Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

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Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Rilpl1-201ENSMUST00000062153 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Cacna1c-216ENSMUST00000188522 7338 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Cacng4-201ENSMUST00000021066 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Gm19345-201ENSMUST00000172815 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Gm5264-201ENSMUST00000190584 848 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Rfc4-201ENSMUST00000023598 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Ndufb10-201ENSMUST00000045602 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Gpank1-201ENSMUST00000052167 1295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Mtus2-201ENSMUST00000071878 1211 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Hcn2-202ENSMUST00000099513 3195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Eri1-201ENSMUST00000033927 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Tm7sf2-201ENSMUST00000025713 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Icmt-201ENSMUST00000048892 4919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Eif4a2-201ENSMUST00000023599 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Zdhhc6-207ENSMUST00000224897 2168 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Farsa-202ENSMUST00000109754 1795 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Cops6-201ENSMUST00000019638 1787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Mfsd4b3-201ENSMUST00000095749 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Atp8b1-201ENSMUST00000025482 6440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Pex11b-202ENSMUST00000118557 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Olig2-201ENSMUST00000035608 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Gas2-203ENSMUST00000107591 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Gm15645-201ENSMUST00000131504 2208 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Casp8-204ENSMUST00000191201 1849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Naa10-206ENSMUST00000114391 834 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Timm10b-211ENSMUST00000210350 529 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Stard3nl-209ENSMUST00000221380 1268 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Mrpl17-201ENSMUST00000033170 1028 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Rbpms-202ENSMUST00000033995 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Gm5617-201ENSMUST00000048824 531 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Coq10b-202ENSMUST00000087617 834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Rtkn-201ENSMUST00000065512 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Ythdc1-202ENSMUST00000119339 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Sobp-201ENSMUST00000040275 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Akain1-201ENSMUST00000169935 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Nck2-201ENSMUST00000086421 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Ptprd-206ENSMUST00000107289 9899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Ahsa1-201ENSMUST00000021425 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Gm8909-201ENSMUST00000040467 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
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Usf1Q61069 Frrs1l-201ENSMUST00000053681 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Foxj1-201ENSMUST00000036215 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Atxn7-203ENSMUST00000223880 2946 ntAPPRIS P2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Srsf4-202ENSMUST00000053819 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Tmem44-204ENSMUST00000140402 2405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Arl4c-203ENSMUST00000187810 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Selenoh-201ENSMUST00000102646 783 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
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Usf1Q61069 H2-Bl-201ENSMUST00000173080 1138 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 H2-Bl-204ENSMUST00000184502 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
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Usf1Q61069 Tesc-201ENSMUST00000031304 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
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Usf1Q61069 Ydjc-201ENSMUST00000069064 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
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Usf1Q61069 Tbx2-201ENSMUST00000000095 3626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Yipf3-201ENSMUST00000095263 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Fbxl5-201ENSMUST00000047857 2858 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Sumf1-201ENSMUST00000032191 2593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Tpt1-201ENSMUST00000110894 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Chd3os-202ENSMUST00000151617 389 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
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Usf1Q61069 AC159093.1-201ENSMUST00000227779 380 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
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Usf1Q61069 Tamm41-201ENSMUST00000032461 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Ly6g6f-201ENSMUST00000038507 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 2300002M23Rik-201ENSMUST00000044326 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Ptprcap-201ENSMUST00000061086 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 A330070K13Rik-201ENSMUST00000063656 633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Abcc5-203ENSMUST00000096199 1136 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Camk2d-228ENSMUST00000200171 5396 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Six3-203ENSMUST00000176081 3680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Rbms1-209ENSMUST00000164147 2543 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usf1Q61069 Flot1-209ENSMUST00000174080 1383 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Snap91-201ENSMUST00000036347 4237 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Ocel1-201ENSMUST00000002469 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Dbnl-203ENSMUST00000109845 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Kcng4-202ENSMUST00000164382 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usf1Q61069 Mtif3-201ENSMUST00000016654 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
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Usf1Q61069 Anks6-202ENSMUST00000107747 3980 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
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Usf1Q61069 Trim14-202ENSMUST00000102924 1582 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 52.6 ms