Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Ino80e-201ENSMUST00000050833 1944 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Idnk-204ENSMUST00000226010 1898 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Pdx1-201ENSMUST00000085591 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Farsa-201ENSMUST00000003906 1826 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gm10489-201ENSMUST00000180511 1466 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Polr2m-202ENSMUST00000163972 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 9330111N05Rik-202ENSMUST00000181043 2449 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Ddit4-201ENSMUST00000020308 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Baiap2-204ENSMUST00000106231 4005 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Zfp768-201ENSMUST00000060783 2356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Amigo1-202ENSMUST00000106656 5482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Mapk1-202ENSMUST00000069107 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Mfsd13a-201ENSMUST00000086969 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Odf2-211ENSMUST00000113767 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Usp13-202ENSMUST00000108228 2767 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Ddx59-201ENSMUST00000027655 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Fam213a-202ENSMUST00000118466 1567 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Lce1j-201ENSMUST00000107304 420 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Spint2-202ENSMUST00000108236 1211 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Bpifa3-202ENSMUST00000109746 1102 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gm15375-201ENSMUST00000119510 849 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Faap20-210ENSMUST00000178473 1076 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Ccnd2-204ENSMUST00000201637 1006 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Syngr1-202ENSMUST00000009728 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Mmp28-204ENSMUST00000119346 1517 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Dcaf8-206ENSMUST00000192704 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Ocel1-203ENSMUST00000110052 5285 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Msl1-204ENSMUST00000107487 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
ShhQ62226 4930503L19Rik-201ENSMUST00000067556 2291 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Taf9-205ENSMUST00000190594 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Card10-203ENSMUST00000170584 3220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Slc25a26-201ENSMUST00000061118 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Amigo2-201ENSMUST00000053106 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Mturn-203ENSMUST00000190641 5303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Hspbp1-201ENSMUST00000079970 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Fcho2-208ENSMUST00000224992 2964 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Tor3a-207ENSMUST00000188964 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Gm1673-202ENSMUST00000114382 451 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Tpsg1-202ENSMUST00000160377 1040 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Gm45058-201ENSMUST00000205810 766 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Atg101-201ENSMUST00000048393 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ShhQ62226 A930012L18Rik-201ENSMUST00000181094 2364 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Eif4g3-202ENSMUST00000084214 6139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Tm7sf3-201ENSMUST00000037709 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Hirip3-201ENSMUST00000037248 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Rbbp7-202ENSMUST00000112326 1430 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Dlgap4-212ENSMUST00000169464 4851 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Lonrf1-201ENSMUST00000065297 3930 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Fam172a-202ENSMUST00000099358 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Usp6nl-202ENSMUST00000114937 7484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Iqgap2-201ENSMUST00000068603 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Gpr84-201ENSMUST00000079824 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Ttpal-202ENSMUST00000109408 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Sh2b2-203ENSMUST00000196397 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Atxn7-201ENSMUST00000022257 6853 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Shroom3-201ENSMUST00000113051 6435 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Ccdc102a-201ENSMUST00000077955 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Tmem8-201ENSMUST00000025010 3464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 P2rx2-201ENSMUST00000058016 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Gm45623-201ENSMUST00000210744 1457 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Kcnq5-203ENSMUST00000115300 6975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Atp6v0b-208ENSMUST00000150204 935 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Gm37292-201ENSMUST00000192062 758 ntBASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Gm45631-201ENSMUST00000210318 1244 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Timm8a2-201ENSMUST00000045976 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Spsb2-202ENSMUST00000052727 1219 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Nup85-201ENSMUST00000021085 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Tm6sf2-202ENSMUST00000110160 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Mef2d-202ENSMUST00000107558 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Fam104a-201ENSMUST00000120194 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Baiap2-202ENSMUST00000075180 3518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Kcns2-201ENSMUST00000072868 5456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Ruvbl1-201ENSMUST00000032165 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Tmem196-201ENSMUST00000058644 1678 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Paqr7-201ENSMUST00000081525 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 S1pr5-201ENSMUST00000122088 2500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Thumpd3-201ENSMUST00000032398 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Yipf2-201ENSMUST00000034700 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Lzic-201ENSMUST00000030842 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 9530080O11Rik-201ENSMUST00000137239 1475 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Cds2-202ENSMUST00000103181 8396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Hmg20b-201ENSMUST00000020454 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Gm17092-201ENSMUST00000166606 698 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Ddah2-204ENSMUST00000174493 1254 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Psma6-201ENSMUST00000021412 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 D230030E09Rik-201ENSMUST00000222459 884 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Tpsg1-201ENSMUST00000024999 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Gm7461-201ENSMUST00000058918 827 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Acot1-201ENSMUST00000168120 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Aire-204ENSMUST00000128241 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Aire-205ENSMUST00000130972 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Aire-212ENSMUST00000145975 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Aire-201ENSMUST00000019257 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Fam69a-201ENSMUST00000031198 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Nrros-203ENSMUST00000115165 2389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Ocel1-202ENSMUST00000110051 2179 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Htr6-202ENSMUST00000105802 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 1810013L24Rik-201ENSMUST00000023150 4066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Vhl-201ENSMUST00000035673 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Gm45560-201ENSMUST00000211492 1472 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.9 ms