Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Rcn1-201ENSMUST00000006128 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 A430057M04Rik-202ENSMUST00000170150 2176 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Impdh1-210ENSMUST00000162739 2471 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Tbx2-201ENSMUST00000000095 3626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Prkcg-202ENSMUST00000172109 2119 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Tcf7l2-203ENSMUST00000111646 2839 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Gm14464-201ENSMUST00000119658 1254 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Mis18bp1-202ENSMUST00000124201 717 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Gm38973-201ENSMUST00000206810 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Ifi27l2a-201ENSMUST00000055071 463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Ap1s1-201ENSMUST00000111080 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Prss8-201ENSMUST00000032988 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 1700025L06Rik-203ENSMUST00000211477 1623 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Meis2-202ENSMUST00000074285 2844 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Eepd1-201ENSMUST00000040677 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Gm26568-201ENSMUST00000180496 1594 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Ankrd40-201ENSMUST00000021227 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Ocel1-201ENSMUST00000002469 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Pmm1-201ENSMUST00000023112 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Clint1-201ENSMUST00000109260 3311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Mtrf1l-201ENSMUST00000019908 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Rusc1-203ENSMUST00000166687 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Tnfrsf13c-201ENSMUST00000089161 1906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Neil3-201ENSMUST00000047768 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Alkal1-201ENSMUST00000133144 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Apopt1-204ENSMUST00000163220 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Npw-202ENSMUST00000213213 531 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Apbb1-205ENSMUST00000187057 1630 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Ccdc102a-201ENSMUST00000077955 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Fam181a-203ENSMUST00000191218 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Eva1c-201ENSMUST00000037539 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Atoh1-201ENSMUST00000101351 2121 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Fcgrt-203ENSMUST00000210642 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Nup153-201ENSMUST00000021803 6109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 S1pr5-201ENSMUST00000122088 2500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Fam57b-207ENSMUST00000207020 1777 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Gm16295-201ENSMUST00000139512 643 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Gm38186-201ENSMUST00000192574 449 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 3110040N11Rik-201ENSMUST00000026092 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Abcc5-203ENSMUST00000096199 1136 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Chrna2-202ENSMUST00000206455 1933 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Fhl3-201ENSMUST00000038684 1664 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 4933434E20Rik-209ENSMUST00000162114 1411 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Tubg1-201ENSMUST00000043680 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Osbpl1a-203ENSMUST00000118313 2893 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Phtf1-203ENSMUST00000090685 3006 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Krt12-201ENSMUST00000017741 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Ttyh1-217ENSMUST00000206869 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Podxl-201ENSMUST00000026698 5379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Cdca7-201ENSMUST00000102691 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Gatc-201ENSMUST00000139167 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Mfsd4b3-201ENSMUST00000095749 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Mpv17l-205ENSMUST00000143697 580 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Ctsg-201ENSMUST00000015583 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Gm38119-201ENSMUST00000192027 755 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Tomm22-201ENSMUST00000023062 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Gm9991-201ENSMUST00000070048 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Lce1a1-201ENSMUST00000074142 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Pi4k2b-201ENSMUST00000031081 3139 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Hs6st1-201ENSMUST00000088174 3719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Ppp3cb-206ENSMUST00000161989 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Fam189a1-201ENSMUST00000119118 4801 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trim28Q62318 Xxylt1-201ENSMUST00000055389 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Lcn12-202ENSMUST00000114245 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 E2f7-205ENSMUST00000173634 827 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Hsf5-201ENSMUST00000093956 4158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Kalrn-208ENSMUST00000114961 6128 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Ppp1r1b-201ENSMUST00000078694 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 A130051J06Rik-201ENSMUST00000180649 2618 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Rsph6a-202ENSMUST00000076887 1580 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Hoxc4-202ENSMUST00000165375 2121 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Mettl27-205ENSMUST00000111221 1796 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Kansl1-204ENSMUST00000106972 5427 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Rnf181-203ENSMUST00000114095 869 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Gm37280-201ENSMUST00000194583 375 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Umpk-ps-201ENSMUST00000211897 827 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Ifi27l2b-201ENSMUST00000044687 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 9330160F10Rik-201ENSMUST00000101007 2766 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Zfpm1-201ENSMUST00000054052 3390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 A130010J15Rik-201ENSMUST00000110831 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Auh-202ENSMUST00000110031 3235 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Pdxdc1-202ENSMUST00000115802 2466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Tulp1-202ENSMUST00000114794 1738 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Dnm1-216ENSMUST00000201494 2732 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Agbl5-215ENSMUST00000202060 3121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Sirt1-202ENSMUST00000105442 3740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Ube2f-204ENSMUST00000178627 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 H2-K1-205ENSMUST00000172912 1570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Ppme1-201ENSMUST00000032963 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 St8sia5-201ENSMUST00000075290 1841 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Elac2-202ENSMUST00000101049 2884 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Pick1-206ENSMUST00000166155 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Naa30-205ENSMUST00000153488 4446 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Gm16272-201ENSMUST00000128218 388 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Atg101-201ENSMUST00000048393 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Ephx4-201ENSMUST00000049146 1279 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Hist1h1a-201ENSMUST00000055770 741 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Igf2bp2-201ENSMUST00000100052 3899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Dtnb-222ENSMUST00000174479 3689 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Trim28Q62318 Aqp5-202ENSMUST00000169082 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.8 ms