Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Ptpdc1-201ENSMUST00000035824 4402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Zkscan14-201ENSMUST00000031632 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Carmn-201ENSMUST00000181155 1778 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Rhobtb2-201ENSMUST00000022665 5322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Homez-202ENSMUST00000142283 4713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 6330411D24Rik-201ENSMUST00000211105 1568 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Yars2-204ENSMUST00000159962 2805 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Cep135-202ENSMUST00000121979 5537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 4933427J07Rik-201ENSMUST00000156275 1533 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Gpsm3-201ENSMUST00000038244 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Foxa3-201ENSMUST00000036018 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Cap1-202ENSMUST00000106255 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Tmtc4-209ENSMUST00000148661 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Adgrb2-204ENSMUST00000106015 4982 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Paqr4-201ENSMUST00000024702 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Prss56-201ENSMUST00000044533 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Scamp4-201ENSMUST00000079883 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Tbx21-201ENSMUST00000001484 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Coro2a-202ENSMUST00000107756 4154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Ppil3-202ENSMUST00000114345 1175 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 H2afz-207ENSMUST00000174561 810 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Gm28577-201ENSMUST00000176106 741 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Cenps-207ENSMUST00000177408 689 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Otx2os1-206ENSMUST00000228153 787 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Ifi27l2b-201ENSMUST00000044687 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 4930448E22Rik-201ENSMUST00000181712 1581 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Zmym3-206ENSMUST00000120107 5882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 A430078I02Rik-202ENSMUST00000154066 2233 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Nsun5-201ENSMUST00000000940 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Sharpin-201ENSMUST00000023211 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Lrig3-201ENSMUST00000074807 4016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Uhrf2-201ENSMUST00000025739 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Zfp668-203ENSMUST00000106262 3169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Cyr61-201ENSMUST00000029846 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Ggt6-202ENSMUST00000100903 1387 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Cadps2-212ENSMUST00000163871 4969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Eda-203ENSMUST00000113776 5105 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Adgra3-201ENSMUST00000030971 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Spsb2-203ENSMUST00000112473 1322 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Zbtb24-202ENSMUST00000213797 2734 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Vmn1r17-201ENSMUST00000227186 2234 ntAPPRIS P2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Shank1-203ENSMUST00000107938 9826 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Psip1-201ENSMUST00000030207 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Pemt-203ENSMUST00000102693 961 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Lrrc7-201ENSMUST00000106044 5918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Susd1-202ENSMUST00000107544 3220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 A930029G22Rik-201ENSMUST00000181032 1710 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Seh1l-201ENSMUST00000025421 3516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Kcnk4-201ENSMUST00000025908 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Rpl36al-201ENSMUST00000054544 526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Lsm10-201ENSMUST00000055575 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Krt73-201ENSMUST00000063292 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Olfr317-201ENSMUST00000075607 1128 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 C530025M09Rik-201ENSMUST00000099264 690 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Vgf-201ENSMUST00000041543 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Gm10649-203ENSMUST00000148066 1812 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Rab11b-203ENSMUST00000173860 1544 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Pdgfa-203ENSMUST00000110896 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Chn1-203ENSMUST00000112024 4050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Chn1-210ENSMUST00000180045 4050 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
ShhQ62226 2810408A11Rik-203ENSMUST00000102580 1640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Ppfibp1-201ENSMUST00000016631 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Slc25a3-201ENSMUST00000076694 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Disp3-201ENSMUST00000047720 5282 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Zfc3h1-201ENSMUST00000036044 6957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Gdpd5-201ENSMUST00000037528 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Sik3-204ENSMUST00000126865 6287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Rimbp3-201ENSMUST00000169803 5787 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Hspa8-201ENSMUST00000015800 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Tmsb10-202ENSMUST00000114049 690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Gm11950-201ENSMUST00000121615 838 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Gm27357-201ENSMUST00000183754 135 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Cenpp-201ENSMUST00000021818 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Anks1-202ENSMUST00000088027 6781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Med18-201ENSMUST00000102567 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Pacsin2-203ENSMUST00000171436 3693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Gm3488-202ENSMUST00000181562 1945 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Mief1-203ENSMUST00000228788 5352 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 9430097D07Rik-201ENSMUST00000100190 1501 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Anp32e-201ENSMUST00000015893 1381 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Brpf1-203ENSMUST00000113121 4603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gabbr1-202ENSMUST00000172789 1460 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
ShhQ62226 2210016L21Rik-201ENSMUST00000031538 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Ppp4r3a-201ENSMUST00000048305 4516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Ubp1-202ENSMUST00000084885 3850 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Zrsr2-202ENSMUST00000112289 2735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Btbd11-203ENSMUST00000105307 5788 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Tmem175-204ENSMUST00000146207 1686 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Hoxa10-201ENSMUST00000121043 1436 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gabpa-201ENSMUST00000009120 4987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Car9-201ENSMUST00000030183 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 A530084C06Rik-201ENSMUST00000170573 3200 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Plcl2-201ENSMUST00000043938 4050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Surf1-201ENSMUST00000015934 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Znhit2-201ENSMUST00000162726 1281 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Pih1d2-201ENSMUST00000000171 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Dars-202ENSMUST00000064309 645 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Hist1h2af-201ENSMUST00000073261 399 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Sars2-201ENSMUST00000094632 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ShhQ62226 Gm26917-202ENSMUST00000192833 3329 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.9 ms