Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

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Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Naif1-201ENSMUST00000048431 4650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Gm13186-201ENSMUST00000118031 316 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Tsen15-201ENSMUST00000015124 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Sbsn-202ENSMUST00000182227 432 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Sbsn-203ENSMUST00000182229 732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Gm27002-201ENSMUST00000182789 620 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Gm27000-201ENSMUST00000182943 842 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Gm37280-201ENSMUST00000194583 375 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Vegfc-203ENSMUST00000210831 555 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Cd300c-201ENSMUST00000061637 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Cd300c-202ENSMUST00000092466 700 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Trim63-202ENSMUST00000105875 1886 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Ralgps2-205ENSMUST00000185198 2229 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Lrrfip1-201ENSMUST00000068116 2050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Myo1b-203ENSMUST00000114537 4618 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Zscan25-201ENSMUST00000094116 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Gpd1l-201ENSMUST00000084853 1436 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Ppp2r1b-205ENSMUST00000175640 1523 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Actrt3-201ENSMUST00000047630 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Scrib-201ENSMUST00000002603 5599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 2810408A11Rik-203ENSMUST00000102580 1640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Elmo2-204ENSMUST00000103088 3052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Ddhd2-206ENSMUST00000211688 2265 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Tmem254c-202ENSMUST00000100819 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Gm16272-201ENSMUST00000128218 388 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 4933405L10Rik-201ENSMUST00000013302 1214 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Apopt1-204ENSMUST00000163220 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Bvht-202ENSMUST00000183087 588 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 1700001G17Rik-201ENSMUST00000191779 889 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Minpp1-201ENSMUST00000025827 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Gal3st1-201ENSMUST00000063004 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Klhdc1-201ENSMUST00000063445 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Pgrmc1-201ENSMUST00000073339 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Cdk4-201ENSMUST00000006911 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Sbf1-201ENSMUST00000123791 6190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Ppp1r3g-203ENSMUST00000225537 2389 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Helt-201ENSMUST00000058636 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Tmem131-208ENSMUST00000194563 6698 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Cyp26c1-201ENSMUST00000073391 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Prpsap1-201ENSMUST00000106391 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Blcap-201ENSMUST00000088494 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Dock3-201ENSMUST00000044532 9063 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Atp11a-201ENSMUST00000033818 7549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Dguok-202ENSMUST00000113888 1007 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Gm15295-201ENSMUST00000139874 488 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Dguok-201ENSMUST00000014698 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Gm28411-202ENSMUST00000191318 464 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 AC138767.1-201ENSMUST00000222661 415 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Ppp1r27-201ENSMUST00000026121 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Rad51d-203ENSMUST00000092844 1228 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Gm5145-201ENSMUST00000095633 837 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Pla2g12b-201ENSMUST00000009790 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Ap1s1-201ENSMUST00000111080 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Mmd-202ENSMUST00000107887 1654 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Ythdf3-201ENSMUST00000108345 5102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Tubb6-201ENSMUST00000001513 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Mtmr9-201ENSMUST00000058679 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Itgb4-205ENSMUST00000106461 6208 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Acvrl1-203ENSMUST00000119063 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Hgsnat-201ENSMUST00000037609 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Ncoa1-201ENSMUST00000085814 7329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Sh2b3-203ENSMUST00000118580 2393 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Smim3-201ENSMUST00000042710 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Nisch-221ENSMUST00000171735 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Irf5-205ENSMUST00000167252 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Arl11-201ENSMUST00000055159 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Vegfc-201ENSMUST00000033919 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 A530010L16Rik-201ENSMUST00000212007 2336 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 D10Jhu81e-201ENSMUST00000001242 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Ager-201ENSMUST00000015596 1370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Chchd2-ps-201ENSMUST00000117487 462 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Vsig2-201ENSMUST00000002008 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Gm42802-201ENSMUST00000202475 456 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Tssc4-208ENSMUST00000208779 647 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Gm6376-201ENSMUST00000209407 580 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Dcdc2c-201ENSMUST00000020963 1041 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Mrpl34-201ENSMUST00000048914 607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Gm9925-201ENSMUST00000066583 483 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Tmem128-201ENSMUST00000087511 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Nadk2-201ENSMUST00000067760 3731 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Ripk2-201ENSMUST00000037035 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Egln1-201ENSMUST00000034469 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Rbm11-201ENSMUST00000046378 1400 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Phf7-203ENSMUST00000226565 1971 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Lrrc75b-201ENSMUST00000051129 4601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Fxr2-201ENSMUST00000018909 2951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Atxn7-201ENSMUST00000022257 6853 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Mef2d-202ENSMUST00000107558 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Hpca-203ENSMUST00000116442 1568 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Rab5a-201ENSMUST00000017975 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Bin2-204ENSMUST00000182775 1908 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Pcdhac2-201ENSMUST00000047479 5888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Anapc5-205ENSMUST00000197074 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Anapc5-212ENSMUST00000199406 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Rprl3-201ENSMUST00000157400 290 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Gm28402-201ENSMUST00000188574 373 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 4930442P19Rik-201ENSMUST00000193163 1240 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Krtcap3-208ENSMUST00000201937 889 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Vti1a-206ENSMUST00000225529 1244 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Usf1Q61069 Npcd-201ENSMUST00000023060 1162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.6 ms