Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Yif1b-201ENSMUST00000032809 1111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Trim37-201ENSMUST00000041282 5632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Tarbp1-201ENSMUST00000170518 6383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Bud23-202ENSMUST00000085984 1516 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Prmt2-202ENSMUST00000099571 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Sgta-201ENSMUST00000005067 1969 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Rragd-201ENSMUST00000029946 5055 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 2810425M01Rik-201ENSMUST00000180790 1850 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Etnk1-204ENSMUST00000205256 2647 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Dlx3-201ENSMUST00000092768 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Ing1-207ENSMUST00000211007 2241 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Dnajc2-201ENSMUST00000030771 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Zfp622-201ENSMUST00000061875 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Aicda-202ENSMUST00000160685 1292 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Gm37722-201ENSMUST00000193757 208 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Gm10358-201ENSMUST00000212864 1250 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Gm26709-203ENSMUST00000223260 715 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Sharpin-201ENSMUST00000023211 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Il9r-204ENSMUST00000142396 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 4933427J07Rik-201ENSMUST00000156275 1533 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Bend6-202ENSMUST00000115161 2231 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Fbrsl1-206ENSMUST00000198834 2571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Hmbox1-203ENSMUST00000175744 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Fem1c-201ENSMUST00000036226 5726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Mapre3-201ENSMUST00000031058 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Sf3b1Q99NB9 Dhx36-201ENSMUST00000029336 5620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Med9-201ENSMUST00000081980 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Sobp-201ENSMUST00000040275 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Ocel1-202ENSMUST00000110051 2179 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Spout1-201ENSMUST00000100220 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Vhl-201ENSMUST00000035673 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Smarca4-202ENSMUST00000098948 6376 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Apbb1-209ENSMUST00000188368 1970 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Rasd1-201ENSMUST00000062405 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Bpifa3-202ENSMUST00000109746 1102 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Gm27741-201ENSMUST00000185060 237 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Mrpl36-203ENSMUST00000222030 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 AC130713.1-201ENSMUST00000228853 1096 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Trim68-201ENSMUST00000082175 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Rab11b-203ENSMUST00000173860 1544 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Gcat-202ENSMUST00000171999 1763 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Tmed4-201ENSMUST00000004508 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Sri-205ENSMUST00000148633 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 4930503L19Rik-201ENSMUST00000067556 2291 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Ythdc1-203ENSMUST00000120498 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Tmem254b-201ENSMUST00000022418 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Thumpd3-201ENSMUST00000032398 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 AC122335.2-201ENSMUST00000213901 6181 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Ndor1-202ENSMUST00000114349 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Adsl-204ENSMUST00000164806 1595 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Atp2c1-201ENSMUST00000038118 4876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Gm10489-201ENSMUST00000180511 1466 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Otud7a-201ENSMUST00000058476 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Sox12-201ENSMUST00000063332 4169 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Krtap1-4-201ENSMUST00000100479 593 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 H2-Q6-201ENSMUST00000113879 981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Gm11860-201ENSMUST00000122346 1010 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Gm34933-201ENSMUST00000203245 1067 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 AC159205.3-201ENSMUST00000224614 874 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Alkbh2-201ENSMUST00000053657 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Trim45-202ENSMUST00000094048 1815 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Dleu2-208ENSMUST00000182768 1442 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Tmco4-202ENSMUST00000050949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Mapk7-203ENSMUST00000108714 3069 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Pou2f2-202ENSMUST00000108413 1599 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Rnf44-204ENSMUST00000125871 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 2810408A11Rik-203ENSMUST00000102580 1640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Ak5-201ENSMUST00000045262 3323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Nkiras2-201ENSMUST00000017981 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 5330438I03Rik-201ENSMUST00000168347 2845 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Gpd1-203ENSMUST00000162194 1515 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Zbtb25-201ENSMUST00000167011 1681 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Tbx20-202ENSMUST00000166018 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Asnsd1-201ENSMUST00000027264 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Gm6623-201ENSMUST00000173570 544 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Has3-202ENSMUST00000175987 1154 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 AC122351.1-201ENSMUST00000220467 126 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Imp3-201ENSMUST00000034827 924 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Tbc1d9-202ENSMUST00000093393 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Gm17055-201ENSMUST00000166951 2232 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Slit3-201ENSMUST00000069837 5228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Fam131a-202ENSMUST00000118919 2262 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Ccdc6-203ENSMUST00000147545 5511 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Mtmr1-201ENSMUST00000015358 4634 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Arhgap35-201ENSMUST00000075845 9147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Dlgap2-203ENSMUST00000133298 4503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Fjx1-201ENSMUST00000099678 3134 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Sirt7-202ENSMUST00000106183 427 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Gm16295-201ENSMUST00000139512 643 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Stard6-201ENSMUST00000114959 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Rtkn-201ENSMUST00000065512 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Spg21-202ENSMUST00000213957 1302 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Nrxn2-203ENSMUST00000113459 3285 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Wnt10b-207ENSMUST00000228594 1510 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Atad3a-201ENSMUST00000030903 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Nfkbib-201ENSMUST00000032815 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Rgmb-201ENSMUST00000170578 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Kcnj4-201ENSMUST00000057801 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Ric3-202ENSMUST00000120876 1633 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Sf3b1Q99NB9 Stim2-204ENSMUST00000201469 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.9 ms