Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Ascl2-201ENSMUST00000009392 1605 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Slc38a10-202ENSMUST00000053692 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Zbtb24-202ENSMUST00000213797 2734 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Gm11336-201ENSMUST00000118168 334 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Gm6623-201ENSMUST00000173570 544 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Pgpep1-208ENSMUST00000211715 676 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Rilpl1-201ENSMUST00000062153 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Dbn1-202ENSMUST00000109921 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Astn2-202ENSMUST00000084496 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Klhl2-201ENSMUST00000034017 3412 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Idh1-201ENSMUST00000097709 2302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Kcnj4-201ENSMUST00000057801 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Kcns3-201ENSMUST00000055673 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Tnfsf14-201ENSMUST00000005976 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Atf4-201ENSMUST00000109605 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Haus4-201ENSMUST00000022784 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Tmsb10-202ENSMUST00000114049 690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Gm16075-201ENSMUST00000135873 361 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Rerg-204ENSMUST00000149100 635 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Gm20422-202ENSMUST00000149782 956 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Cd70-201ENSMUST00000019633 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Gm44450-201ENSMUST00000199528 114 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Cspg5-205ENSMUST00000199736 2107 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Gm26709-203ENSMUST00000223260 715 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Ndufb8-201ENSMUST00000026222 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Thrsp-201ENSMUST00000043077 1277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Tmem64-201ENSMUST00000062684 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Rad51d-203ENSMUST00000092844 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Ran-201ENSMUST00000031383 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Pdgfa-203ENSMUST00000110896 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Gm8909-201ENSMUST00000040467 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Mmp28-201ENSMUST00000021020 2311 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Lrrc14-204ENSMUST00000137649 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Bnip2-203ENSMUST00000117450 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Dscc1-201ENSMUST00000023059 1324 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Pacsin1-202ENSMUST00000097360 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Calb2-201ENSMUST00000003754 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Gtf2h4-201ENSMUST00000001565 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Ramp2-204ENSMUST00000129680 1178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Srgn-205ENSMUST00000162161 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Znhit2-201ENSMUST00000162726 1281 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Mocs1-202ENSMUST00000165390 729 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Gm18115-201ENSMUST00000221209 621 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Gm6190-201ENSMUST00000220683 1374 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Tmem185a-201ENSMUST00000101506 2429 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Arpc4-201ENSMUST00000156898 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Slc22a12-201ENSMUST00000113451 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Gm37519-201ENSMUST00000191687 2210 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Mmp24-201ENSMUST00000029141 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Klhdc10-202ENSMUST00000068259 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Gm9103-201ENSMUST00000119371 405 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Prss40-201ENSMUST00000047840 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 BC049762-201ENSMUST00000054226 760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Mcu-202ENSMUST00000020312 2872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Ager-201ENSMUST00000015596 1370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim28Q62318 Papd7-202ENSMUST00000198607 4750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 4932702P03Rik-201ENSMUST00000138447 1482 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 AL590614.2-201ENSMUST00000225374 1937 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Smu1-201ENSMUST00000030117 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Cdipt-201ENSMUST00000032920 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 9430097D07Rik-201ENSMUST00000100190 1501 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Dhx15-201ENSMUST00000031061 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 A930012L18Rik-201ENSMUST00000181094 2364 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Fdxr-201ENSMUST00000021078 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Piga-208ENSMUST00000208697 947 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Alkbh2-201ENSMUST00000053657 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Pea15a-201ENSMUST00000013842 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Fuz-201ENSMUST00000071207 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Nxnl1-201ENSMUST00000048243 2285 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Crhbp-201ENSMUST00000045583 1701 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 A130014A01Rik-201ENSMUST00000183021 2323 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Atf7-209ENSMUST00000184485 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Por-201ENSMUST00000005651 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Rpf1-201ENSMUST00000029838 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 4930474H06Rik-201ENSMUST00000132822 1590 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Ccdc166-202ENSMUST00000183130 1563 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Gm13524-201ENSMUST00000125869 662 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Fbxo6-208ENSMUST00000168503 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Arl5b-206ENSMUST00000193836 481 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Gm19935-201ENSMUST00000209208 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 8030462N17Rik-201ENSMUST00000074653 3418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Insm1-201ENSMUST00000089257 3100 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Etnk1-204ENSMUST00000205256 2647 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Taf6l-211ENSMUST00000177056 2006 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Gm16499-203ENSMUST00000204633 2177 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 5031425F14Rik-201ENSMUST00000127920 2098 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Trap1-201ENSMUST00000006137 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Herpud2-201ENSMUST00000008573 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Fbrsl1-206ENSMUST00000198834 2571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Mbp-201ENSMUST00000047865 2492 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Srpx-202ENSMUST00000115543 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Psmg4-201ENSMUST00000124996 474 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Bvht-202ENSMUST00000183087 588 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Zkscan4-202ENSMUST00000225845 1506 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Spi1-201ENSMUST00000002180 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Arhgef9-216ENSMUST00000197206 2227 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Dbndd2-204ENSMUST00000109350 1055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Gm27742-201ENSMUST00000184667 60 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Slc23a4-205ENSMUST00000201355 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim28Q62318 Btbd2-201ENSMUST00000003434 3026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.7 ms