Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Tsnax-202ENSMUST00000212603 2169 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Agxt-201ENSMUST00000027491 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Eri1-201ENSMUST00000033927 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Atxn7-203ENSMUST00000223880 2946 ntAPPRIS P2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Gm16386-201ENSMUST00000181397 1423 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Tmem60-201ENSMUST00000115259 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Tmed5-204ENSMUST00000118036 1045 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Gm12382-201ENSMUST00000122005 922 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Gm12781-201ENSMUST00000146269 395 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Grtp1-204ENSMUST00000209691 1030 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Aldoa-ps3-201ENSMUST00000217558 306 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Chpt1-201ENSMUST00000020253 3898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Camkk2-211ENSMUST00000200109 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ShhQ62226 U2af2-202ENSMUST00000165399 1810 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Agap3-205ENSMUST00000199856 2685 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Gm45844-202ENSMUST00000209325 2450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Shq1-204ENSMUST00000170667 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Clstn2-201ENSMUST00000035027 4365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Lrrc14-204ENSMUST00000137649 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Yipf3-201ENSMUST00000095263 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Edem1-201ENSMUST00000089162 5817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Fxyd6-203ENSMUST00000217381 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Map4k5-210ENSMUST00000171211 4334 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Plxnd1-201ENSMUST00000015511 6907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 C130032M10Rik-201ENSMUST00000180393 728 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Lysmd4-209ENSMUST00000208998 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Fgf9-202ENSMUST00000074654 1198 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Manbal-201ENSMUST00000081202 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Kdm1a-202ENSMUST00000105847 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 1700018L02Rik-201ENSMUST00000187897 2485 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Lrig1-201ENSMUST00000032105 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Auh-202ENSMUST00000110031 3235 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Cables1-201ENSMUST00000046948 3202 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Pard3-209ENSMUST00000160272 5815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Map3k10-201ENSMUST00000036453 3682 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Zfp623-201ENSMUST00000037260 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Rnpc3-203ENSMUST00000106536 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Pdgfa-201ENSMUST00000046901 1543 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Gm45141-201ENSMUST00000206502 1888 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Iqsec2-202ENSMUST00000112604 5967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Snx21-201ENSMUST00000056181 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Tbc1d9-202ENSMUST00000093393 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Ulk1-201ENSMUST00000031490 5213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Ankle1-202ENSMUST00000120725 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Arhgef17-204ENSMUST00000209041 4516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Arnt-204ENSMUST00000107160 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Tlcd2-202ENSMUST00000108435 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Ptf1aos-201ENSMUST00000122978 916 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Gm3375-201ENSMUST00000203929 796 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Zfp524-203ENSMUST00000209030 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Stx3-208ENSMUST00000211641 1018 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Gnb5-201ENSMUST00000076889 1188 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Trim68-201ENSMUST00000082175 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Nxn-201ENSMUST00000021204 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Auh-201ENSMUST00000021913 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Zcchc6-207ENSMUST00000225576 2499 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Tmem51os1-202ENSMUST00000141769 2131 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Uso1-204ENSMUST00000202155 3707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Espn-211ENSMUST00000105657 1375 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Hjurp-202ENSMUST00000065420 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Slc25a35-202ENSMUST00000102606 1828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Rnf112-203ENSMUST00000102661 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Rilp-201ENSMUST00000042972 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Cyth2-201ENSMUST00000056820 2527 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Adgrv1-207ENSMUST00000128585 2580 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Tbc1d13-201ENSMUST00000044556 3595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Lrrc27-202ENSMUST00000106104 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Kctd13-201ENSMUST00000032924 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Hapln2-201ENSMUST00000005014 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Yif1b-203ENSMUST00000108238 1126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Mrpl13-205ENSMUST00000172387 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Gm10138-203ENSMUST00000206952 366 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Otx2os1-204ENSMUST00000227221 751 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Pfdn4-201ENSMUST00000063682 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Zfp783-201ENSMUST00000095946 670 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Espn-206ENSMUST00000103196 1323 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Tmem79-201ENSMUST00000001456 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Ctla2a-201ENSMUST00000021880 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Atp5d-203ENSMUST00000105367 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Tekt1-201ENSMUST00000021155 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Smim15-205ENSMUST00000225972 2097 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Zfp697-202ENSMUST00000178372 4703 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Lmbr1-207ENSMUST00000200564 1598 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Ptges3-202ENSMUST00000084771 1559 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Wnt4-201ENSMUST00000045747 4194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Eif4enif1-203ENSMUST00000110049 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Adam22-205ENSMUST00000115385 2318 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Cnn2-201ENSMUST00000004784 2460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Gm37811-201ENSMUST00000192416 2601 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Uri1-201ENSMUST00000085513 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Larp4b-201ENSMUST00000091829 5720 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Nectin2-202ENSMUST00000108450 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Zfp219-204ENSMUST00000226522 2804 ntAPPRIS P2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Lyrm4-201ENSMUST00000053265 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Wnt6-201ENSMUST00000006716 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Bsg-202ENSMUST00000105381 1240 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gnao1-207ENSMUST00000138659 5526 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Ank2-226ENSMUST00000189368 339 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gm38285-201ENSMUST00000192928 922 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gm19391-201ENSMUST00000196653 999 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.6 ms