Protein–RNA interactions for Protein: P13297

Msx1, Homeobox protein MSX-1, mousemouse

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Msx1P13297 Ephx4-201ENSMUST00000049146 1279 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Ppp1r3f-205ENSMUST00000150787 4760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Haus8-201ENSMUST00000035960 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Ptpa-202ENSMUST00000113601 1838 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Aida-206ENSMUST00000193625 1810 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Acbd4-201ENSMUST00000024492 2075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Gm26884-201ENSMUST00000181207 3074 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Acot7-203ENSMUST00000105652 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Ric3-202ENSMUST00000120876 1633 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Msx1P13297 4933428P19Rik-201ENSMUST00000199616 1376 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Cep83-201ENSMUST00000020212 3639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Vps4a-201ENSMUST00000034388 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Gata5os-201ENSMUST00000069943 1678 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Gtf3a-201ENSMUST00000132102 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Polr3h-201ENSMUST00000023113 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Gm26781-201ENSMUST00000181385 1477 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Rasl10b-202ENSMUST00000108140 3156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Msx1P13297 4933406B15Rik-201ENSMUST00000220065 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Timm8a2-201ENSMUST00000045976 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Fam149b-216ENSMUST00000225942 2151 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Lrrc14-204ENSMUST00000137649 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Prss33-201ENSMUST00000059906 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Cbx2-201ENSMUST00000026662 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Retreg1-201ENSMUST00000022881 3248 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Kbtbd11-201ENSMUST00000069399 6973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Sqstm1-201ENSMUST00000015981 2673 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Otud5-201ENSMUST00000033494 4259 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Hirip3-201ENSMUST00000037248 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 4430402I18Rik-205ENSMUST00000162110 1559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Cutc-202ENSMUST00000112047 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Bex3-202ENSMUST00000113112 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Atp6v0b-208ENSMUST00000150204 935 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Klf13-202ENSMUST00000183817 599 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Stk11-210ENSMUST00000213772 1239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Gng11-201ENSMUST00000031670 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Coq7-201ENSMUST00000032887 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Mtnr1b-201ENSMUST00000057920 1095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Fez2-202ENSMUST00000112487 2020 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Gm13032-201ENSMUST00000151848 2001 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Map3k7cl-201ENSMUST00000026700 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Dusp8-201ENSMUST00000039926 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Foxo3-204ENSMUST00000175881 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Gas2-201ENSMUST00000051912 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Snx27-201ENSMUST00000029783 6261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Gm8258-201ENSMUST00000055593 1449 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Fam53a-201ENSMUST00000045329 2346 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Trap1-201ENSMUST00000006137 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Tlk2-201ENSMUST00000015107 3212 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Ogg1-201ENSMUST00000032406 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Atp6v1g2-201ENSMUST00000068261 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Eomes-202ENSMUST00000111763 2869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Proc-201ENSMUST00000171765 1566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Mycn-202ENSMUST00000130990 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Dzip3-202ENSMUST00000121869 5820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Kcns2-201ENSMUST00000072868 5456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Rcn1-201ENSMUST00000006128 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Usp21-202ENSMUST00000111305 2278 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Gm14453-201ENSMUST00000139677 553 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Flywch2-201ENSMUST00000024704 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Txnl4b-201ENSMUST00000034159 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Myo5b-201ENSMUST00000074157 6745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Plpbp-202ENSMUST00000098851 1368 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Galnt13-204ENSMUST00000112636 7530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Mmp23-201ENSMUST00000030937 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Ssu72-201ENSMUST00000030905 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Fam171b-201ENSMUST00000051454 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Fzd5-201ENSMUST00000063982 6915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Rab1a-201ENSMUST00000020358 2827 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Pomp-201ENSMUST00000031654 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Xxylt1-201ENSMUST00000055389 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Fam104a-201ENSMUST00000120194 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Vps53-202ENSMUST00000094015 2645 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Msx1P13297 Plxdc1-202ENSMUST00000107564 619 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Flg-203ENSMUST00000178695 777 ntAPPRIS P5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Gm27704-201ENSMUST00000185094 107 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Msx1P13297 1700022H01Rik-201ENSMUST00000219142 387 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Pldi-201ENSMUST00000036304 853 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Cmtm7-202ENSMUST00000084867 874 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Tm2d3-202ENSMUST00000065574 1478 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Kat2b-ps-201ENSMUST00000128468 2490 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Msx1P13297 9930012K11Rik-205ENSMUST00000153871 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Aurkb-201ENSMUST00000021277 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Ebf3-204ENSMUST00000169486 4994 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Col15a1-201ENSMUST00000082303 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Gm13474-201ENSMUST00000122466 815 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Pld6-202ENSMUST00000125307 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Gm13816-201ENSMUST00000152230 715 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Calu-207ENSMUST00000173216 673 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Gm38282-201ENSMUST00000192751 695 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Rgcc-201ENSMUST00000022595 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Pdcd2l-201ENSMUST00000002710 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Mrpl43-201ENSMUST00000097715 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Arhgef17-204ENSMUST00000209041 4516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Itgb1bp1-201ENSMUST00000076260 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Bub3-201ENSMUST00000084502 2218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Cmip-202ENSMUST00000166750 2408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Snx21-201ENSMUST00000056181 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Plekha7-210ENSMUST00000182834 5257 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Gne-202ENSMUST00000102936 2920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Msx1P13297 Tmem198-201ENSMUST00000050899 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.5 ms