Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Fam171b-201ENSMUST00000051454 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Mier2-203ENSMUST00000165028 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Tspyl2-201ENSMUST00000044509 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 2810410L24Rik-202ENSMUST00000155681 2615 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Hspbp1-201ENSMUST00000079970 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Trmt2a-203ENSMUST00000115640 2367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Tsnax-201ENSMUST00000075896 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 4833418N02Rik-202ENSMUST00000146560 1495 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gpr137-202ENSMUST00000099774 1434 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Sapcd2-202ENSMUST00000100323 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Tmem145-202ENSMUST00000119703 1781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Pkp2-202ENSMUST00000161342 2931 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 1190002N15Rik-201ENSMUST00000113028 3950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Fmnl3-203ENSMUST00000120633 4290 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Nfkbid-203ENSMUST00000108176 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 St8sia1-201ENSMUST00000032421 8991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Cdh4-203ENSMUST00000108911 1208 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Epb41l4aos-201ENSMUST00000146010 430 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Chic2-201ENSMUST00000075452 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Crtac1-201ENSMUST00000048630 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Nr2e1-201ENSMUST00000019938 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Nox4-202ENSMUST00000068829 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Mef2d-203ENSMUST00000107559 1791 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Dhcr24-201ENSMUST00000047973 4028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Kdelr3-201ENSMUST00000010974 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Zfp740-202ENSMUST00000119168 3932 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Espnl-201ENSMUST00000088904 5445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Dach1-201ENSMUST00000069334 5063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Sdf4-204ENSMUST00000105579 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gm16432-201ENSMUST00000094273 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Bloc1s3-201ENSMUST00000077408 3188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Atp1a1-201ENSMUST00000036493 3679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Hist1h4a-201ENSMUST00000102964 539 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Smox-206ENSMUST00000110183 1159 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Pnkd-204ENSMUST00000113805 740 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Rps14-202ENSMUST00000118551 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 A030005L19Rik-201ENSMUST00000220768 806 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Kcnip3-202ENSMUST00000088538 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Col11a2-202ENSMUST00000114252 5620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Shq1-202ENSMUST00000113312 6816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Dlx1-201ENSMUST00000037119 4111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Picalm-206ENSMUST00000207484 8209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Lrriq3-201ENSMUST00000029833 2652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Ptgis-201ENSMUST00000018113 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Tmem183a-201ENSMUST00000049470 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gsk3b-201ENSMUST00000023507 8303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Lhfpl4-201ENSMUST00000162280 4762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gabpa-201ENSMUST00000009120 4987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Acvr2a-201ENSMUST00000063886 5686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gt(ROSA)26Sor-201ENSMUST00000124246 1181 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gm45102-201ENSMUST00000207427 857 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Fkbp1b-201ENSMUST00000020964 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 mt-Rnr1-201ENSMUST00000082388 955 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Lrch1-205ENSMUST00000228252 3125 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Ptprn-201ENSMUST00000027404 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Ado-201ENSMUST00000075686 4445 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Tor1b-201ENSMUST00000028199 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Paqr6-204ENSMUST00000147991 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Rccd1-202ENSMUST00000121882 2324 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Cdh2-201ENSMUST00000025166 4843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Itgb7-201ENSMUST00000001327 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Mef2d-201ENSMUST00000001455 5401 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Sh3bp2-203ENSMUST00000118545 3034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 F12-201ENSMUST00000021948 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Adamts19-201ENSMUST00000052907 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Lrig3-201ENSMUST00000074807 4016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Elf2-201ENSMUST00000062009 3353 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 4930474N05Rik-203ENSMUST00000226305 2313 ntAPPRIS P1 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Nhs-201ENSMUST00000081569 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gm28756-202ENSMUST00000209405 2461 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Sphk1-206ENSMUST00000106388 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gm14091-201ENSMUST00000133534 874 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gm4553-202ENSMUST00000210925 1044 ntAPPRIS P5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Pawr-202ENSMUST00000218332 870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Rps7-203ENSMUST00000221871 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Bag1-201ENSMUST00000030125 1295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Psenen-201ENSMUST00000043898 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gm5576-201ENSMUST00000075809 1236 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Sarm1-202ENSMUST00000108287 4868 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Map2k5-201ENSMUST00000034920 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Hoxc6-201ENSMUST00000001711 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Actr8-201ENSMUST00000016115 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Prmt1-203ENSMUST00000207370 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gm26755-201ENSMUST00000180703 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Galk2-202ENSMUST00000094604 1928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 9430097D07Rik-201ENSMUST00000100190 1501 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Foxc2-201ENSMUST00000054691 2725 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Krt90-201ENSMUST00000023714 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Farsa-201ENSMUST00000003906 1826 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Ogfod2-202ENSMUST00000119269 1474 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Igdcc3-203ENSMUST00000217371 3183 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gm8839-201ENSMUST00000121279 1645 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gemin7-203ENSMUST00000119912 653 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Usf2-211ENSMUST00000172417 648 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gm7160-202ENSMUST00000188519 1027 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Tmem131l-201ENSMUST00000052342 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gm21992-201ENSMUST00000172000 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gm21992-206ENSMUST00000179909 1435 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 AC125311.2-201ENSMUST00000227477 1940 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Rps6ka1-201ENSMUST00000003741 3085 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.4 ms