Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

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Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Dnajc2-201ENSMUST00000030771 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Sftpb-201ENSMUST00000070437 1131 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Cpeb3-202ENSMUST00000123727 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Tm9sf2-203ENSMUST00000171318 1494 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 AC154855.1-201ENSMUST00000227353 1458 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Mta3-203ENSMUST00000112350 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Zdhhc6-209ENSMUST00000225495 1711 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Rimbp3-201ENSMUST00000169803 5787 ntAPPRIS P1 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Mgat2-201ENSMUST00000060579 2614 ntAPPRIS P1 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Dcaf5-201ENSMUST00000054145 5706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Gm43545-201ENSMUST00000196765 2779 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Tmem125-201ENSMUST00000060214 1864 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Slbp-203ENSMUST00000101354 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Kcnk10-203ENSMUST00000221305 1357 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Gm12895-201ENSMUST00000122214 226 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Zfp133-ps-202ENSMUST00000124788 1079 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Gm12536-201ENSMUST00000129102 358 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Prr3-202ENSMUST00000165613 767 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Rpp40-202ENSMUST00000174230 1053 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Phox2b-202ENSMUST00000174251 1177 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Cyhr1-204ENSMUST00000177359 1110 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Cenpp-201ENSMUST00000021818 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Ptcra-201ENSMUST00000041012 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Ccser1-203ENSMUST00000126214 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Cstf2-202ENSMUST00000113286 2717 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Uhmk1-201ENSMUST00000027979 7864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Rnf146-203ENSMUST00000160372 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Gm11747-201ENSMUST00000142751 1648 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Gm44618-201ENSMUST00000208431 2262 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Nus1-201ENSMUST00000023830 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Hnrnpul2-201ENSMUST00000096753 5726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Nek9-201ENSMUST00000040992 5386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Cryl1-201ENSMUST00000022517 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Gm7628-201ENSMUST00000134690 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Ubr3-202ENSMUST00000112251 8081 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Pou2f2-206ENSMUST00000108418 1934 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Nlrp5-ps-201ENSMUST00000044683 1913 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Plekhm2-202ENSMUST00000084203 4136 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Erdr1-203ENSMUST00000179077 887 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Ino80dos-204ENSMUST00000188602 678 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Arhgap33-206ENSMUST00000208522 781 ntTSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Sirt7-201ENSMUST00000080202 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Pdzd3-201ENSMUST00000034618 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Obsl1-202ENSMUST00000113567 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Ttyh3-201ENSMUST00000042661 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Bcor-206ENSMUST00000124033 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Csnk2a2-203ENSMUST00000212214 6779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Lrch4-204ENSMUST00000176667 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Sox12-201ENSMUST00000063332 4169 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Ptgfrn-201ENSMUST00000102694 5902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Rabgap1l-201ENSMUST00000028049 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Nipsnap3b-201ENSMUST00000015391 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Mid2-202ENSMUST00000112990 6271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Chtop-203ENSMUST00000076639 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Cmtm4-201ENSMUST00000179802 7734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Ndufaf3-201ENSMUST00000074208 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
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Usf1Q61069 Gm15510-201ENSMUST00000123644 1172 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Pqlc1-208ENSMUST00000144468 1050 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Rnf5-201ENSMUST00000015622 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Tnnt2-205ENSMUST00000178204 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Tnnt2-207ENSMUST00000179863 1097 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
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Usf1Q61069 4930458A03Rik-201ENSMUST00000198197 961 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
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Usf1Q61069 Tha1-201ENSMUST00000033230 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
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Usf1Q61069 Spry1-202ENSMUST00000108107 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Tbcb-201ENSMUST00000006254 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Tbc1d25-204ENSMUST00000172020 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Prps1l3-201ENSMUST00000139049 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Tmem81-201ENSMUST00000058167 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Nubp1-201ENSMUST00000023146 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Eif4a1-213ENSMUST00000163666 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Cds2-202ENSMUST00000103181 8396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Aldh7a1-201ENSMUST00000066208 1914 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Cpne2-201ENSMUST00000048653 2342 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Gm18733-201ENSMUST00000173950 856 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Acaa1a-203ENSMUST00000175743 1219 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Acaa1a-207ENSMUST00000176397 996 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Ogfod2-207ENSMUST00000196627 532 ntTSL 3 BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Gm43077-201ENSMUST00000200602 491 ntTSL 3 BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Gm40457-201ENSMUST00000205319 1174 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 1700019N19Rik-201ENSMUST00000028299 970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Dgcr6-202ENSMUST00000076757 894 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Rnpc3-203ENSMUST00000106536 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Picalm-206ENSMUST00000207484 8209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Hsd17b1-201ENSMUST00000019445 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Agfg1-206ENSMUST00000189220 8044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Ptges3-201ENSMUST00000052798 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Lhx6-208ENSMUST00000148852 1481 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Map4k5-203ENSMUST00000110570 4498 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.1
Usf1Q61069 Stam2-202ENSMUST00000127316 1928 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Usf1Q61069 Anp32e-201ENSMUST00000015893 1381 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Usf1Q61069 Rdx-202ENSMUST00000061352 1502 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Usf1Q61069 Gtf2h4-201ENSMUST00000001565 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Usf1Q61069 Ppil3-202ENSMUST00000114345 1175 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.8 ms