Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Eomes-202ENSMUST00000111763 2869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Naa50-202ENSMUST00000063542 2136 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Hspb6-201ENSMUST00000044048 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Trpc4ap-202ENSMUST00000103140 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Slc39a10-201ENSMUST00000027131 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm6093-201ENSMUST00000221792 1623 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Fbxo47-201ENSMUST00000093939 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Ssc4d-204ENSMUST00000111153 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Stim2-204ENSMUST00000201469 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Por-201ENSMUST00000005651 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Smim1-210ENSMUST00000146054 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Ifi27l2b-201ENSMUST00000044687 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Vps37d-202ENSMUST00000076203 1286 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Mpp3-203ENSMUST00000107167 2066 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gpd1-203ENSMUST00000162194 1515 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 2810474O19Rik-201ENSMUST00000046689 6066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Prkaca-201ENSMUST00000005606 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Pmm1-201ENSMUST00000023112 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm15582-201ENSMUST00000132849 1581 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Tmem47-203ENSMUST00000171953 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Lyl1-201ENSMUST00000037165 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Il4i1-201ENSMUST00000033015 2048 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Hs6st1-201ENSMUST00000088174 3719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Slc47a2-201ENSMUST00000093029 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Btn1a1-202ENSMUST00000110434 1077 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Surf1-201ENSMUST00000015934 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Psma3-204ENSMUST00000160864 859 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm15890-201ENSMUST00000161024 770 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Pigf-201ENSMUST00000024957 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Birc2-201ENSMUST00000054878 378 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Nptxr-201ENSMUST00000023057 5004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 P2rx4-202ENSMUST00000081554 1887 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Gm11373-201ENSMUST00000129791 2819 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
Col6a1Q04857 Cebpg-202ENSMUST00000130491 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Plac9a-201ENSMUST00000052286 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Egln2-202ENSMUST00000108382 1756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Sept9-201ENSMUST00000019038 3784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Ache-202ENSMUST00000085934 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Itsn2-215ENSMUST00000220311 6080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Prr3-202ENSMUST00000165613 767 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Gm28577-201ENSMUST00000176106 741 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Gm28659-201ENSMUST00000188013 759 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 1700019N19Rik-201ENSMUST00000028299 970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Imp3-201ENSMUST00000034827 924 ntAPPRIS P1 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 B4galt5-201ENSMUST00000109221 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Insm1-201ENSMUST00000089257 3100 ntAPPRIS P1 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Map4k4-202ENSMUST00000168431 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Dlgap2-203ENSMUST00000133298 4503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Krcc1-203ENSMUST00000204436 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Zswim8-208ENSMUST00000224751 5951 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Gm43213-201ENSMUST00000151866 1790 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Mtmr1-201ENSMUST00000015358 4634 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Ndufv1-202ENSMUST00000128787 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Ndufv1-207ENSMUST00000134479 1438 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Tmem254b-201ENSMUST00000022418 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Rfx7-201ENSMUST00000093820 7988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Lrch2-201ENSMUST00000112819 4892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 AC140264.2-201ENSMUST00000219668 289 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 4933427E11Rik-201ENSMUST00000056711 1214 ntBASIC19■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 BC048679-201ENSMUST00000073406 522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Nsun2-202ENSMUST00000109699 2834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Klhdc1-201ENSMUST00000063445 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Smu1-201ENSMUST00000030117 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Tril-201ENSMUST00000127748 5363 ntAPPRIS P1 BASIC19■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Olfr94-203ENSMUST00000222190 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Eif6-201ENSMUST00000029142 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Tekt1-201ENSMUST00000021155 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Jag1-201ENSMUST00000028735 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Myo1b-203ENSMUST00000114537 4618 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Eif4g3-201ENSMUST00000058133 2663 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Ccdc91-201ENSMUST00000032441 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Gm5464-201ENSMUST00000100453 2156 ntAPPRIS P1 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 St8sia5-202ENSMUST00000079618 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Fam222a-201ENSMUST00000043650 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Pomgnt2-207ENSMUST00000217610 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Ubl7-201ENSMUST00000163329 1364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Wbp2-202ENSMUST00000106444 1012 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Dpys-202ENSMUST00000110306 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Lhx1os-201ENSMUST00000126072 589 ntTSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 D330023K18Rik-201ENSMUST00000133550 920 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 A830052D11Rik-201ENSMUST00000181729 1130 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Gse1-202ENSMUST00000118136 4492 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Tymp-201ENSMUST00000023285 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Ttc34-203ENSMUST00000207854 4733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Gm11549-201ENSMUST00000124606 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Ndufv3-201ENSMUST00000046288 1537 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Trim54-202ENSMUST00000202769 1408 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Smarca4-201ENSMUST00000034707 6354 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Ero1l-201ENSMUST00000022378 4418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Tuba3b-201ENSMUST00000087445 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Tulp1-201ENSMUST00000041819 2017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 2810408A11Rik-201ENSMUST00000018714 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Anp32e-201ENSMUST00000015893 1381 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Gm42922-201ENSMUST00000195887 2078 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Rnf141-201ENSMUST00000106682 1101 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Mras-202ENSMUST00000119472 1190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Cgrrf1-204ENSMUST00000140114 419 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Gm15545-203ENSMUST00000150613 1059 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Hoxb2-201ENSMUST00000100523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Col6a1Q04857 Ankle1-202ENSMUST00000120725 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35 ms