Protein–RNA interactions for Protein: P13297

Msx1, Homeobox protein MSX-1, mousemouse

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Msx1P13297 Mrps18c-203ENSMUST00000112901 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Smim1-210ENSMUST00000146054 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Gm20422-202ENSMUST00000149782 956 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Gm15545-203ENSMUST00000150613 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Ccnd3-202ENSMUST00000171031 2113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Gm8797-201ENSMUST00000192045 490 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Gm6443-201ENSMUST00000203599 874 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Gm17949-201ENSMUST00000210548 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 AC120002.2-201ENSMUST00000220205 773 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Imp3-201ENSMUST00000034827 924 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Dus3l-201ENSMUST00000007747 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Arfip2-202ENSMUST00000084782 2254 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Arhgef16-201ENSMUST00000030898 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Bcl7b-203ENSMUST00000111188 1434 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 2310002F09Rik-201ENSMUST00000181454 1607 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Car9-201ENSMUST00000030183 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 A430078I02Rik-202ENSMUST00000154066 2233 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Pitpnm1-201ENSMUST00000049658 4206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Hoxc9-201ENSMUST00000001706 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Dtnbp1-203ENSMUST00000220555 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Fam131b-203ENSMUST00000143278 4104 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Gm7008-201ENSMUST00000038121 1366 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Axin1-203ENSMUST00000163421 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Wnt4-201ENSMUST00000045747 4194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Rbbp7-203ENSMUST00000112327 1862 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Aifm1-201ENSMUST00000037349 2237 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Hnrnph1-201ENSMUST00000069304 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Scml4-203ENSMUST00000105495 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Znhit2-201ENSMUST00000162726 1281 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Hrh3-204ENSMUST00000165248 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Gm6623-201ENSMUST00000173570 544 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Jagn1-202ENSMUST00000204254 1147 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Cdk10-201ENSMUST00000036880 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Pagr1a-202ENSMUST00000200948 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Gm42742-205ENSMUST00000202798 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Txnl1-201ENSMUST00000025476 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Nsun5-201ENSMUST00000000940 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Dusp9-201ENSMUST00000019701 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Trpc4ap-201ENSMUST00000041059 3204 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Ubr2-202ENSMUST00000113337 7633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Msmo1-201ENSMUST00000034015 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Casp9-201ENSMUST00000030747 3897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Nat8l-201ENSMUST00000056355 6529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Abtb1-201ENSMUST00000032169 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Mbp-201ENSMUST00000047865 2492 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Plekhf1-201ENSMUST00000098513 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Rgmb-201ENSMUST00000170578 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Cep68-204ENSMUST00000162811 2788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Pemt-203ENSMUST00000102693 961 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Rapgef3os1-201ENSMUST00000149373 483 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Rpl14-201ENSMUST00000165532 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Gm32031-203ENSMUST00000208993 649 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Appl2-201ENSMUST00000020500 3020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Trim54-202ENSMUST00000202769 1408 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Krt15-201ENSMUST00000107411 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Spdef-205ENSMUST00000167489 1708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 She-201ENSMUST00000050401 5733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Rab22a-201ENSMUST00000029024 7155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Dpep3-201ENSMUST00000034371 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 4930447C04Rik-202ENSMUST00000110489 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Mbnl1-201ENSMUST00000099087 5655 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Baiap2-204ENSMUST00000106231 4005 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Nrbp1-207ENSMUST00000202576 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Nrbp1-201ENSMUST00000031034 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Gm16401-202ENSMUST00000197463 2074 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Farsa-202ENSMUST00000109754 1795 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Ffar3-201ENSMUST00000094583 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Krt73-201ENSMUST00000063292 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Atp5c1-202ENSMUST00000114896 1735 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Irf3-213ENSMUST00000209066 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Zbtb24-202ENSMUST00000213797 2734 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Gpha2-202ENSMUST00000113526 762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Slc19a2-204ENSMUST00000169394 894 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Flg-202ENSMUST00000178008 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Flg-205ENSMUST00000179250 765 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Flg-206ENSMUST00000179477 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Mrpl36-203ENSMUST00000222030 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Mrps18a-201ENSMUST00000024763 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Gpha2-201ENSMUST00000025698 609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Iscu-201ENSMUST00000026937 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Cacng6-202ENSMUST00000183200 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Tm7sf3-201ENSMUST00000037709 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Nfib-204ENSMUST00000107246 3075 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Btbd10-203ENSMUST00000119278 2394 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Tnfrsf25-201ENSMUST00000025706 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Tbx21-201ENSMUST00000001484 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Dvl3-204ENSMUST00000171774 2319 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Acaa1a-201ENSMUST00000039784 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Taf6l-201ENSMUST00000003777 1869 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Amfr-201ENSMUST00000053766 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Atp2b2-201ENSMUST00000089003 7067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Gm19569-202ENSMUST00000184658 1305 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Cux1-206ENSMUST00000176172 4882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Hmgb3-202ENSMUST00000072699 1571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Gm11620-201ENSMUST00000118770 1845 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Dnajb2-208ENSMUST00000188346 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Ryr2-203ENSMUST00000220597 4924 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Mpped2-202ENSMUST00000111063 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Tedc2-201ENSMUST00000024930 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Msx1P13297 Adgrb2-204ENSMUST00000106015 4982 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.3 ms