Protein–RNA interactions for Protein: Q3UWA4

Trim40, Tripartite motif-containing protein 40, mousemouse

Predictions only

Length 246 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim40Q3UWA4 Snph-203ENSMUST00000109875 4910 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Nkpd1-202ENSMUST00000207576 2916 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Papola-202ENSMUST00000109901 4380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Nedd4l-202ENSMUST00000163516 8163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Nr2e1-201ENSMUST00000019938 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Cxcl14-201ENSMUST00000021970 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Tll1-201ENSMUST00000066166 4767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Sufu-202ENSMUST00000111867 1747 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Arl2bp-202ENSMUST00000109527 1133 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Dpyd-204ENSMUST00000149101 531 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Uqcc2-201ENSMUST00000025045 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Nfu1-201ENSMUST00000032060 948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Rnf208-201ENSMUST00000060818 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Tmem53-201ENSMUST00000062824 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Chpt1-202ENSMUST00000073783 852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Hist2h2aa2-201ENSMUST00000074976 528 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Hist2h2aa1-201ENSMUST00000078756 586 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Tcap-201ENSMUST00000008021 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Zpbp-201ENSMUST00000020413 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Exoc8-201ENSMUST00000098312 4598 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Mios-201ENSMUST00000040017 3710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Tfap2a-206ENSMUST00000224665 1958 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 6330411D24Rik-201ENSMUST00000211105 1568 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Mapk9-205ENSMUST00000109179 4682 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Mapk9-209ENSMUST00000164643 4682 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Pip4k2a-201ENSMUST00000006912 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Tor2a-201ENSMUST00000009707 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Fiz1-201ENSMUST00000077385 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Mtif3-201ENSMUST00000016654 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Ppfia3-207ENSMUST00000211067 4565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Ppm1e-201ENSMUST00000055438 6344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Slc29a4-201ENSMUST00000058418 2789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Itgb4-201ENSMUST00000021107 6014 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Zkscan14-201ENSMUST00000031632 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Gm2399-201ENSMUST00000104944 225 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 2610528J11Rik-202ENSMUST00000106367 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Trmt2a-202ENSMUST00000100099 2235 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Chuk-202ENSMUST00000119591 3481 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim40Q3UWA4 Rrp9-201ENSMUST00000047721 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Irak1-205ENSMUST00000114353 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Rb1-201ENSMUST00000022701 4656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Ret-202ENSMUST00000088790 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Rhod-202ENSMUST00000117462 1495 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Senp7-211ENSMUST00000202000 3218 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 1810041L15Rik-203ENSMUST00000189248 5296 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Nfkbid-202ENSMUST00000108175 2000 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Sec14l1-203ENSMUST00000103026 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Rnpep-202ENSMUST00000077340 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Rgl3-201ENSMUST00000045726 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Bcs1l-202ENSMUST00000113732 1679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Agpat1-201ENSMUST00000037489 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Pgap3-202ENSMUST00000090827 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Aptx-203ENSMUST00000108103 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Fam213a-202ENSMUST00000118466 1567 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Usp43-202ENSMUST00000108677 4447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Dag1-203ENSMUST00000171412 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Slc35f1-201ENSMUST00000105473 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Rpl27-202ENSMUST00000107249 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Crct1-202ENSMUST00000107301 460 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Tomm6-202ENSMUST00000113302 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Tecr-203ENSMUST00000165740 1120 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Gm6211-202ENSMUST00000167849 925 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Psmd8-201ENSMUST00000059642 1540 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Slc35a1-201ENSMUST00000029970 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Trappc5-201ENSMUST00000044857 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Plaa-201ENSMUST00000107107 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 F2rl1-201ENSMUST00000022185 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Rarg-202ENSMUST00000063339 2718 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Sharpin-201ENSMUST00000023211 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Klk9-201ENSMUST00000005891 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Zfp277-202ENSMUST00000069692 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Rims3-201ENSMUST00000071093 6505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Rffl-202ENSMUST00000071152 3633 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Golga5-201ENSMUST00000021609 3390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Nr1h2-213ENSMUST00000167197 1944 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Macrod2-201ENSMUST00000043836 3552 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Plcl1-201ENSMUST00000042986 6580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Eda-205ENSMUST00000113778 4942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Eda-207ENSMUST00000113780 4915 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Eda-208ENSMUST00000113781 4915 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Eda-209ENSMUST00000113783 4930 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Ttc13-203ENSMUST00000118134 3277 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Sclt1-201ENSMUST00000026866 3005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Shisa7-201ENSMUST00000066041 6006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Prpf3-207ENSMUST00000161476 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Trmo-202ENSMUST00000086563 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Otp-201ENSMUST00000022195 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 AC133083.1-201ENSMUST00000221736 2209 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Eif1a-202ENSMUST00000168382 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Agrn-206ENSMUST00000180572 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Rbpms2-201ENSMUST00000055844 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Rusc1-203ENSMUST00000166687 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Knstrn-202ENSMUST00000110842 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Gm18284-201ENSMUST00000172604 624 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Slc7a6os-201ENSMUST00000035925 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Ssu72-201ENSMUST00000030905 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Itga5-201ENSMUST00000023128 4382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Rabl6-201ENSMUST00000058137 3230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Adcy5-201ENSMUST00000114913 7007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim40Q3UWA4 Appl1-201ENSMUST00000036570 7642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.5 ms