Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Hist1h2br-203ENSMUST00000180288 1256 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Gm6345-202ENSMUST00000180900 204 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Hist1h2bq-202ENSMUST00000091749 1254 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Agap3-205ENSMUST00000199856 2685 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Arhgef9-208ENSMUST00000128565 2285 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Ebf3-201ENSMUST00000033378 4838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Sdcbp-201ENSMUST00000029912 2745 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Zfp689-202ENSMUST00000106299 1417 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Ing4-205ENSMUST00000140131 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Dmtn-207ENSMUST00000228001 2437 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Nfatc2-205ENSMUST00000137451 2369 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Map1lc3b-204ENSMUST00000181826 2633 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Nsfl1c-201ENSMUST00000028949 1364 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Klhl25-202ENSMUST00000171155 3403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Caskin1-201ENSMUST00000024958 6172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Eif4e2-205ENSMUST00000113232 1125 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Gm7370-201ENSMUST00000219471 767 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Hint2-201ENSMUST00000030192 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Zfp524-201ENSMUST00000086349 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Rock2-201ENSMUST00000020904 7644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Slc25a47-202ENSMUST00000221080 1890 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Mon2-202ENSMUST00000073792 9301 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Negr1-201ENSMUST00000041425 2095 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Lrrc75b-201ENSMUST00000051129 4601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 AW011738-201ENSMUST00000105140 1848 ntAPPRIS P1 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Kcnn2-208ENSMUST00000211323 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Itgb5-202ENSMUST00000115028 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Galk2-202ENSMUST00000094604 1928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Il17rc-201ENSMUST00000058300 2302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Pfn2-201ENSMUST00000066882 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Fam222a-201ENSMUST00000043650 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Krt77-201ENSMUST00000087996 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Keap1-206ENSMUST00000216436 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Mafg-202ENSMUST00000106180 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Mafg-204ENSMUST00000106182 1104 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Cul4a-202ENSMUST00000121426 1044 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Asnsd1-202ENSMUST00000123519 983 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Rpl18a-206ENSMUST00000212709 700 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 AC120002.2-201ENSMUST00000220205 773 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Ntn1-201ENSMUST00000021284 5738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Tm6sf2-202ENSMUST00000110160 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 4930448E22Rik-201ENSMUST00000181712 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Ano10-206ENSMUST00000216670 2108 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Gm9774-202ENSMUST00000192538 1392 ntAPPRIS P1 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Pigw-202ENSMUST00000108080 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Gm7609-201ENSMUST00000113402 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Gabbr1-202ENSMUST00000172789 1460 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Rac1-202ENSMUST00000100489 2325 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Spdya-202ENSMUST00000124001 1247 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Cdc34-202ENSMUST00000166603 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Cenps-207ENSMUST00000177408 689 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Gm28793-201ENSMUST00000190845 413 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Gm33142-201ENSMUST00000193913 867 ntBASIC18.33■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Fgf9-202ENSMUST00000074654 1198 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Por-201ENSMUST00000005651 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Sf3b1Q99NB9 Pkp4-210ENSMUST00000168631 4484 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Dexi-203ENSMUST00000184863 2537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Antxr1-201ENSMUST00000042025 5253 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Itsn2-215ENSMUST00000220311 6080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Shc3-201ENSMUST00000021898 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 4930426D05Rik-202ENSMUST00000139804 1650 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Prss53-202ENSMUST00000205300 1662 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Nxn-201ENSMUST00000021204 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Grk2-202ENSMUST00000088737 3376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Auh-201ENSMUST00000021913 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Adgrl1-207ENSMUST00000141158 8181 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Rasl10b-202ENSMUST00000108140 3156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Chst8-203ENSMUST00000154629 2079 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Zfp282-201ENSMUST00000061890 5573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Lce1j-201ENSMUST00000107304 420 ntAPPRIS P1 BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Mzt2-202ENSMUST00000117136 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Mir142hg-201ENSMUST00000123700 269 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Pabpc1l2b-ps-201ENSMUST00000124538 690 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Zfp629-206ENSMUST00000132524 215 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Gm27389-201ENSMUST00000183622 195 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Stx3-208ENSMUST00000211641 1018 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 AC130711.1-201ENSMUST00000224277 906 ntAPPRIS P1 BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Idnk-204ENSMUST00000226010 1898 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Tmem198-201ENSMUST00000050899 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Gfra4-202ENSMUST00000066958 783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Eif2b4-201ENSMUST00000077693 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Gm10819-201ENSMUST00000099988 561 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Snx21-201ENSMUST00000056181 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Zscan12-201ENSMUST00000053293 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Rnaseh2a-202ENSMUST00000109736 2981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Magi3-203ENSMUST00000122303 3827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Trpc4ap-202ENSMUST00000103140 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Icam5-201ENSMUST00000019616 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Atp8b2-202ENSMUST00000107396 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Scaf8-201ENSMUST00000076734 4869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Gm11748-201ENSMUST00000153825 1498 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Spsb2-203ENSMUST00000112473 1322 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 9330111N05Rik-202ENSMUST00000181043 2449 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Otx2-204ENSMUST00000122009 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Marcks-201ENSMUST00000092584 4048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Nectin2-202ENSMUST00000108450 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Tekt5-202ENSMUST00000115831 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Gm17349-201ENSMUST00000163472 300 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Gm17661-201ENSMUST00000170317 270 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
Sf3b1Q99NB9 Prr3-209ENSMUST00000174849 581 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.4 ms