Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 2410002F23Rik-217ENSMUST00000188111 2131 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Lmo4-203ENSMUST00000121796 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Nfatc2-205ENSMUST00000137451 2369 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxw5-201ENSMUST00000015239 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Rbm11-202ENSMUST00000114249 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Vegfc-201ENSMUST00000033919 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Dtnb-222ENSMUST00000174479 3689 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15408-201ENSMUST00000124198 1379 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Lancl2-201ENSMUST00000050077 2509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 C1ql3-201ENSMUST00000061545 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Srf-201ENSMUST00000015749 4093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20544-201ENSMUST00000174338 690 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26829-201ENSMUST00000180581 934 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10459-201ENSMUST00000202708 1155 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11273-201ENSMUST00000044043 390 ntAPPRIS P1 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Zxdc-203ENSMUST00000113539 4864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Actr3-201ENSMUST00000027579 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Ythdc1-202ENSMUST00000119339 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Rac1-202ENSMUST00000100489 2325 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Acp5-204ENSMUST00000213815 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Acp5-206ENSMUST00000217643 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Sbf1-205ENSMUST00000144585 6165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Ciz1-201ENSMUST00000048964 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Slk-201ENSMUST00000026043 7278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Nsmf-205ENSMUST00000114386 2685 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Fam46c-201ENSMUST00000061455 5640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Itsn1-201ENSMUST00000056482 5364 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem131-208ENSMUST00000194563 6698 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Ddit4-201ENSMUST00000020308 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Map1lc3b-204ENSMUST00000181826 2633 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf157-201ENSMUST00000100202 4619 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Cdk2ap2-201ENSMUST00000025779 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Fam167b-201ENSMUST00000052835 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Ubtf-204ENSMUST00000107117 3258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Hmces-201ENSMUST00000032141 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 A730056A06Rik-201ENSMUST00000181299 2689 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Vps9d1-203ENSMUST00000122363 2952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Nek9-201ENSMUST00000040992 5386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Lsm6-201ENSMUST00000051867 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Tle4-201ENSMUST00000052011 4555 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Nrxn2-203ENSMUST00000113459 3285 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Txndc5-201ENSMUST00000035988 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15138-201ENSMUST00000151778 379 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5577-203ENSMUST00000153372 815 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Gm23634-201ENSMUST00000175071 91 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10517-202ENSMUST00000192970 758 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Rps2-ps2-201ENSMUST00000194305 881 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Dusp8-201ENSMUST00000039926 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Krt80-201ENSMUST00000077196 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 AC108858.1-201ENSMUST00000228461 1498 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Sept9-201ENSMUST00000019038 3784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Ttpal-202ENSMUST00000109408 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Gm37374-201ENSMUST00000194954 1829 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Kctd13-201ENSMUST00000032924 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Slc25a47-202ENSMUST00000221080 1890 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Itgb5-202ENSMUST00000115028 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 9330111N05Rik-202ENSMUST00000181043 2449 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Smu1-201ENSMUST00000030117 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45844-202ENSMUST00000209325 2450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6728-201ENSMUST00000178117 1065 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9745-201ENSMUST00000021573 684 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Inmt-201ENSMUST00000003569 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Ebf3-204ENSMUST00000169486 4994 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Prdm6-203ENSMUST00000115399 2227 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf44-204ENSMUST00000125871 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1r3f-201ENSMUST00000115742 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Apba1-201ENSMUST00000025830 6632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 2900052L18Rik-201ENSMUST00000139014 1588 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Nptxr-203ENSMUST00000175858 4948 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 3110043O21Rik-203ENSMUST00000108127 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
Ccdc3Q9D6Y1 Nudt11-201ENSMUST00000103007 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Osbpl1a-207ENSMUST00000121808 3030 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Diaph1-205ENSMUST00000115634 5666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Pacsin1-203ENSMUST00000114872 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Man2a1-201ENSMUST00000086723 6991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Smim15-205ENSMUST00000225972 2097 ntAPPRIS P1 BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxo7-203ENSMUST00000120344 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10013-201ENSMUST00000106074 672 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Tekt5-202ENSMUST00000115831 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Tsfm-202ENSMUST00000120547 1271 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Cul4a-202ENSMUST00000121426 1044 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Mir142hg-201ENSMUST00000123700 269 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Gm3764-202ENSMUST00000180582 440 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45058-201ENSMUST00000205810 766 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Lysmd4-209ENSMUST00000208998 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Grtp1-204ENSMUST00000209691 1030 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Sft2d2-201ENSMUST00000043338 5535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Ilk-212ENSMUST00000163389 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Gpr137-201ENSMUST00000025909 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Sirt7-201ENSMUST00000080202 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Six3-203ENSMUST00000176081 3680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Elmo2-204ENSMUST00000103088 3052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Tsc22d1-201ENSMUST00000022587 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Utf1-201ENSMUST00000168457 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Snrnp48-202ENSMUST00000178564 847 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26938-201ENSMUST00000182839 744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Gnao1-207ENSMUST00000138659 5526 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Lrig1-201ENSMUST00000032105 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Camkk2-211ENSMUST00000200109 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Ccdc3Q9D6Y1 Nfatc3-201ENSMUST00000109308 5984 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.7 ms