Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Lat2-202ENSMUST00000077636 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Tpm2-202ENSMUST00000107913 2098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Fxr1-201ENSMUST00000001620 2459 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Tsks-201ENSMUST00000080233 1806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Trmt2a-202ENSMUST00000100099 2235 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Wasf2-201ENSMUST00000084241 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 2810474O19Rik-209ENSMUST00000189932 5269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Snap91-204ENSMUST00000098495 4150 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Usp31-201ENSMUST00000046929 10198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Gch1-201ENSMUST00000089959 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Kcnab3-201ENSMUST00000018614 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Arl4aos-201ENSMUST00000135883 748 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Alcam-206ENSMUST00000168071 878 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Alkbh1-212ENSMUST00000185301 408 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Spcs1-201ENSMUST00000186131 1005 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Nudt17-204ENSMUST00000200387 2108 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Ap1g1-202ENSMUST00000093157 6899 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Dennd1a-201ENSMUST00000102787 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Gm26762-201ENSMUST00000180864 5284 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Nespas-203ENSMUST00000151472 2248 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Hand1-201ENSMUST00000036917 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Polr3d-201ENSMUST00000000793 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Slc16a7-205ENSMUST00000210780 2562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Aim2-204ENSMUST00000166137 2079 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Prcc-201ENSMUST00000005015 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Mepce-201ENSMUST00000031740 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Tmem183a-201ENSMUST00000049470 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Slc35g2-201ENSMUST00000093792 1590 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Bloc1s3-201ENSMUST00000077408 3188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Rbmxl1-202ENSMUST00000211719 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 F2rl1-201ENSMUST00000022185 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Urgcp-201ENSMUST00000053427 5527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Lpgat1-201ENSMUST00000110855 7233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Gm42417-201ENSMUST00000191849 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
Ddx28Q9CWT6 Gm29241-201ENSMUST00000189260 1096 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 D130020L05Rik-202ENSMUST00000220889 769 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Clk4-201ENSMUST00000093132 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Ubn1-201ENSMUST00000052449 6455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Wnt8b-201ENSMUST00000041163 3376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Adam22-201ENSMUST00000046838 2773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Klhl29-201ENSMUST00000020958 7041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Pdx1-201ENSMUST00000085591 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Igdcc3-201ENSMUST00000034961 3146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Bptf-201ENSMUST00000057892 11488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Pced1a-202ENSMUST00000110277 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Cd151-203ENSMUST00000177840 1708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Zmym3-201ENSMUST00000063577 6057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Cdc123-201ENSMUST00000043864 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Tbx18-201ENSMUST00000034991 4679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Celf1-201ENSMUST00000005643 4830 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Krt86-201ENSMUST00000088049 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Dhcr24-201ENSMUST00000047973 4028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Mipol1-201ENSMUST00000123498 2117 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Erlin1-201ENSMUST00000071698 3228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Eif4g1-201ENSMUST00000044783 5444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Wnt2b-201ENSMUST00000029429 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Senp3-202ENSMUST00000066760 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Svbp-203ENSMUST00000106345 684 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Gm15375-201ENSMUST00000119510 849 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Fam50b-201ENSMUST00000039605 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Hmga1-202ENSMUST00000117254 1328 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Antxr2-201ENSMUST00000031281 5656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Ankdd1a-201ENSMUST00000061766 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 P3h1-203ENSMUST00000102662 2977 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Diras1-201ENSMUST00000055125 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Rgl1-201ENSMUST00000027760 4572 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Tbc1d9-201ENSMUST00000034145 4631 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Gm10654-201ENSMUST00000098653 1633 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Ruvbl1-201ENSMUST00000032165 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 H2-Q4-201ENSMUST00000081435 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Gm27029-202ENSMUST00000107259 1855 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Krt12-201ENSMUST00000017741 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Mff-202ENSMUST00000078332 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Acbd4-203ENSMUST00000107040 1959 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Arf1-202ENSMUST00000163300 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Rpf1-203ENSMUST00000199079 1978 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Adam23-201ENSMUST00000087374 6426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 4930503L19Rik-201ENSMUST00000067556 2291 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Neu1-201ENSMUST00000007253 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Elac2-203ENSMUST00000108697 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Zkscan3-208ENSMUST00000224820 5398 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Ripk1-201ENSMUST00000021844 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Matk-201ENSMUST00000105328 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Ocel1-202ENSMUST00000110051 2179 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Sdr39u1-201ENSMUST00000111325 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Prkab1-202ENSMUST00000111999 2026 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Ptpro-203ENSMUST00000167679 5096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Gm26860-201ENSMUST00000181674 1489 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Gm26885-201ENSMUST00000181920 1688 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Gm27275-201ENSMUST00000184318 272 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Gm37820-201ENSMUST00000194021 2147 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Eif4h-201ENSMUST00000036125 2367 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Meox1-201ENSMUST00000057054 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Mob2-201ENSMUST00000084418 1490 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Shisa2-201ENSMUST00000053949 3119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Vhl-201ENSMUST00000035673 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Dnajb9-201ENSMUST00000015049 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Epn1-201ENSMUST00000045277 2334 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 4930426D05Rik-202ENSMUST00000139804 1650 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Ddx28Q9CWT6 Mid1-206ENSMUST00000112107 3194 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 44.3 ms