Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Abhd5-204ENSMUST00000156520 3157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gm20422-202ENSMUST00000149782 956 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gm43791-201ENSMUST00000202914 468 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gm44930-202ENSMUST00000208733 689 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Gm18115-201ENSMUST00000221209 621 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
ShhQ62226 Acss2-201ENSMUST00000029135 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Scly-201ENSMUST00000027532 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Lin9-203ENSMUST00000192561 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ShhQ62226 4930426L09Rik-201ENSMUST00000028069 1459 ntAPPRIS P1 BASIC15.52■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Ell2-201ENSMUST00000001583 4382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Ube2d1-201ENSMUST00000020085 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Rpp25-201ENSMUST00000080514 1423 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Col13a1-204ENSMUST00000105453 2935 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Il17re-203ENSMUST00000101065 1973 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Cyfip2-205ENSMUST00000165599 6659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Fam71e1-202ENSMUST00000205359 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Pde3b-201ENSMUST00000032909 6573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Rbbp7-203ENSMUST00000112327 1862 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Mipep-201ENSMUST00000063562 3015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Cacna2d2-203ENSMUST00000164988 5542 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Mir1668-201ENSMUST00000184114 107 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Gm28659-201ENSMUST00000188013 759 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Upk3a-201ENSMUST00000023070 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Irak1bp1-201ENSMUST00000034783 1159 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Spr-ps1-201ENSMUST00000089584 605 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Slc27a4-201ENSMUST00000080065 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Shroom4-202ENSMUST00000103005 4839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Snrnp48-201ENSMUST00000091641 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Tia1-203ENSMUST00000095754 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 F12-201ENSMUST00000021948 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Ubfd1-201ENSMUST00000033158 4849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Dcps-202ENSMUST00000119847 1445 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Mmd-202ENSMUST00000107887 1654 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
ShhQ62226 BC029722-201ENSMUST00000124586 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 A930001A20Rik-201ENSMUST00000182586 1366 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Ctsh-201ENSMUST00000034915 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Cdh2-201ENSMUST00000025166 4843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Cxcl14-201ENSMUST00000021970 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Appl2-201ENSMUST00000020500 3020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Rasal2-201ENSMUST00000078308 10047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Ptprt-201ENSMUST00000109441 6623 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Smpdl3b-201ENSMUST00000030709 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Ric1-201ENSMUST00000043610 7190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Bud23-202ENSMUST00000085984 1516 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Vps53-203ENSMUST00000108419 2209 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Nrbp1-207ENSMUST00000202576 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Nrbp1-201ENSMUST00000031034 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Cdk17-201ENSMUST00000069965 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Crct1-202ENSMUST00000107301 460 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Btn1a1-202ENSMUST00000110434 1077 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Bex1-203ENSMUST00000113120 718 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Hnrnph3-203ENSMUST00000119814 682 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Pdcd5-202ENSMUST00000120714 767 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Rasl2-9-201ENSMUST00000147835 1013 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Slc19a2-204ENSMUST00000169394 894 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Tmem178b-203ENSMUST00000180886 712 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Ppp2r1b-204ENSMUST00000174628 2195 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Lrp12-202ENSMUST00000110305 4244 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Tspoap1-202ENSMUST00000100644 7390 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Htr5b-201ENSMUST00000055884 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Ccdc126-201ENSMUST00000055559 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Prmt9-202ENSMUST00000118622 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Nsmf-203ENSMUST00000100334 2957 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Bcl7b-203ENSMUST00000111188 1434 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Strn-203ENSMUST00000145910 8629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Pigu-201ENSMUST00000077626 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Cpsf4-207ENSMUST00000162244 1387 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Baz1a-205ENSMUST00000173433 5788 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Wapl-201ENSMUST00000048263 6351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Hes6-201ENSMUST00000086851 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Pigw-202ENSMUST00000108080 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Ets1-206ENSMUST00000184887 2107 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 2310022A10Rik-201ENSMUST00000067386 2701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Dnlz-201ENSMUST00000028295 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Synpo-201ENSMUST00000097566 5060 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Tlk2-204ENSMUST00000106941 3699 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Mrpl37-201ENSMUST00000030365 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Nmnat3-203ENSMUST00000112938 848 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Srpx-202ENSMUST00000115543 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Mras-202ENSMUST00000119472 1190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Gm11355-201ENSMUST00000121120 306 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Slbp-205ENSMUST00000139518 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Gm14964-202ENSMUST00000149574 716 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Gfod2-203ENSMUST00000155038 951 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Flg-202ENSMUST00000178008 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Flg-205ENSMUST00000179250 765 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Flg-206ENSMUST00000179477 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Flg-207ENSMUST00000180293 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Sae1-203ENSMUST00000210999 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 AC164629.2-201ENSMUST00000217916 270 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Mrpl14-201ENSMUST00000024734 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Mapkapk3-201ENSMUST00000035194 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Dlx3-201ENSMUST00000092768 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Nrl-202ENSMUST00000111404 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Stambpl1-201ENSMUST00000054956 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Ppp1r1b-201ENSMUST00000078694 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Neo1-201ENSMUST00000068664 7379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Aig1-201ENSMUST00000019942 1439 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Anxa2-201ENSMUST00000034756 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
ShhQ62226 Snrpd2-201ENSMUST00000049294 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.5 ms