Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Fam222a-201ENSMUST00000043650 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Mapre3-201ENSMUST00000031058 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Ccnd3-202ENSMUST00000171031 2113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Hsf4-202ENSMUST00000163734 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 6330411D24Rik-201ENSMUST00000211105 1568 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Fam20b-202ENSMUST00000122424 4532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Rpp25-201ENSMUST00000080514 1423 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Fndc11-202ENSMUST00000108835 1154 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26620-201ENSMUST00000180542 817 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Alkbh2-201ENSMUST00000053657 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc17-201ENSMUST00000051869 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Hdhd2-202ENSMUST00000097521 1716 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Lifr-202ENSMUST00000164529 2844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 4933427J07Rik-201ENSMUST00000156275 1533 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Trim54-202ENSMUST00000202769 1408 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Gpsm3-201ENSMUST00000038244 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Has3-202ENSMUST00000175987 1154 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28033-201ENSMUST00000184224 96 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Cers1-202ENSMUST00000140239 2711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Ssx2ip-201ENSMUST00000039021 3410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Gcat-202ENSMUST00000171999 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Cacnb3-201ENSMUST00000003442 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Spg21-202ENSMUST00000213957 1302 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Mir770-201ENSMUST00000103252 94 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13025-201ENSMUST00000141469 1163 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Flt3l-206ENSMUST00000210197 834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt1-201ENSMUST00000050205 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl36al-201ENSMUST00000054544 526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Tctex1d4-201ENSMUST00000062206 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt1-202ENSMUST00000071881 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Lrriq4-203ENSMUST00000172350 1797 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Mycl-202ENSMUST00000106252 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Sfrp2-201ENSMUST00000029625 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Patz1-203ENSMUST00000094471 2930 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10489-201ENSMUST00000180511 1466 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Cnnm4-201ENSMUST00000153128 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc6-209ENSMUST00000225495 1711 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16075-201ENSMUST00000135873 361 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 AC130713.1-201ENSMUST00000228853 1096 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem205-201ENSMUST00000046831 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 C1qbp-201ENSMUST00000078528 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Sept8-203ENSMUST00000120878 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Tbx20-202ENSMUST00000166018 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Cnn2-201ENSMUST00000004784 2460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Enah-203ENSMUST00000111025 3385 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Osbpl1a-207ENSMUST00000121808 3030 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Runx2-204ENSMUST00000159943 2316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Pdgfa-203ENSMUST00000110896 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Mmd-202ENSMUST00000107887 1654 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Gm31727-201ENSMUST00000210102 360 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 AC156576.2-201ENSMUST00000222752 503 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Sept10-203ENSMUST00000220156 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Foxp1-230ENSMUST00000177437 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Tnfrsf25-201ENSMUST00000025706 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Pgs1-203ENSMUST00000132676 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Sox18-201ENSMUST00000054491 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26798-201ENSMUST00000181384 2837 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Glmn-201ENSMUST00000078021 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Cenpw-201ENSMUST00000099985 1532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Wbp2-202ENSMUST00000106444 1012 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Flg-207ENSMUST00000180293 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26709-203ENSMUST00000223260 715 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Snrnp35-201ENSMUST00000031349 1115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Imp3-201ENSMUST00000034827 924 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Timm8a2-201ENSMUST00000045976 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr1232-201ENSMUST00000099785 936 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Ptgis-202ENSMUST00000088041 1711 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Ldlrad4-201ENSMUST00000063775 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43042-201ENSMUST00000198676 1820 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Pou2f2-202ENSMUST00000108413 1599 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 4930401G09Rik-201ENSMUST00000139500 637 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44771-201ENSMUST00000206975 626 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Slc43a1-202ENSMUST00000111624 2556 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Gpd1l-201ENSMUST00000084853 1436 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Ppt2-205ENSMUST00000169067 1392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Matn4-204ENSMUST00000109359 2179 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Tgfb1-201ENSMUST00000002678 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Dut-201ENSMUST00000051605 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Krtap1-4-201ENSMUST00000100479 593 ntAPPRIS P1 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Atp5g1-202ENSMUST00000107684 596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28626-201ENSMUST00000187004 520 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Gmnn-201ENSMUST00000006898 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Fam69a-201ENSMUST00000031198 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Mff-202ENSMUST00000078332 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Trpc4ap-202ENSMUST00000103140 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Stard6-201ENSMUST00000114959 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Nckap1-202ENSMUST00000111760 4597 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Aicda-202ENSMUST00000160685 1292 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Acaa1a-203ENSMUST00000175743 1219 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Acaa1a-207ENSMUST00000176397 996 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Matn4-202ENSMUST00000103104 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 4833445I07Rik-201ENSMUST00000193193 1642 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem44-204ENSMUST00000140402 2405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo36-201ENSMUST00000097672 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Ffar3-201ENSMUST00000094583 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Erich2-201ENSMUST00000100041 1749 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Kbtbd13-201ENSMUST00000068307 2969 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Rab11b-203ENSMUST00000173860 1544 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27357-201ENSMUST00000183754 135 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.6 ms