Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 CT010444.2-201ENSMUST00000217877 1629 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Aptx-203ENSMUST00000108103 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Pola2-202ENSMUST00000165143 2397 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Eif4h-201ENSMUST00000036125 2367 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Rbm47-203ENSMUST00000113724 2186 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Tjap1-214ENSMUST00000225413 2189 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Fiz1-201ENSMUST00000077385 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Aig1-205ENSMUST00000162610 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Dcaf5-201ENSMUST00000054145 5706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Cep135-202ENSMUST00000121979 5537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Prpf40b-212ENSMUST00000145482 3308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Kctd15-203ENSMUST00000108070 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Slc39a7-201ENSMUST00000025186 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Krt90-201ENSMUST00000023714 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Agpat1-201ENSMUST00000037489 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Eda-203ENSMUST00000113776 5105 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Pqlc1-202ENSMUST00000091798 1989 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Mrpl9-201ENSMUST00000029786 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Ccdc107-202ENSMUST00000107922 865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Gm16120-201ENSMUST00000127990 808 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Cacnb1-204ENSMUST00000107561 1778 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Farsa-202ENSMUST00000109754 1795 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Dnajb5-201ENSMUST00000037872 3291 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Naa35-201ENSMUST00000022038 3793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Usp4P35123 Sept11-205ENSMUST00000201700 3478 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Lrch1-205ENSMUST00000228252 3125 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Ly6e-201ENSMUST00000051698 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Gdpd5-201ENSMUST00000037528 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Inpp5f-201ENSMUST00000043138 4734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Sarm1-202ENSMUST00000108287 4868 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Fgfr2-215ENSMUST00000122054 3323 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Spg21-201ENSMUST00000034955 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Pacs2-202ENSMUST00000220541 3101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Sap18-201ENSMUST00000111267 660 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Scamp4-202ENSMUST00000180350 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 2510002D24Rik-201ENSMUST00000055413 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Tbx18-201ENSMUST00000034991 4679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Rtp2-201ENSMUST00000061030 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Kif17-204ENSMUST00000105821 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Prmt1-203ENSMUST00000207370 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Lrrfip2-207ENSMUST00000197256 1819 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Arhgap35-201ENSMUST00000075845 9147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Plxnd1-201ENSMUST00000015511 6907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Fnbp1-205ENSMUST00000113552 1910 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Sh3yl1-201ENSMUST00000020997 1750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Dcaf17-203ENSMUST00000112159 2490 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 9530080O11Rik-201ENSMUST00000137239 1475 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Stard7-202ENSMUST00000110375 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Sorcs3-201ENSMUST00000078880 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Mapk1-202ENSMUST00000069107 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Tpm1-208ENSMUST00000113689 904 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Gm29994-201ENSMUST00000195495 1193 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Gm19391-201ENSMUST00000196653 999 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 AC107711.5-202ENSMUST00000226429 702 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Rab11fip3-202ENSMUST00000120691 5103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Trp73-203ENSMUST00000105643 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Slc38a10-202ENSMUST00000053692 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Rtn3-201ENSMUST00000025667 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Tnrc6c-202ENSMUST00000106344 8847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Ube3c-201ENSMUST00000049453 5048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Cdc27-202ENSMUST00000106961 1863 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Rps6kb2-201ENSMUST00000025749 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 2810408A11Rik-201ENSMUST00000018714 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Tulp1-202ENSMUST00000114794 1738 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Plppr4-201ENSMUST00000061071 5696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Mxd4-201ENSMUST00000042701 3872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Atxn7l3-202ENSMUST00000107132 3706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Tmem150b-202ENSMUST00000086364 2822 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Nt5dc3-201ENSMUST00000099396 5952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Pde8b-201ENSMUST00000022192 2517 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 H2-Q4-201ENSMUST00000081435 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Ccdc51-201ENSMUST00000026735 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Dcxr-202ENSMUST00000106148 830 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Zfp64-202ENSMUST00000109161 1009 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Gm15565-201ENSMUST00000118890 427 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Gabarapl1-202ENSMUST00000204487 902 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Zfp787-204ENSMUST00000207628 576 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Trappc6a-201ENSMUST00000002112 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Hsbp1-202ENSMUST00000212468 638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 1700020N01Rik-201ENSMUST00000057341 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Wdr45-201ENSMUST00000043045 1609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Fbxl21-201ENSMUST00000045428 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Wdr13-202ENSMUST00000115623 1749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Fdxr-201ENSMUST00000021078 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 AL590614.2-201ENSMUST00000225374 1937 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Plbd2-201ENSMUST00000031597 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Atp5a1-201ENSMUST00000026495 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Pkp2-202ENSMUST00000161342 2931 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Cux1-206ENSMUST00000176172 4882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Hnrnpa1-202ENSMUST00000087351 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Arhgef10-201ENSMUST00000084207 5528 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Foxq1-201ENSMUST00000042118 4843 ntAPPRIS P1 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Gm16201-202ENSMUST00000139218 2330 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Atp11a-201ENSMUST00000033818 7549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Coro1a-202ENSMUST00000106364 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Mydgf-201ENSMUST00000019723 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Gtf2a2-204ENSMUST00000119905 622 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 2210408F21Rik-204ENSMUST00000136571 478 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 Gm26879-201ENSMUST00000181127 1176 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Usp4P35123 D330020A13Rik-201ENSMUST00000181956 1069 ntAPPRIS P1 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.8 ms