Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Mmp28-201ENSMUST00000021020 2311 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1r2-202ENSMUST00000115233 958 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26039-201ENSMUST00000158152 144 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Fxyd5-208ENSMUST00000161805 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ndufab1-ps-201ENSMUST00000166096 468 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Krt10-202ENSMUST00000211768 557 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm18669-201ENSMUST00000216049 778 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ndufb8-201ENSMUST00000026222 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Calm2-201ENSMUST00000040440 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Etfb-201ENSMUST00000004729 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ephx4-201ENSMUST00000049146 1279 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Rprd1b-207ENSMUST00000152452 1910 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Lrp5-201ENSMUST00000025856 5161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Kdm5b-203ENSMUST00000112198 5413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Rtkn-201ENSMUST00000065512 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ppm1b-202ENSMUST00000112304 3262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Plppr2-201ENSMUST00000046371 2626 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Tubb4b-ps1-201ENSMUST00000179460 1336 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Bmi1-201ENSMUST00000028071 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Serac1-201ENSMUST00000024570 2033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Hmgb3-202ENSMUST00000072699 1571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Fgf4-201ENSMUST00000060336 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Zswim8-201ENSMUST00000022358 6073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxa10-201ENSMUST00000121043 1436 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 A830018L16Rik-208ENSMUST00000171690 6158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Prdm6-201ENSMUST00000091900 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Foxa3-201ENSMUST00000036018 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Tia1-203ENSMUST00000095754 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gpha2-202ENSMUST00000113526 762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11950-201ENSMUST00000121615 838 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm44924-201ENSMUST00000138087 421 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 4930505N22Rik-201ENSMUST00000181820 945 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gpha2-201ENSMUST00000025698 609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7461-201ENSMUST00000058918 827 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Zic1-201ENSMUST00000034927 5606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Camsap3-206ENSMUST00000207533 2584 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Tcf7l2-203ENSMUST00000111646 2839 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc105-201ENSMUST00000105383 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Auh-202ENSMUST00000110031 3235 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Fiz1-202ENSMUST00000165320 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Apba3-201ENSMUST00000057798 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Sept8-203ENSMUST00000120878 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 C030037D09Rik-202ENSMUST00000136201 1216 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26620-201ENSMUST00000180542 817 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm8797-201ENSMUST00000192045 490 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gzmm-201ENSMUST00000020549 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Snhg10-202ENSMUST00000222812 527 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Cmtm7-202ENSMUST00000084867 874 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 S100a16-202ENSMUST00000098911 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Evx2-201ENSMUST00000001867 4191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ddx28-201ENSMUST00000058579 2262 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Rasal2-201ENSMUST00000078308 10047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 1810013L24Rik-201ENSMUST00000023150 4066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Zscan25-201ENSMUST00000094116 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Trim25-202ENSMUST00000100627 1433 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Pagr1a-202ENSMUST00000200948 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm42742-205ENSMUST00000202798 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gmcl1-201ENSMUST00000001185 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgef25-212ENSMUST00000222006 1896 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 4933427J07Rik-201ENSMUST00000156275 1533 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm38534-201ENSMUST00000206566 1909 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Pgm3-202ENSMUST00000072585 1920 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Card10-203ENSMUST00000170584 3220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Bmp8a-201ENSMUST00000040496 2405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Usp49-201ENSMUST00000024779 8252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Cdk12-203ENSMUST00000107539 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15545-203ENSMUST00000150613 1059 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm3272-201ENSMUST00000181181 1229 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm38973-201ENSMUST00000206810 878 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10566-201ENSMUST00000086739 996 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Xpo4-209ENSMUST00000174545 8680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Frmd5-203ENSMUST00000121219 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 AC121598.2-201ENSMUST00000228376 2325 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Hps4-201ENSMUST00000035279 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem254b-201ENSMUST00000022418 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Amigo2-201ENSMUST00000053106 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ece2-202ENSMUST00000122306 2495 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Fxr1-201ENSMUST00000001620 2459 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Synpo-205ENSMUST00000130044 4970 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Rab11b-203ENSMUST00000173860 1544 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Prss54-205ENSMUST00000213096 1501 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 5031425F14Rik-201ENSMUST00000127920 2098 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 St3gal3-203ENSMUST00000106410 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 D730003I15Rik-202ENSMUST00000194375 1667 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Krt13-201ENSMUST00000007275 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm19721-201ENSMUST00000195284 1764 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Papola-203ENSMUST00000163473 2544 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ndufaf8-201ENSMUST00000106223 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Utp23-204ENSMUST00000161651 582 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28876-201ENSMUST00000188137 703 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Nme3-201ENSMUST00000024978 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 4933427E11Rik-201ENSMUST00000056711 1214 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Trp73-203ENSMUST00000105643 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Fbrsl1-206ENSMUST00000198834 2571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gsg1-201ENSMUST00000087729 1307 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Itpripl2-201ENSMUST00000178344 6865 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ptprs-201ENSMUST00000067538 6855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Ift74-201ENSMUST00000030311 2139 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Map3k10-201ENSMUST00000036453 3682 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Ccdc3Q9D6Y1 Fam129c-208ENSMUST00000143662 2267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20 ms