Protein–RNA interactions for Protein: Q04887

Sox9, Transcription factor SOX-9, mousemouse

Predictions only

Length 507 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sox9Q04887 Aire-204ENSMUST00000128241 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Aire-205ENSMUST00000130972 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Aire-212ENSMUST00000145975 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Aire-201ENSMUST00000019257 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Arhgap23-203ENSMUST00000121799 5816 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Gm26627-201ENSMUST00000181540 1487 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Chd5-205ENSMUST00000164662 9375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Trim58-201ENSMUST00000075084 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Spg7-209ENSMUST00000149248 2896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Hmg20b-201ENSMUST00000020454 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 AC160338.1-201ENSMUST00000214232 705 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Mtus2-201ENSMUST00000071878 1211 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Zc3h15-201ENSMUST00000081591 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Pik3ip1-202ENSMUST00000093399 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Ilkap-201ENSMUST00000027534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Chka-201ENSMUST00000025760 2319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Ppp1r3g-203ENSMUST00000225537 2389 ntAPPRIS P1 BASIC17.61■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Pafah1b1-201ENSMUST00000021091 5803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Abcg5-202ENSMUST00000163375 1613 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Arid1b-201ENSMUST00000092723 7150 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Irf3-213ENSMUST00000209066 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Pde1b-201ENSMUST00000023132 3218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Pgam5-202ENSMUST00000112505 2098 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Pknox2-201ENSMUST00000039674 3632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Hgsnat-201ENSMUST00000037609 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Purb-201ENSMUST00000179343 8319 ntAPPRIS P1 BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Fbxo17-205ENSMUST00000167118 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Gm26517-201ENSMUST00000181279 1172 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Spata33-204ENSMUST00000212346 715 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 4933406B15Rik-201ENSMUST00000220065 1182 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Cbr2-201ENSMUST00000026148 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Izumo1r-201ENSMUST00000034409 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Isg15-201ENSMUST00000085425 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Eif5a-207ENSMUST00000108610 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Yipf2-203ENSMUST00000180365 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Spsb4-201ENSMUST00000055433 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Kcns3-201ENSMUST00000055673 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Kdm1a-202ENSMUST00000105847 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Nup85-201ENSMUST00000021085 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Sox18-201ENSMUST00000054491 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Zkscan3-202ENSMUST00000116433 1421 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Gm18856-201ENSMUST00000178096 1374 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Znhit1-204ENSMUST00000111091 1070 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Cnbp-202ENSMUST00000113617 952 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Znhit1-206ENSMUST00000156963 1208 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Msh3-205ENSMUST00000187424 666 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 BC031181-201ENSMUST00000040284 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 2300002M23Rik-201ENSMUST00000044326 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Krt77-201ENSMUST00000087996 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Sh2b3-203ENSMUST00000118580 2393 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Rab5a-201ENSMUST00000017975 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 A530010L16Rik-201ENSMUST00000212007 2336 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Mmp11-201ENSMUST00000000924 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Matn4-203ENSMUST00000109358 2056 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Itsn2-201ENSMUST00000062580 5987 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Anks1b-217ENSMUST00000182550 1868 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Sept4-205ENSMUST00000107962 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Ankrd17-214ENSMUST00000218526 4938 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Tagln-201ENSMUST00000034590 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Map3k9-201ENSMUST00000035987 4564 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Tle4-202ENSMUST00000167776 4545 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
Sox9Q04887 Amn1-201ENSMUST00000095319 1369 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm11127-201ENSMUST00000113742 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Wnk2-201ENSMUST00000035538 6630 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Rhoa-201ENSMUST00000007959 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm26768-201ENSMUST00000181097 966 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm44357-201ENSMUST00000195897 142 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm19658-201ENSMUST00000196231 138 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm44367-201ENSMUST00000196836 138 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm44350-201ENSMUST00000197197 138 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm44390-201ENSMUST00000197533 144 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm44313-201ENSMUST00000198018 138 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm44486-201ENSMUST00000198508 138 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm44454-201ENSMUST00000198541 138 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm44314-201ENSMUST00000199263 138 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm44394-201ENSMUST00000199558 138 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm44484-201ENSMUST00000199873 138 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm44466-201ENSMUST00000200264 138 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm44359-201ENSMUST00000200671 138 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Timm13-203ENSMUST00000218481 471 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Il3ra-205ENSMUST00000224877 1128 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Magi2-203ENSMUST00000115267 4478 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Nlgn2-201ENSMUST00000056484 5003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Nsmf-205ENSMUST00000114386 2685 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 B3galnt2-204ENSMUST00000221300 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Ubxn11-202ENSMUST00000074690 1573 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Lsm6-201ENSMUST00000051867 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm8909-203ENSMUST00000173353 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Lancl2-201ENSMUST00000050077 2509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Ap1s1-201ENSMUST00000111080 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm17018-201ENSMUST00000047057 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Aig1-202ENSMUST00000105534 617 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Rprl3-201ENSMUST00000157400 290 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Mir5126-201ENSMUST00000175513 77 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm20646-202ENSMUST00000199521 660 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm13830-205ENSMUST00000201195 1155 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Gm32050-201ENSMUST00000209793 638 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Zfp810-203ENSMUST00000215202 822 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Dupd1-201ENSMUST00000073870 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Sox9Q04887 Cdk5r2-201ENSMUST00000160379 2799 ntAPPRIS P1 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 41.4 ms