Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Zufsp-202ENSMUST00000218055 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Zic1-202ENSMUST00000065360 2811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Acbd3-201ENSMUST00000027780 3471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Glmn-201ENSMUST00000078021 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Tnfsf14-201ENSMUST00000005976 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Bard1-201ENSMUST00000027393 5659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Ddn-201ENSMUST00000075444 3740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Ints8-201ENSMUST00000044616 3433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Eif1a-202ENSMUST00000168382 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Tia1-203ENSMUST00000095754 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 D17Wsu92e-203ENSMUST00000114863 3828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Gm6270-201ENSMUST00000132731 559 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Ssu72-201ENSMUST00000030905 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Erlin1-201ENSMUST00000071698 3228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 B4galnt4-201ENSMUST00000048002 3556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Plcl1-201ENSMUST00000042986 6580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Rnf103-201ENSMUST00000064637 3264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 2810425M01Rik-201ENSMUST00000180790 1850 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Tmem125-201ENSMUST00000060214 1864 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Nkpd1-201ENSMUST00000078908 2753 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Dok7-202ENSMUST00000101298 2443 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Wdr26-207ENSMUST00000162819 6619 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Ddx51-201ENSMUST00000031478 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Entpd7-201ENSMUST00000081079 5911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Rb1-201ENSMUST00000022701 4656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Stum-201ENSMUST00000136521 6506 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Fam57b-201ENSMUST00000079423 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Luc7l2-208ENSMUST00000161538 4253 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Klhl29-201ENSMUST00000020958 7041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Ctcf-201ENSMUST00000005841 3782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Rpl18a-206ENSMUST00000212709 700 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Cebpg-201ENSMUST00000070191 914 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Izumo2-201ENSMUST00000085422 632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 4833418N02Rik-202ENSMUST00000146560 1495 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Parg-201ENSMUST00000022470 4413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Efr3a-201ENSMUST00000015146 5215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Gbx1-201ENSMUST00000088311 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Vangl2-201ENSMUST00000027837 5698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Cct8-201ENSMUST00000026704 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Cdc42ep3-201ENSMUST00000068958 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Gtpbp3-208ENSMUST00000168847 2803 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 4430402I18Rik-205ENSMUST00000162110 1559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Aig1-205ENSMUST00000162610 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Nfib-205ENSMUST00000107247 3267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Igsf8-201ENSMUST00000039506 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Gata5os-201ENSMUST00000069943 1678 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Znrf1-201ENSMUST00000095176 3108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Gm5901-201ENSMUST00000106805 1140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Crct1-202ENSMUST00000107301 460 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Tspan2-203ENSMUST00000196611 682 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Gm44210-201ENSMUST00000205253 713 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Trappc6a-201ENSMUST00000002112 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 AC163280.1-201ENSMUST00000228194 1100 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Rps16-201ENSMUST00000082134 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Negr1-203ENSMUST00000106065 1953 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Col13a1-204ENSMUST00000105453 2935 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Ppp1r36-201ENSMUST00000063977 1515 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Dhx32-201ENSMUST00000033290 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Stambpl1-201ENSMUST00000054956 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Rab6a-201ENSMUST00000032946 3214 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Prdm11-201ENSMUST00000111272 3012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Nfs1-201ENSMUST00000029147 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Map3k7-201ENSMUST00000037607 5773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Zbtb22-201ENSMUST00000053429 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Pitx2-201ENSMUST00000029657 1680 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Rpf1-201ENSMUST00000029838 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Dync1li2-201ENSMUST00000041769 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Gprc5c-203ENSMUST00000122967 1709 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Bicd2-201ENSMUST00000048544 6309 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 E2f2-201ENSMUST00000061721 4739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Naa50-204ENSMUST00000161326 4487 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Pld2-203ENSMUST00000108557 3655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Asph-204ENSMUST00000084915 2884 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Gm11249-201ENSMUST00000117071 859 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Gm13158-201ENSMUST00000122007 736 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Gm36033-202ENSMUST00000214827 745 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 1700018M17Rik-201ENSMUST00000052502 456 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Ypel1-202ENSMUST00000090199 631 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Dpf1-202ENSMUST00000065181 1574 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Plbd2-201ENSMUST00000031597 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Rabep1-201ENSMUST00000076270 5408 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Abi1-215ENSMUST00000178908 2239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Zfp668-203ENSMUST00000106262 3169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Acot7-203ENSMUST00000105652 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Nrxn1-216ENSMUST00000174331 6282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Ldb1-205ENSMUST00000137771 2014 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Il6st-208ENSMUST00000184311 2985 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Mmd-201ENSMUST00000004050 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Fbxo22-201ENSMUST00000034859 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Zfx-201ENSMUST00000088102 7002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Vopp1-201ENSMUST00000114297 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 6330411D24Rik-201ENSMUST00000211105 1568 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Tle2-213ENSMUST00000146358 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Dusp4-201ENSMUST00000033930 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Plxdc1-202ENSMUST00000107564 619 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Speg-204ENSMUST00000113589 833 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Gm45337-201ENSMUST00000210537 1267 ntAPPRIS P1 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Ltb-201ENSMUST00000025262 1160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Rbpms-201ENSMUST00000033994 2375 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Use1Q9CQ56 Sharpin-201ENSMUST00000023211 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.2 ms