Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Myh7b-201ENSMUST00000092995 6163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Crtap-201ENSMUST00000084881 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ShhQ62226 C2cd4c-202ENSMUST00000178228 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Arfrp1-209ENSMUST00000170190 2483 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
ShhQ62226 AC163637.2-201ENSMUST00000213826 1945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Nfatc2-205ENSMUST00000137451 2369 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Tgds-204ENSMUST00000228543 1594 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Eomes-202ENSMUST00000111763 2869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Enpp1-202ENSMUST00000105520 6777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Large1-202ENSMUST00000119826 4647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Gm11373-201ENSMUST00000129791 2819 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Fam20c-201ENSMUST00000026972 3582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Dbndd2-204ENSMUST00000109350 1055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
ShhQ62226 9130019P16Rik-201ENSMUST00000135612 1019 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Scamp4-202ENSMUST00000180350 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ShhQ62226 3110070M22Rik-201ENSMUST00000099148 1123 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Lrp5-202ENSMUST00000176867 2759 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Hnrnph3-201ENSMUST00000020263 2213 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Orai3-201ENSMUST00000061587 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Rae1-201ENSMUST00000029013 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Fez2-201ENSMUST00000070039 1939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Lsm6-201ENSMUST00000051867 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Mtx1-201ENSMUST00000073572 1617 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Sqor-201ENSMUST00000005953 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Dgke-202ENSMUST00000107894 8347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Rassf1-201ENSMUST00000010211 1727 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Schip1-203ENSMUST00000170788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Ciz1-201ENSMUST00000048964 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Cfl1-201ENSMUST00000116560 1148 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Rpl18-ps2-201ENSMUST00000118863 567 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Gm11539-201ENSMUST00000119837 557 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Gm13436-201ENSMUST00000120418 567 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Zmynd19-202ENSMUST00000148042 1103 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 2410002F23Rik-217ENSMUST00000188111 2131 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Gm4316-202ENSMUST00000212490 1115 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 AC156016.1-201ENSMUST00000227190 1035 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 4930465K10Rik-201ENSMUST00000056675 1238 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Rhbdd3-202ENSMUST00000101610 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 4930540M05Rik-201ENSMUST00000180527 2068 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Tmf1-201ENSMUST00000095664 5732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Ptpre-201ENSMUST00000073961 5410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Ube2z-201ENSMUST00000100528 3997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Zfp691-202ENSMUST00000106355 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Iscu-202ENSMUST00000112311 1395 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Gabarap-201ENSMUST00000018711 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Lancl2-201ENSMUST00000050077 2509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Bcor-206ENSMUST00000124033 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Tfap4-201ENSMUST00000005862 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Jade1-202ENSMUST00000163764 5584 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Elmo2-204ENSMUST00000103088 3052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Mpst-203ENSMUST00000169133 1309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Ergic3-202ENSMUST00000088650 1349 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Fam107a-202ENSMUST00000120411 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Dusp8-201ENSMUST00000039926 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Nkx2-2-203ENSMUST00000109970 1053 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Prss16-204ENSMUST00000150547 1159 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Gm5577-203ENSMUST00000153372 815 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Gm7889-201ENSMUST00000185591 958 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Chmp2a-203ENSMUST00000210587 930 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Fkbp3-201ENSMUST00000021332 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Prss40-201ENSMUST00000047840 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Rd3-201ENSMUST00000175680 1969 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Camk2d-228ENSMUST00000200171 5396 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Tmem136-202ENSMUST00000213544 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Rrp9-201ENSMUST00000047721 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Klf3-201ENSMUST00000165536 5221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Hoxa1-202ENSMUST00000120363 2043 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Ndufa10-201ENSMUST00000027478 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Man1c1-202ENSMUST00000054096 4715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Pfn2-201ENSMUST00000066882 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Cntln-201ENSMUST00000047023 5528 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Gm11927-201ENSMUST00000118472 759 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 2700033N17Rik-201ENSMUST00000140185 721 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Spata25-201ENSMUST00000017911 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Gadd45b-203ENSMUST00000220246 732 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Tmem192-201ENSMUST00000026595 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Ckm-201ENSMUST00000003643 1235 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Bricd5-201ENSMUST00000054946 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Zfp524-201ENSMUST00000086349 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Hist1h2aj-201ENSMUST00000091710 352 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Fbxw5-201ENSMUST00000015239 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Cspg5-202ENSMUST00000196060 3790 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Garem1-201ENSMUST00000049260 4923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Lsp1-204ENSMUST00000105967 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Hhat-203ENSMUST00000128619 1819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Fam43b-201ENSMUST00000105032 2437 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 D1Ertd622e-204ENSMUST00000153115 3495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Icmt-201ENSMUST00000048892 4919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Rsph6a-201ENSMUST00000035521 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Schip1-201ENSMUST00000029346 2201 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Ythdc1-202ENSMUST00000119339 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Vkorc1l1-203ENSMUST00000201855 4809 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Pgrmc1-201ENSMUST00000073339 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Smu1-201ENSMUST00000030117 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Mrpl21-201ENSMUST00000025743 802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Atp2c1-201ENSMUST00000038118 4876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Ebf3-204ENSMUST00000169486 4994 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Rab5c-202ENSMUST00000107364 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Pou2f2-205ENSMUST00000108417 1937 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Zhx1-202ENSMUST00000110168 5212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.8 ms