Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Cfap20-201ENSMUST00000034249 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 Hebp1-201ENSMUST00000045855 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 D930007J09Rik-201ENSMUST00000057911 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 Nr1h2-204ENSMUST00000107912 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 Cdk17-201ENSMUST00000069965 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 Mmp11-201ENSMUST00000000924 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 Tmem132c-201ENSMUST00000119026 5134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 Gm26917-202ENSMUST00000192833 3329 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 Wdr1-201ENSMUST00000005234 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 Plekha4-202ENSMUST00000209517 2577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 Dbndd1-202ENSMUST00000176286 1344 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 Kctd1-202ENSMUST00000168989 3456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 Cap1-202ENSMUST00000106255 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 Rbm33-204ENSMUST00000114884 6256 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 Mef2d-203ENSMUST00000107559 1791 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 Gm6270-201ENSMUST00000132731 559 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 AC153845.2-202ENSMUST00000213372 807 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 Zfp691-204ENSMUST00000179290 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Col28a1Q2UY11 Hbs1l-203ENSMUST00000092674 2625 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Casd1-201ENSMUST00000015333 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Slc5a10-203ENSMUST00000148584 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Relb-201ENSMUST00000049912 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Ccnyl1-202ENSMUST00000114077 3281 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Plekhf1-201ENSMUST00000098513 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Sh2b1-202ENSMUST00000205340 3366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Chtop-207ENSMUST00000107346 1321 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Gm13509-201ENSMUST00000119733 1308 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Fam98b-201ENSMUST00000028825 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Mrps10-201ENSMUST00000060752 1109 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Tmem91-201ENSMUST00000079439 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Smn1-202ENSMUST00000091321 223 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Gldc-201ENSMUST00000025778 3754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Ube2j2-213ENSMUST00000166489 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Rhot1-201ENSMUST00000017831 3029 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Clk4-201ENSMUST00000093132 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Rab11fip4-201ENSMUST00000017783 7156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Arrb2-202ENSMUST00000084954 1732 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Gabpa-201ENSMUST00000009120 4987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Gm11696-201ENSMUST00000070956 2765 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Sept4-205ENSMUST00000107962 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Tedc2-201ENSMUST00000024930 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Arhgap42-203ENSMUST00000183182 1458 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Mef2d-201ENSMUST00000001455 5401 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Ssu72-202ENSMUST00000105595 874 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Gtf2h2-201ENSMUST00000066940 1065 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Ncoa1-201ENSMUST00000085814 7329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Pitpnm1-201ENSMUST00000049658 4206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Arhgef10-201ENSMUST00000084207 5528 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Hapln2-201ENSMUST00000005014 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Stk39-201ENSMUST00000102715 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Fam219b-202ENSMUST00000114200 3017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Stambpl1-201ENSMUST00000054956 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Slc44a1-201ENSMUST00000102911 3102 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Gabra5-202ENSMUST00000206382 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Dgkz-201ENSMUST00000028667 3584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Gm37820-201ENSMUST00000194021 2147 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Mycl-201ENSMUST00000030407 3501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Ikbke-204ENSMUST00000161764 2867 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Nhs-201ENSMUST00000081569 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Col27a1-201ENSMUST00000036300 7612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Mthfsl-201ENSMUST00000113110 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Mthfs-203ENSMUST00000118870 705 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Dvl3-204ENSMUST00000171774 2319 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Zfp428-203ENSMUST00000177205 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Gm21863-201ENSMUST00000179133 336 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Mir9-3hg-206ENSMUST00000182937 636 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Ggnbp2-201ENSMUST00000018547 2478 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Rsu1-209ENSMUST00000191959 720 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 AC140264.2-202ENSMUST00000218746 817 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 4933406B15Rik-201ENSMUST00000220065 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Nfkbid-201ENSMUST00000046177 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Gm7075-201ENSMUST00000054760 425 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Zfp580-201ENSMUST00000069324 1096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Mthfs-201ENSMUST00000085256 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Heyl-201ENSMUST00000040821 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Kcmf1-201ENSMUST00000068697 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Cdca7l-201ENSMUST00000021592 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Itgb7-201ENSMUST00000001327 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Dgkz-202ENSMUST00000099709 3512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Glt28d2-201ENSMUST00000033643 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Kcnk4-201ENSMUST00000025908 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Bmt2-202ENSMUST00000203078 4462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Ptgis-201ENSMUST00000018113 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Sh2b1-203ENSMUST00000205440 3089 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Gpr161-202ENSMUST00000178700 1827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Gm5643-201ENSMUST00000117081 966 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Tex30-204ENSMUST00000128190 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Gm17035-201ENSMUST00000170557 419 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Aprt-201ENSMUST00000006764 849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Mrpl57-201ENSMUST00000022538 2877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Map4k5-201ENSMUST00000049239 4452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Myo9b-206ENSMUST00000212935 6316 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Spef1-201ENSMUST00000028801 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Fam57b-201ENSMUST00000079423 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Tmem80-206ENSMUST00000133012 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Rassf7-201ENSMUST00000046890 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Zdhhc2-201ENSMUST00000049389 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Fbxo9-202ENSMUST00000085311 2155 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Rgs9-201ENSMUST00000020920 2434 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Nox4-202ENSMUST00000068829 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.6 ms