00000107723 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Akt2-205ENSMUST00000108344 4544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Il11ra1-204ENSMUST00000108042 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Hnrnph1-201ENSMUST00000069304 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 CT010456.1-201ENSMUST00000222465 1688 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Rflna-201ENSMUST00000036109 1681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Atg7-215ENSMUST00000183165 2012 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Eif2b4-201ENSMUST00000077693 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Zbtb22-201ENSMUST00000053429 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Spata33-204ENSMUST00000212346 715 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 AC171004.1-201ENSMUST00000221723 664 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm6296-201ENSMUST00000222599 943 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Rfc4-201ENSMUST00000023598 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Ptprcap-201ENSMUST00000061086 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Cd300c-201ENSMUST00000061637 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Cd300c-202ENSMUST00000092466 700 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Pgap2-203ENSMUST00000120119 1979 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Cyp2w1-201ENSMUST00000031521 1512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Lmo4-202ENSMUST00000121112 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Sri-205ENSMUST00000148633 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm15635-204ENSMUST00000208024 2539 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Abtb1-201ENSMUST00000032169 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 A4galt-201ENSMUST00000049530 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Dnase2a-202ENSMUST00000109744 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Scly-201ENSMUST00000027532 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Aptx-203ENSMUST00000108103 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Rtn1-201ENSMUST00000021497 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 4933405L10Rik-201ENSMUST00000013302 1214 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Dgcr6-208ENSMUST00000153123 920 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Gm13830-205ENSMUST00000201195 1155 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Mzt1-203ENSMUST00000227948 952 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Plpp7-201ENSMUST00000057423 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Hps4-201ENSMUST00000035279 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Acss2-202ENSMUST00000065973 2876 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Ltbp4-205ENSMUST00000121175 5118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim28Q62318 Thap4-206ENSMUST00000190116 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
Trim28Q62318 Gm26526-201ENSMUST00000181075 2927 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
Trim28Q62318 Sema6d-202ENSMUST00000076335 6276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
Trim28Q62318 Il4i1-202ENSMUST00000118125 2275 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
Trim28Q62318 Cdc27-202ENSMUST00000106961 1863 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 36 ms