Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Ebf3-204ENSMUST00000169486 4994 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Prkar2a-201ENSMUST00000035220 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Lrch3-203ENSMUST00000135193 2794 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Ctdsp2-202ENSMUST00000105256 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Kcnab3-201ENSMUST00000018614 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Dtwd2-203ENSMUST00000163590 2857 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Dvl2-201ENSMUST00000019362 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Gm43859-201ENSMUST00000200075 1412 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Rhof-201ENSMUST00000031401 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Dnaaf3-201ENSMUST00000094897 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Zfp446-202ENSMUST00000108535 2594 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Immp2l-203ENSMUST00000134965 977 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Eloc-203ENSMUST00000185771 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Gm10153-202ENSMUST00000210290 963 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 AC142113.1-201ENSMUST00000214931 801 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Dnajb2-201ENSMUST00000055223 1199 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Pop5-201ENSMUST00000081497 1025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Efcab11-201ENSMUST00000046485 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Gas2-201ENSMUST00000051912 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Dtx2-204ENSMUST00000111145 2493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Plekhh3-206ENSMUST00000164474 3010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Wnt16-201ENSMUST00000031681 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Lrch4-204ENSMUST00000176667 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Cdc42ep3-201ENSMUST00000068958 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Zbtb22-201ENSMUST00000053429 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Slc27a1-207ENSMUST00000212889 2730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Sept8-203ENSMUST00000120878 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Aire-204ENSMUST00000128241 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Aire-205ENSMUST00000130972 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Aire-212ENSMUST00000145975 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Aire-201ENSMUST00000019257 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Gm12527-201ENSMUST00000117967 564 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Gm40460-201ENSMUST00000211591 735 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Fgf22-203ENSMUST00000219981 1070 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Gpat3-203ENSMUST00000112887 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Cenpa-205ENSMUST00000144742 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Wasf1-202ENSMUST00000105509 2719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Gm16401-202ENSMUST00000197463 2074 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Gm9954-202ENSMUST00000198686 4725 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Shc3-201ENSMUST00000021898 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Eif6-201ENSMUST00000029142 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Snx15-201ENSMUST00000025702 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Fez2-202ENSMUST00000112487 2020 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Otud5-202ENSMUST00000115665 3821 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Tmem163-203ENSMUST00000160616 2657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Cdk5-201ENSMUST00000030814 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Zic3-202ENSMUST00000088629 1951 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Gm26885-201ENSMUST00000181920 1688 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Hist1h4a-201ENSMUST00000102964 539 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 2300009A05Rik-201ENSMUST00000168665 595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Pantr1-210ENSMUST00000185599 343 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 2900042K21Rik-201ENSMUST00000194444 653 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Uqcc2-201ENSMUST00000025045 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Nudt14-201ENSMUST00000002881 734 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Ckm-201ENSMUST00000003643 1235 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Ttc32-201ENSMUST00000085741 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Igsf11-201ENSMUST00000023478 3443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Zxdc-203ENSMUST00000113539 4864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Scrib-202ENSMUST00000063747 5440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Gm26803-201ENSMUST00000181705 2011 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Rae1-201ENSMUST00000029013 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Tmem81-201ENSMUST00000058167 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Ssbp2-202ENSMUST00000042122 1633 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Mrps23-203ENSMUST00000118784 1404 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Polr3gl-201ENSMUST00000091924 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Gm27029-202ENSMUST00000107259 1855 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Slc23a4-205ENSMUST00000201355 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Caml-201ENSMUST00000021963 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Arl6ip4-202ENSMUST00000122394 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Pmpcb-201ENSMUST00000030882 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Sox14-201ENSMUST00000054819 2065 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Yeats4-201ENSMUST00000020382 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Adcy2-201ENSMUST00000022013 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Rab5c-202ENSMUST00000107364 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Pomp-201ENSMUST00000031654 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Grip1-201ENSMUST00000041962 5343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Larp1-201ENSMUST00000071487 6614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Inpp4a-201ENSMUST00000027287 5691 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Lrrc58-201ENSMUST00000078717 8604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Tbx21-201ENSMUST00000001484 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Cacng6-201ENSMUST00000108647 868 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Lrrc47-205ENSMUST00000169622 3468 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Tuba3a-201ENSMUST00000088246 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Eva1a-201ENSMUST00000042974 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Irgq-201ENSMUST00000049020 6083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Ppp1cb-201ENSMUST00000015100 5962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Gm10649-203ENSMUST00000148066 1812 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Lyl1-201ENSMUST00000037165 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Car11-201ENSMUST00000003360 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Lbp-202ENSMUST00000109491 1322 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Lrrc45-201ENSMUST00000026139 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Taf9-205ENSMUST00000190594 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Fbxl19-204ENSMUST00000188580 2601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Nfe2l3-201ENSMUST00000005103 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Kank3-202ENSMUST00000172649 2652 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Mycn-201ENSMUST00000043396 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Msmo1-201ENSMUST00000034015 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Polr3d-201ENSMUST00000000793 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Lsp1-204ENSMUST00000105967 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Usp4P35123 Slc11a1-201ENSMUST00000027368 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.3 ms