Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Pdxk-ps-203ENSMUST00000183934 680 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Col6a1Q04857 Upk3a-201ENSMUST00000023070 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Col6a1Q04857 Mast4-205ENSMUST00000166726 5968 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Col6a1Q04857 Spsb2-203ENSMUST00000112473 1322 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
Col6a1Q04857 Mettl4-ps1-202ENSMUST00000130218 1323 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Col6a1Q04857 Ccser1-203ENSMUST00000126214 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Col6a1Q04857 Pacsin3-203ENSMUST00000111349 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Col6a1Q04857 Gm7854-202ENSMUST00000187409 1433 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Col6a1Q04857 Ube2d1-201ENSMUST00000020085 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Col6a1Q04857 4933427J07Rik-201ENSMUST00000156275 1533 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Col6a1Q04857 Alyref-201ENSMUST00000026125 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
Col6a1Q04857 Spdya-202ENSMUST00000124001 1247 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Dlgap2-209ENSMUST00000152652 3842 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Pih1d2-201ENSMUST00000000171 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 1700007L15Rik-201ENSMUST00000180923 737 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Otx2os1-206ENSMUST00000228153 787 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Pdgfa-203ENSMUST00000110896 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Skap1-203ENSMUST00000100521 1539 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Skap1-204ENSMUST00000103154 1507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Eva1c-202ENSMUST00000099543 1554 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Zfp78-205ENSMUST00000208030 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Scml4-203ENSMUST00000105495 1033 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Gfod2-203ENSMUST00000155038 951 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Gm26661-201ENSMUST00000181025 471 ntAPPRIS P1 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Gm43791-201ENSMUST00000202914 468 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Gm38948-201ENSMUST00000210035 688 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Mrps18a-201ENSMUST00000024763 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Gm8994-201ENSMUST00000077886 1236 ntAPPRIS P1 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Cpsf4-207ENSMUST00000162244 1387 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Plekhg3-207ENSMUST00000219063 4535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Gata5os-201ENSMUST00000069943 1678 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Tfdp2-209ENSMUST00000188750 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 A730056A06Rik-201ENSMUST00000181299 2689 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Mrm1-201ENSMUST00000018549 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Scamp4-201ENSMUST00000079883 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Mtx1-201ENSMUST00000073572 1617 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Tial1-201ENSMUST00000033135 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Rab11b-203ENSMUST00000173860 1544 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Rpp25-201ENSMUST00000080514 1423 ntAPPRIS P1 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Snap91-201ENSMUST00000036347 4237 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Prkcz-203ENSMUST00000105624 694 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Plxdc1-202ENSMUST00000107564 619 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Nmnat3-203ENSMUST00000112938 848 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Gm11950-201ENSMUST00000121615 838 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Slbp-205ENSMUST00000139518 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Gm20422-202ENSMUST00000149782 956 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 C530025M09Rik-201ENSMUST00000099264 690 ntAPPRIS P1 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Map7d2-203ENSMUST00000112471 3670 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Exog-202ENSMUST00000164213 2627 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Map1lc3b-204ENSMUST00000181826 2633 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Dixdc1-207ENSMUST00000121634 2420 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Ddx41-201ENSMUST00000021956 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Schip1-201ENSMUST00000029346 2201 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Keap1-204ENSMUST00000193982 2163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Zc3hav1l-201ENSMUST00000058524 6536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Blcap-201ENSMUST00000088494 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Trmo-202ENSMUST00000086563 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Mrpl37-201ENSMUST00000030365 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Dip2c-203ENSMUST00000174552 8023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Timm29-201ENSMUST00000062125 3170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Gm26884-201ENSMUST00000181207 3074 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Flg-207ENSMUST00000180293 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Gm3331-201ENSMUST00000183423 1017 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Thoc7-201ENSMUST00000065865 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Alas2-201ENSMUST00000066337 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 F8a-201ENSMUST00000105111 2505 ntAPPRIS P1 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Ppp1r3f-201ENSMUST00000115742 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Ctbp2-201ENSMUST00000033269 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Kbtbd13-201ENSMUST00000068307 2969 ntAPPRIS P1 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Cnpy1-201ENSMUST00000117098 2661 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Klf16-201ENSMUST00000038558 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Itm2c-203ENSMUST00000185569 1465 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Ttpal-202ENSMUST00000109408 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Klhl25-202ENSMUST00000171155 3403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Srpx-202ENSMUST00000115543 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Gm11355-201ENSMUST00000121120 306 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Bpifa3-201ENSMUST00000028984 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Irak1bp1-201ENSMUST00000034783 1159 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Spr-ps1-201ENSMUST00000089584 605 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Galnt1-206ENSMUST00000170243 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 BC017158-201ENSMUST00000033044 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Ppp2r1b-206ENSMUST00000175645 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Slc9a5-201ENSMUST00000073149 3499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Bcl7b-203ENSMUST00000111188 1434 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Hpn-202ENSMUST00000108102 1830 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Frmd3-202ENSMUST00000098006 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Ddit4-201ENSMUST00000020308 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Rbm4-203ENSMUST00000178615 1018 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 AC164629.2-201ENSMUST00000217916 270 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Flywch2-201ENSMUST00000024704 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Sdcbp-201ENSMUST00000029912 2745 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Adam22-205ENSMUST00000115385 2318 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Brms1l-201ENSMUST00000059250 2609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Csf3-201ENSMUST00000038886 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Chka-201ENSMUST00000025760 2319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Tpd52l1-201ENSMUST00000000305 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Tgfb1-201ENSMUST00000002678 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Kansl1l-201ENSMUST00000068168 4459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Krt27-201ENSMUST00000017732 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
Col6a1Q04857 Dmtn-207ENSMUST00000228001 2437 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.8 ms