Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Sbf1-201ENSMUST00000123791 6190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Ece2-202ENSMUST00000122306 2495 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Kat2b-ps-201ENSMUST00000128468 2490 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Mpst-201ENSMUST00000043865 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Mrgprf-202ENSMUST00000117718 1935 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Tmf1-201ENSMUST00000095664 5732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Cpeb2-204ENSMUST00000166713 6846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Mtch2-205ENSMUST00000136872 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Camsap3-206ENSMUST00000207533 2584 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Diaph1-205ENSMUST00000115634 5666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Gmnn-202ENSMUST00000110382 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Psmb1-201ENSMUST00000014913 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Gm27002-201ENSMUST00000182789 620 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Zdhhc6-209ENSMUST00000225495 1711 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Jade1-202ENSMUST00000163764 5584 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Nos1ap-207ENSMUST00000161966 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Zfp800-203ENSMUST00000115321 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Gm29514-202ENSMUST00000186665 2214 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Scrib-201ENSMUST00000002603 5599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Grk6-202ENSMUST00000099482 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Ssfa2-203ENSMUST00000111788 4976 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Stox1-202ENSMUST00000133371 3510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Il17rb-201ENSMUST00000016110 2061 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Nfs1-201ENSMUST00000029147 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Commd6-201ENSMUST00000100339 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Drap1-202ENSMUST00000113673 744 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Timm23-201ENSMUST00000013845 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 A230065H16Rik-201ENSMUST00000150384 670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Gm13054-201ENSMUST00000154192 820 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Upp1-205ENSMUST00000164791 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Gm29629-201ENSMUST00000187926 386 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Stard3nl-209ENSMUST00000221380 1268 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Msl1-204ENSMUST00000107487 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Xxylt1-201ENSMUST00000055389 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Nrl-201ENSMUST00000062232 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Eif4enif1-203ENSMUST00000110049 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Cd302-202ENSMUST00000074606 1354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Lrrc58-201ENSMUST00000078717 8604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Diras1-201ENSMUST00000055125 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Gal3st1-201ENSMUST00000063004 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Fuz-201ENSMUST00000071207 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Krt13-201ENSMUST00000007275 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Rcn1-201ENSMUST00000006128 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Podxl2-202ENSMUST00000061262 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Gnb2-203ENSMUST00000111023 1471 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 AC154855.1-201ENSMUST00000227353 1458 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Lhx6-205ENSMUST00000112967 3378 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Ostm1-201ENSMUST00000040718 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Ptpre-201ENSMUST00000073961 5410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Mark3-201ENSMUST00000075281 3321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Dohh-202ENSMUST00000121047 946 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Gm1401-201ENSMUST00000122048 772 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Nabp2-204ENSMUST00000166608 979 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Pts-206ENSMUST00000214873 511 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 AC161829.1-201ENSMUST00000220298 281 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Mrpl36-202ENSMUST00000221730 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Vti1a-206ENSMUST00000225529 1244 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Slc25a43-201ENSMUST00000047655 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Cebpzos-201ENSMUST00000063817 753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Gm5145-201ENSMUST00000095633 837 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Fam131a-202ENSMUST00000118919 2262 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Pcf11-201ENSMUST00000119954 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Gm20604-201ENSMUST00000174651 2795 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Ythdc1-203ENSMUST00000120498 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Htra3-202ENSMUST00000114233 1901 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Aldh7a1-201ENSMUST00000066208 1914 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Runx1t1-201ENSMUST00000006761 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Fam20c-201ENSMUST00000026972 3582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Trim44-201ENSMUST00000102573 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Pacsin1-204ENSMUST00000114873 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Letm1-201ENSMUST00000005431 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Sri-205ENSMUST00000148633 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Adgrv1-207ENSMUST00000128585 2580 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Khsrp-201ENSMUST00000007814 3990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Tmem8-201ENSMUST00000025010 3464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Paqr7-201ENSMUST00000081525 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Aatk-203ENSMUST00000103020 5687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Hpca-203ENSMUST00000116442 1568 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Ckap4-202ENSMUST00000167671 2606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 4930442P19Rik-201ENSMUST00000193163 1240 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Hikeshi-207ENSMUST00000207309 835 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Nmu-201ENSMUST00000031146 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Thumpd3-201ENSMUST00000032398 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Rps4l-201ENSMUST00000071745 943 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Tspan10-201ENSMUST00000044105 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Ube2f-204ENSMUST00000178627 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Zhx1-202ENSMUST00000110168 5212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Vsig10-201ENSMUST00000086464 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 3110043O21Rik-203ENSMUST00000108127 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Cers1-202ENSMUST00000140239 2711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Slc35e1-202ENSMUST00000152080 4383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Fjx1-201ENSMUST00000099678 3134 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Efnb2-201ENSMUST00000001319 4793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Slc16a3-201ENSMUST00000070653 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 4930474H06Rik-201ENSMUST00000132822 1590 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Tmem127-201ENSMUST00000035871 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Tsen15-201ENSMUST00000015124 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 1700001G17Rik-201ENSMUST00000191779 889 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Olfr571-201ENSMUST00000061738 969 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Gm5414-201ENSMUST00000062879 1659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.9 ms