Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Nsmf-203ENSMUST00000100334 2957 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Gm20695-202ENSMUST00000176233 1012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Impa1-204ENSMUST00000191670 1100 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Casp3-203ENSMUST00000210534 583 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Tm2d1-201ENSMUST00000030292 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Cfap20-201ENSMUST00000034249 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Gm9803-201ENSMUST00000057649 563 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 A930029G22Rik-201ENSMUST00000181032 1710 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Dhx32-201ENSMUST00000033290 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Foxp4-204ENSMUST00000113265 3999 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Ociad2-202ENSMUST00000200776 2359 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Wbp1-202ENSMUST00000113936 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Cap1-202ENSMUST00000106255 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Tasp1-201ENSMUST00000046656 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Gm13216-201ENSMUST00000117145 591 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Cox7a2l-202ENSMUST00000167741 1147 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Mta3-203ENSMUST00000112350 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Trim71-201ENSMUST00000111816 9332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Dnajb2-208ENSMUST00000188346 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Ggt6-202ENSMUST00000100903 1387 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Antxr2-202ENSMUST00000199088 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 F830208F22Rik-202ENSMUST00000143732 2891 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Itgb7-201ENSMUST00000001327 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Gm26580-201ENSMUST00000181002 2095 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Tnfrsf25-201ENSMUST00000025706 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Tpsg1-201ENSMUST00000024999 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 A230083G16Rik-201ENSMUST00000069553 991 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Ino80e-203ENSMUST00000106343 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Rbpms2-201ENSMUST00000055844 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Slc38a10-202ENSMUST00000053692 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Otx2-204ENSMUST00000122009 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Fosl1-201ENSMUST00000025850 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Qprt-201ENSMUST00000032912 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Prmt2-202ENSMUST00000099571 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Msi2-201ENSMUST00000092794 1855 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Slc29a1-202ENSMUST00000064889 1988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Hoxb2-201ENSMUST00000100523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Tlcd1-203ENSMUST00000108338 714 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 2510002D24Rik-204ENSMUST00000191388 995 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Timm23-208ENSMUST00000226683 750 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Dph1-201ENSMUST00000044949 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Gm10273-201ENSMUST00000092511 1126 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Lrrc47-205ENSMUST00000169622 3468 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 March3-202ENSMUST00000102912 1754 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 AL590614.2-201ENSMUST00000225374 1937 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Garem1-201ENSMUST00000049260 4923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Trim14-202ENSMUST00000102924 1582 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Bfsp2-201ENSMUST00000124310 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Ppp1r9b-201ENSMUST00000038696 4508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Spout1-201ENSMUST00000100220 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Map4k4-202ENSMUST00000168431 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Ube2k-201ENSMUST00000142407 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Tpm1-208ENSMUST00000113689 904 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Atp5c1-203ENSMUST00000114897 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Gm715-201ENSMUST00000117865 831 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Gm27011-201ENSMUST00000182352 972 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Anapc13-204ENSMUST00000190279 589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 0610012G03Rik-201ENSMUST00000202722 1445 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Il3ra-202ENSMUST00000223589 738 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Mmp23-201ENSMUST00000030937 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Cck-201ENSMUST00000035120 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Cwh43-201ENSMUST00000031040 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Gm43548-201ENSMUST00000197139 2353 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Sh2b1-203ENSMUST00000205440 3089 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Ptp4a2-201ENSMUST00000030578 3646 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Nelfb-201ENSMUST00000059849 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Rap2a-201ENSMUST00000062117 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Zrsr2-202ENSMUST00000112289 2735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Arhgef17-204ENSMUST00000209041 4516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Ubr5-201ENSMUST00000110336 9242 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Tm9sf1-205ENSMUST00000122358 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Cpox-201ENSMUST00000060077 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Gm14321-201ENSMUST00000127441 632 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Sqstm1-205ENSMUST00000143379 1266 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Gm17098-201ENSMUST00000166507 628 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Gm17035-201ENSMUST00000170557 419 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Spcs1-201ENSMUST00000186131 1005 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Fgf22-203ENSMUST00000219981 1070 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 2510002D24Rik-201ENSMUST00000055413 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Gm3488-202ENSMUST00000181562 1945 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Tax1bp3-201ENSMUST00000040687 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Nmnat3-201ENSMUST00000112935 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Cyb561d2-201ENSMUST00000041459 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Lrch4-201ENSMUST00000031734 3078 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Tmprss5-201ENSMUST00000070390 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Gm8839-201ENSMUST00000121279 1645 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 AC122335.2-201ENSMUST00000213901 6181 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Zmynd15-203ENSMUST00000108563 2649 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Fam166b-201ENSMUST00000052829 1349 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Haglr-201ENSMUST00000100000 2085 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Ppp2r2d-207ENSMUST00000155672 1938 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Mid1ip1-201ENSMUST00000008179 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Gm28374-201ENSMUST00000162374 728 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Mtif3-201ENSMUST00000016654 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Stk11-210ENSMUST00000213772 1239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 AC120002.2-201ENSMUST00000220205 773 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Lysmd2-201ENSMUST00000034702 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Rex1bd-201ENSMUST00000075175 671 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Ccdc106-204ENSMUST00000207974 2492 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Atg4c-201ENSMUST00000030279 3178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.1 ms