Protein–RNA interactions for Protein: O88609

Lmx1b, LIM homeobox transcription factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 395 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1bO88609 Smpdl3b-201ENSMUST00000030709 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Runx1t1-201ENSMUST00000006761 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Pcyox1-206ENSMUST00000204116 546 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Stx3-208ENSMUST00000211641 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Cdkn2c-201ENSMUST00000063531 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Gfra4-202ENSMUST00000066958 783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Krt12-201ENSMUST00000017741 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Puf60-201ENSMUST00000002599 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Nrxn2-202ENSMUST00000113458 3503 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Atp5c1-202ENSMUST00000114896 1735 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Parg-208ENSMUST00000170840 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Hoxd4-201ENSMUST00000047904 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Arih1-207ENSMUST00000171975 6971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Lonp1-201ENSMUST00000047226 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Mrpl37-201ENSMUST00000030365 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Bean1-204ENSMUST00000171018 3386 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Igsf23-201ENSMUST00000043440 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Donson-201ENSMUST00000023682 2360 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Tdh-201ENSMUST00000022522 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Agpat3-203ENSMUST00000105388 3681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Nxnl1-201ENSMUST00000048243 2285 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Cpox-201ENSMUST00000060077 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Zfp277-201ENSMUST00000069637 2188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Ntrk1-201ENSMUST00000029712 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Npb-202ENSMUST00000106194 530 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Npb-203ENSMUST00000106195 542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Mrps18c-203ENSMUST00000112901 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Ndufb11-201ENSMUST00000116621 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Gm17349-201ENSMUST00000163472 300 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Gm43791-201ENSMUST00000202914 468 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Kiss1r-202ENSMUST00000219745 979 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Nthl1-201ENSMUST00000047611 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Adrb2-201ENSMUST00000053640 2143 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Olfr315-201ENSMUST00000081533 998 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Lce1i-201ENSMUST00000090866 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Lmx1bO88609 Rara-204ENSMUST00000107475 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Hspa8-201ENSMUST00000015800 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Gm15582-201ENSMUST00000132849 1581 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Otud5-202ENSMUST00000115665 3821 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Trmo-201ENSMUST00000030015 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Eps8-201ENSMUST00000058210 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Mfsd13a-202ENSMUST00000128041 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Tm9sf2-203ENSMUST00000171318 1494 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Tm7sf2-201ENSMUST00000025713 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Gprc5c-203ENSMUST00000122967 1709 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Tmem175-204ENSMUST00000146207 1686 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Cklf-208ENSMUST00000212433 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Sgta-201ENSMUST00000005067 1969 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Arhgef7-205ENSMUST00000110909 4926 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Fiz1-203ENSMUST00000167804 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 A530084C06Rik-201ENSMUST00000170573 3200 ntAPPRIS P1 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Pgm3-202ENSMUST00000072585 1920 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Gm25016-201ENSMUST00000158399 131 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Gm38282-201ENSMUST00000192751 695 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Ak6-201ENSMUST00000022135 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 AC130711.1-201ENSMUST00000224277 906 ntAPPRIS P1 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Nudt1-201ENSMUST00000050205 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Nudt1-202ENSMUST00000071881 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 St3gal3-203ENSMUST00000106410 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Fmr1-201ENSMUST00000088546 4409 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Ddx41-204ENSMUST00000224765 2199 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Zcchc4-203ENSMUST00000113904 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Nkpd1-201ENSMUST00000078908 2753 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Cdc14b-203ENSMUST00000109770 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Ogg1-201ENSMUST00000032406 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Dnajc2-201ENSMUST00000030771 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Dnm1-216ENSMUST00000201494 2732 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Col17a1-202ENSMUST00000086923 5477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Prrt4-201ENSMUST00000159200 3411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Spata18-202ENSMUST00000071077 1978 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Eri1-201ENSMUST00000033927 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 AC125311.2-201ENSMUST00000227477 1940 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Tmtc4-209ENSMUST00000148661 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Col15a1-202ENSMUST00000102917 5172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Nrl-202ENSMUST00000111404 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Arhgef25-212ENSMUST00000222006 1896 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Mapk8ip3-221ENSMUST00000178969 5579 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Nit1-202ENSMUST00000111295 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Fam71e1-202ENSMUST00000205359 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Ust-201ENSMUST00000061601 4228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Gm20460-201ENSMUST00000168709 1572 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Clcn2-202ENSMUST00000120099 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Rab3d-202ENSMUST00000119055 694 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Gm18958-201ENSMUST00000174258 762 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Cacna1c-216ENSMUST00000188522 7338 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Slc35e3-201ENSMUST00000079041 3489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Rasal2-201ENSMUST00000078308 10047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Cdv3-207ENSMUST00000190226 3107 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Atp1b1-201ENSMUST00000027863 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Cxcl14-201ENSMUST00000021970 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Gm9954-202ENSMUST00000198686 4725 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Gapvd1-203ENSMUST00000113099 5758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Snrnp48-201ENSMUST00000091641 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Hmg20b-213ENSMUST00000167481 1321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Wnt4-201ENSMUST00000045747 4194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Csnk2a2-203ENSMUST00000212214 6779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Capn1-202ENSMUST00000164843 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Irf3-213ENSMUST00000209066 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Gpha2-202ENSMUST00000113526 762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Lmx1bO88609 Ppdpf-201ENSMUST00000016488 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.3 ms