Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Nckipsd-206ENSMUST00000195323 467 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Ccdc50-201ENSMUST00000039443 2192 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Dtnbp1-203ENSMUST00000220555 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Ogfod2-201ENSMUST00000024470 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Coa3-201ENSMUST00000017332 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Gm25745-201ENSMUST00000174945 133 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Gm12689-201ENSMUST00000094955 1359 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Ascl2-201ENSMUST00000009392 1605 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Thumpd2-201ENSMUST00000025093 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Bud23-201ENSMUST00000071677 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Hmgcl-201ENSMUST00000030432 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Vps25-203ENSMUST00000100414 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Ube2v2-202ENSMUST00000115776 1236 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Gm15862-201ENSMUST00000146349 361 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Timm10b-201ENSMUST00000058333 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Selenoo-201ENSMUST00000082439 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Gm16054-201ENSMUST00000139469 1819 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Nucb2-201ENSMUST00000032895 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Gnpnat1-201ENSMUST00000046191 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Hmbs-201ENSMUST00000077353 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Hist1h1c-201ENSMUST00000040914 1560 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Krt19-201ENSMUST00000007317 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Mef2b-205ENSMUST00000163756 1337 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 4921511I17Rik-201ENSMUST00000220545 1341 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Crybb1-202ENSMUST00000112375 793 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Gtf2e2-201ENSMUST00000167264 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Zfp800-203ENSMUST00000115321 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 AC139382.1-201ENSMUST00000221402 498 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Pofut1-203ENSMUST00000099192 1385 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Crhbp-201ENSMUST00000045583 1701 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 4933434E20Rik-204ENSMUST00000159064 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Hoxaas2-202ENSMUST00000155922 1567 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Eif2b4-203ENSMUST00000166769 1878 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Zbtb25-204ENSMUST00000176278 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Ndfip2-206ENSMUST00000181969 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Cpeb3-202ENSMUST00000123727 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Ccl27a-202ENSMUST00000108032 350 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Tmem176a-202ENSMUST00000168406 1086 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Jpx-202ENSMUST00000182447 712 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Gm5745-201ENSMUST00000183748 313 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Gm37171-201ENSMUST00000192636 1185 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Thrsp-201ENSMUST00000043077 1277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Gm14261-201ENSMUST00000145105 1429 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Riox1-201ENSMUST00000053744 2344 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 A4galt-201ENSMUST00000049530 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Trim45-202ENSMUST00000094048 1815 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 1700029H14Rik-203ENSMUST00000134023 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Lman2l-202ENSMUST00000115011 2290 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Leng1-201ENSMUST00000019878 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Mafg-203ENSMUST00000106181 840 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Gm14104-201ENSMUST00000135990 356 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Gm37584-201ENSMUST00000193595 1290 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Mapk1ip1-203ENSMUST00000119664 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Rbfox3-206ENSMUST00000120061 2150 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Tacstd2-201ENSMUST00000058178 1735 ntAPPRIS P1 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Tmem253-201ENSMUST00000100638 1234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Ctcflos-201ENSMUST00000142165 469 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Tesmin-201ENSMUST00000025840 2234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 3110002H16Rik-201ENSMUST00000025276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Nrxn1-213ENSMUST00000172466 2477 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Acaa2-201ENSMUST00000041053 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Arhgap27os1-201ENSMUST00000130556 923 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 AC159641.1-201ENSMUST00000221117 177 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Ccdc88c-204ENSMUST00000223097 1253 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 AC140375.2-201ENSMUST00000225283 584 ntBASIC23.64■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Zfp655-206ENSMUST00000200039 1765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Sfrp4-201ENSMUST00000002883 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Scn4aQ9ER60 Trnt1-203ENSMUST00000113248 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Fzd8-201ENSMUST00000041080 3346 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Ten1-201ENSMUST00000021130 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Rgs10-201ENSMUST00000033133 880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Casp8-204ENSMUST00000191201 1849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Arpc1b-211ENSMUST00000196111 1394 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Mfsd10-203ENSMUST00000114331 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Hspbp1-201ENSMUST00000079970 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Gm11780-201ENSMUST00000136880 516 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Gm16156-201ENSMUST00000141168 713 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Zfp511-201ENSMUST00000168194 1076 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Znrf1-213ENSMUST00000174333 515 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Hapln3-202ENSMUST00000205782 930 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Slc25a2-201ENSMUST00000058635 1369 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 AC174742.1-201ENSMUST00000218272 304 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Lrch4-204ENSMUST00000176667 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Pofut1-204ENSMUST00000109794 1688 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Irf5-205ENSMUST00000167252 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Gm19721-201ENSMUST00000195284 1764 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 AA543401-201ENSMUST00000164248 1269 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 4930515G01Rik-201ENSMUST00000173208 1247 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Gm3336-201ENSMUST00000179347 1149 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Mir8117-201ENSMUST00000184773 107 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Gm3336-202ENSMUST00000213065 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 AC154757.1-201ENSMUST00000228289 336 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Gm8396-201ENSMUST00000057361 823 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Hist1h2al-201ENSMUST00000091708 339 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Crxos-201ENSMUST00000098801 934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Ccng2-201ENSMUST00000031331 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Scn4aQ9ER60 Pgrmc2-201ENSMUST00000058578 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 44.2 ms