Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd40-203ENSMUST00000107818 3487 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Slc6a8-206ENSMUST00000164449 2151 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Mcu-202ENSMUST00000020312 2872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 AU022751-202ENSMUST00000117544 2201 ntAPPRIS P4 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp3cb-206ENSMUST00000161989 2322 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Scml4-203ENSMUST00000105495 1033 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15372-201ENSMUST00000120729 834 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 4930451I11Rik-201ENSMUST00000061695 481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Casp8-204ENSMUST00000191201 1849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Rtn4-204ENSMUST00000102842 2257 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Magi2-205ENSMUST00000197354 4785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Mag-201ENSMUST00000040548 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Cdk9-202ENSMUST00000120105 1565 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Cspg5-205ENSMUST00000199736 2107 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf121-202ENSMUST00000096639 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Jak2-201ENSMUST00000025705 4947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a3-206ENSMUST00000170810 1341 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Taf6l-211ENSMUST00000177056 2006 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Nkiras2-201ENSMUST00000017981 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Surf4-201ENSMUST00000015011 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Rsph6a-202ENSMUST00000076887 1580 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Nrxn2-203ENSMUST00000113459 3285 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Rbpms2-201ENSMUST00000055844 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 2310009B15Rik-201ENSMUST00000112025 565 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpa1l2-ps-201ENSMUST00000129154 964 ntBASIC27.57■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Platr15-201ENSMUST00000147128 768 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 9530052E02Rik-201ENSMUST00000180750 949 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Cbr2-201ENSMUST00000026148 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Dgcr6-202ENSMUST00000076757 894 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15442-201ENSMUST00000117905 1527 ntBASIC27.56■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26568-201ENSMUST00000180496 1594 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10649-203ENSMUST00000148066 1812 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Hpca-203ENSMUST00000116442 1568 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt11-201ENSMUST00000103007 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Eepd1-201ENSMUST00000040677 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf26-201ENSMUST00000056328 2724 ntAPPRIS P2 BASIC27.55■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc43-202ENSMUST00000121444 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Jam2-201ENSMUST00000098407 1998 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Rfesd-203ENSMUST00000179078 1436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufaf8-202ENSMUST00000185558 427 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 1700019N19Rik-201ENSMUST00000028299 970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt16l1-201ENSMUST00000050881 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Otub1-202ENSMUST00000123594 1728 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Blmh-201ENSMUST00000021197 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem185a-201ENSMUST00000101506 2429 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Klc1-202ENSMUST00000118471 2272 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12216-201ENSMUST00000117316 1152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Erdr1-203ENSMUST00000179077 887 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 A830052D11Rik-201ENSMUST00000181729 1130 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Ogfod2-207ENSMUST00000196627 532 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Npcd-201ENSMUST00000023060 1162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem270-201ENSMUST00000047305 932 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Ruvbl2-201ENSMUST00000107771 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Fkbp14-202ENSMUST00000117375 1830 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl27-205ENSMUST00000111221 1796 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29514-202ENSMUST00000186665 2214 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Adprh-201ENSMUST00000002923 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Tedc2-201ENSMUST00000024930 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 4833418N02Rik-202ENSMUST00000146560 1495 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Slc29a1-222ENSMUST00000171847 2033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Mier2-212ENSMUST00000172158 1400 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Cep83-201ENSMUST00000020212 3639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Smpd5-202ENSMUST00000163991 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Ift74-202ENSMUST00000107104 1713 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Fosl1-201ENSMUST00000025850 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Apbb1-205ENSMUST00000187057 1630 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl21a-202ENSMUST00000114079 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxaas2-202ENSMUST00000155922 1567 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Shd-201ENSMUST00000044216 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Ptpra-201ENSMUST00000028769 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Cep68-204ENSMUST00000162811 2788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Ankra2-203ENSMUST00000123924 2328 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Suz12-201ENSMUST00000017692 4373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Zkscan6-202ENSMUST00000071465 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Nisch-201ENSMUST00000022469 5559 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Brd1-203ENSMUST00000109381 4886 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Mycn-202ENSMUST00000130990 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Foxf1-201ENSMUST00000181504 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Cend1-201ENSMUST00000084436 1672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp133-ps-202ENSMUST00000124788 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11729-201ENSMUST00000124901 713 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Upp1-205ENSMUST00000164791 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26661-201ENSMUST00000181025 471 ntAPPRIS P1 BASIC27.52■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Vsig2-201ENSMUST00000002008 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Mrps18a-201ENSMUST00000024763 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Paip2-201ENSMUST00000041314 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35b2-202ENSMUST00000223987 1766 ntBASIC27.52■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Rmdn3-201ENSMUST00000094695 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Edf1-201ENSMUST00000015236 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11620-201ENSMUST00000118770 1845 ntBASIC27.51■■■□□ 2
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem164-206ENSMUST00000112896 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Ccdc88bQ4QRL3 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Ccdc88bQ4QRL3 Emd-201ENSMUST00000002029 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Ccdc88bQ4QRL3 Dok3-201ENSMUST00000047877 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13312-201ENSMUST00000119631 718 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
Ccdc88bQ4QRL3 Lhx1os-201ENSMUST00000126072 589 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
Ccdc88bQ4QRL3 2410004I01Rik-201ENSMUST00000138424 1187 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43347-201ENSMUST00000200226 580 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
Ccdc88bQ4QRL3 Hmgb1-rs17-201ENSMUST00000210634 972 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.8 ms