Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Snx20-201ENSMUST00000034087 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Mthfsl-201ENSMUST00000113110 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Mthfs-203ENSMUST00000118870 705 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Gm26971-201ENSMUST00000182423 1072 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Mthfs-201ENSMUST00000085256 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Ostm1-201ENSMUST00000040718 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Plekhh3-201ENSMUST00000043397 3056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Macrod2-201ENSMUST00000043836 3552 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Dmrt1-201ENSMUST00000025755 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Uso1-204ENSMUST00000202155 3707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Ppm1b-202ENSMUST00000112304 3262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Shank3-202ENSMUST00000066545 4702 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Agap1-202ENSMUST00000074945 10069 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Gm26694-201ENSMUST00000180868 1902 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Cdh2-201ENSMUST00000025166 4843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Cep83-201ENSMUST00000020212 3639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Rimbp3-201ENSMUST00000169803 5787 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Ubr2-202ENSMUST00000113337 7633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Esx1-202ENSMUST00000113066 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Smarcd3-208ENSMUST00000195943 1712 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Smarcd3-201ENSMUST00000030791 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Hnrnpll-205ENSMUST00000184635 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Rgs9-201ENSMUST00000020920 2434 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Prmt6-201ENSMUST00000106567 2450 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Foxo1-201ENSMUST00000053764 8665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Sox1ot-201ENSMUST00000080795 5064 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Tex30-204ENSMUST00000128190 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Gm13647-201ENSMUST00000154654 622 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Bnip1-201ENSMUST00000015725 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Insig2-203ENSMUST00000159085 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Cxxc4-201ENSMUST00000166288 1290 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Cracr2b-207ENSMUST00000170879 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Fxn-201ENSMUST00000081333 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Cdkl3-206ENSMUST00000109079 2051 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Cdkl3-208ENSMUST00000109081 2063 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Mdga1-208ENSMUST00000171691 8339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Smap1-201ENSMUST00000027339 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 AC123834.2-201ENSMUST00000224038 2340 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Myo15b-202ENSMUST00000093911 9340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Lonrf1-201ENSMUST00000065297 3930 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Intu-201ENSMUST00000061590 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Gpr137-203ENSMUST00000099776 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Rtp2-201ENSMUST00000061030 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Nfe2l3-201ENSMUST00000005103 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Zmynd10-201ENSMUST00000010188 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Clasp2-204ENSMUST00000213663 2727 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Zbp1-201ENSMUST00000029018 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Slc25a10-201ENSMUST00000026899 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Bmpr1b-203ENSMUST00000106230 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
Lire1P11260 Irak1bp1-202ENSMUST00000113245 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Mchr1-201ENSMUST00000166855 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Ddx28-201ENSMUST00000058579 2262 ntAPPRIS P1 BASIC16.33■□□□□ 0.2
Lire1P11260 1110065P20Rik-203ENSMUST00000137769 659 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Lire1P11260 AC154649.1-201ENSMUST00000227392 384 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Mrps12-201ENSMUST00000056078 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Lire1P11260 5330438I03Rik-201ENSMUST00000168347 2845 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Csnk1g3-201ENSMUST00000069597 4394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Stx4a-201ENSMUST00000033075 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Hoxc6-201ENSMUST00000001711 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Rasgrp1-207ENSMUST00000178884 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Bicdl1-203ENSMUST00000118576 1874 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Taf6l-211ENSMUST00000177056 2006 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Gm26803-201ENSMUST00000181705 2011 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Zmiz1-201ENSMUST00000007961 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Elac2-202ENSMUST00000101049 2884 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Igdcc3-201ENSMUST00000034961 3146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Dstn-201ENSMUST00000103172 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Nt5c3b-204ENSMUST00000107398 1635 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Klc3-203ENSMUST00000108458 1823 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Arrb2-205ENSMUST00000108568 1777 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Commd7-202ENSMUST00000109782 1343 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Gusb-202ENSMUST00000111307 932 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Wbp1-202ENSMUST00000113936 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Unc50-203ENSMUST00000118059 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Hhat-203ENSMUST00000128619 1819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Gm13441-201ENSMUST00000140104 1168 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Gm29514-202ENSMUST00000186665 2214 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 6530437J22Rik-201ENSMUST00000207515 773 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Gm44549-201ENSMUST00000208351 577 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Crybb1-201ENSMUST00000031286 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Car11-201ENSMUST00000003360 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Map3k7-201ENSMUST00000037607 5773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Lsp1-202ENSMUST00000038946 1828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Fiz1-201ENSMUST00000077385 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Rps16-201ENSMUST00000082134 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Aftph-201ENSMUST00000035350 3998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Agfg2-201ENSMUST00000031736 2893 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Wasf1-202ENSMUST00000105509 2719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Ostf1-201ENSMUST00000025631 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Nbl1-201ENSMUST00000042844 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Guf1-202ENSMUST00000087228 3433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Slc44a1-201ENSMUST00000102911 3102 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Ikzf1-203ENSMUST00000065433 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Pde1c-203ENSMUST00000164037 3068 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 2200002D01Rik-201ENSMUST00000032808 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Ntmt1-201ENSMUST00000041830 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Hmga1-202ENSMUST00000117254 1328 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Lhpp-202ENSMUST00000106170 999 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Gm13836-201ENSMUST00000121159 501 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
Lire1P11260 Akip1-201ENSMUST00000033335 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.5 ms