Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Bin2-204ENSMUST00000182775 1908 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Arhgef19-201ENSMUST00000006618 3414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Nkiras2-201ENSMUST00000017981 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Icmt-201ENSMUST00000048892 4919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Rxra-201ENSMUST00000077257 4905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 1700020A23Rik-202ENSMUST00000110281 521 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Dgcr6-208ENSMUST00000153123 920 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Hsd17b1-201ENSMUST00000019445 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Srf-201ENSMUST00000015749 4093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Cldn6-201ENSMUST00000024699 1506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Slbp-203ENSMUST00000101354 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Mtss1l-201ENSMUST00000052457 4717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Coq5-201ENSMUST00000040421 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Snx14-205ENSMUST00000173011 2238 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Stac2-201ENSMUST00000017544 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Negr1-202ENSMUST00000074015 4983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Zcchc6-207ENSMUST00000225576 2499 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Rd3-201ENSMUST00000175680 1969 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Carmn-201ENSMUST00000181155 1778 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Hmgb1-rs17-201ENSMUST00000210634 972 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 4931422A03Rik-201ENSMUST00000056170 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 4930431F12Rik-201ENSMUST00000079389 429 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Tmco4-202ENSMUST00000050949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Tmem131-201ENSMUST00000027290 6546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Akt2-205ENSMUST00000108344 4544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Gm16897-201ENSMUST00000180780 2492 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Ing1-207ENSMUST00000211007 2241 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Cdv3-201ENSMUST00000035484 3387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Ncoa5-203ENSMUST00000122070 3117 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Klhdc8b-214ENSMUST00000195435 1612 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Prss54-205ENSMUST00000213096 1501 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Wnt10b-207ENSMUST00000228594 1510 ntAPPRIS P1 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Fam109a-201ENSMUST00000056654 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Atxn7l2-202ENSMUST00000117409 2321 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Acot1-201ENSMUST00000168120 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Vac14-201ENSMUST00000034190 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Pih1d1-202ENSMUST00000107811 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Pqlc1-208ENSMUST00000144468 1050 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Prss45-202ENSMUST00000146794 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Cox6c-205ENSMUST00000156915 606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Syne4-208ENSMUST00000176304 1006 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Gm26549-201ENSMUST00000181112 1209 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Arl5b-206ENSMUST00000193836 481 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Gm43077-201ENSMUST00000200602 491 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Gm33054-201ENSMUST00000216588 313 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Cldn22-201ENSMUST00000038693 995 ntAPPRIS P1 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Ak5-201ENSMUST00000045262 3323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Fcho2-208ENSMUST00000224992 2964 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Cep83-201ENSMUST00000020212 3639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Slc25a3-201ENSMUST00000076694 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Krt77-201ENSMUST00000087996 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Adprh-201ENSMUST00000002923 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Cryl1-201ENSMUST00000022517 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Rilp-201ENSMUST00000042972 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Mfhas1-201ENSMUST00000037666 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Wac-207ENSMUST00000167020 5208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Tmc6-202ENSMUST00000103025 1279 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Snx3-202ENSMUST00000105499 1057 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Rps27l-203ENSMUST00000127896 575 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 4930570G19Rik-204ENSMUST00000149387 986 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 2210408F21Rik-212ENSMUST00000152157 490 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Bag2-203ENSMUST00000187602 378 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Gm2651-201ENSMUST00000203560 838 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Pard6a-204ENSMUST00000212352 1234 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Npw-202ENSMUST00000213213 531 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 1700037H04Rik-201ENSMUST00000028800 832 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Gm9991-201ENSMUST00000070048 1207 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Sftpb-201ENSMUST00000070437 1131 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Tacc3-203ENSMUST00000114426 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 U2af2-209ENSMUST00000209099 2088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Papola-203ENSMUST00000163473 2544 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Gm13032-201ENSMUST00000151848 2001 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Agfg2-202ENSMUST00000100544 2858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 2810408A11Rik-204ENSMUST00000108621 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 4933434E20Rik-209ENSMUST00000162114 1411 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Tbcb-201ENSMUST00000006254 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Gm26697-201ENSMUST00000180898 1760 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Polr2m-202ENSMUST00000163972 2138 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Cyp26c1-201ENSMUST00000073391 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 Pea15a-202ENSMUST00000111247 2435 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.57
Col6a1Q04857 D1Ertd622e-204ENSMUST00000153115 3495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Gm15372-201ENSMUST00000120729 834 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Chchd7-205ENSMUST00000120732 711 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Pafah1b3-207ENSMUST00000155118 679 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Il17re-203ENSMUST00000101065 1973 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 9330154J02Rik-202ENSMUST00000185960 2557 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Fam46c-201ENSMUST00000061455 5640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Fgf22-202ENSMUST00000219228 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Vps4a-201ENSMUST00000034388 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Farsa-201ENSMUST00000003906 1826 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Naif1-201ENSMUST00000048431 4650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Rassf8-203ENSMUST00000111704 5446 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 AC163637.2-201ENSMUST00000213826 1945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Matn4-204ENSMUST00000109359 2179 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Tmem254c-202ENSMUST00000100819 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Park7-203ENSMUST00000105674 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Ptcra-201ENSMUST00000041012 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Mthfd2-201ENSMUST00000005810 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Ahcyl2-202ENSMUST00000102995 5155 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Col6a1Q04857 Ptgis-202ENSMUST00000088041 1711 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.5 ms