Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Cyc1-201ENSMUST00000023210 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Camk2n2-201ENSMUST00000052939 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Gm3164-201ENSMUST00000168866 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Shroom3-201ENSMUST00000113051 6435 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Men1-203ENSMUST00000079327 2639 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Ehmt2-204ENSMUST00000114033 3882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Phtf1-202ENSMUST00000063717 3327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Rgs7-203ENSMUST00000192227 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Rab11fip5-202ENSMUST00000204087 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Rab37-202ENSMUST00000067754 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Fbrsl1-201ENSMUST00000056124 2700 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Rnf128-201ENSMUST00000113026 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Atp6v1f-201ENSMUST00000004396 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Kmt5b-201ENSMUST00000005518 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Fam171a1-203ENSMUST00000091505 3449 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Ubap1-202ENSMUST00000108060 2514 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Cadps2-201ENSMUST00000018122 4723 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 AC165249.1-201ENSMUST00000220031 1599 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Atxn7l3-202ENSMUST00000107132 3706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Foxq1-201ENSMUST00000042118 4843 ntAPPRIS P1 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Anapc5-201ENSMUST00000086216 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 C130073E24Rik-201ENSMUST00000210222 6144 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Tspoap1-202ENSMUST00000100644 7390 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Flvcr1-201ENSMUST00000085635 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Taz-201ENSMUST00000069722 1851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 9930012K11Rik-205ENSMUST00000153871 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Med7-209ENSMUST00000170928 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Chrd-202ENSMUST00000115423 2417 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Rtp2-201ENSMUST00000061030 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 1700066B19Rik-201ENSMUST00000097617 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Shc1-202ENSMUST00000094378 2617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Tmem229b-206ENSMUST00000174697 3697 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Anp32e-210ENSMUST00000171368 878 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Gm42501-201ENSMUST00000200220 1026 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Fam213a-201ENSMUST00000022317 1537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Krt19-201ENSMUST00000007317 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Golga7-201ENSMUST00000051094 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Sept8-203ENSMUST00000120878 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Zdhhc16-201ENSMUST00000026154 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Serinc2-201ENSMUST00000105996 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Zfyve19-201ENSMUST00000090174 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Ola1-201ENSMUST00000028517 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Gas2-201ENSMUST00000051912 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Myo5b-201ENSMUST00000074157 6745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Lca5l-202ENSMUST00000113804 3162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Tbc1d19-201ENSMUST00000037337 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Pkn1-201ENSMUST00000005616 6662 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Stx1a-201ENSMUST00000005509 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Agtr1a-201ENSMUST00000066412 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Tmprss5-201ENSMUST00000070390 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Gpr137b-ps-203ENSMUST00000220758 1942 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Esx1-202ENSMUST00000113066 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Unc50-201ENSMUST00000027285 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Sumf1-206ENSMUST00000172188 723 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 AV026068-208ENSMUST00000189098 286 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 AC137127.1-201ENSMUST00000213466 1078 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Asph-201ENSMUST00000038564 1174 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Asph-205ENSMUST00000098275 1007 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Ube2j2-201ENSMUST00000024056 3483 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Dok4-201ENSMUST00000046461 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Opn4-202ENSMUST00000168444 2075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Dnajb5-201ENSMUST00000037872 3291 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Cadm1-204ENSMUST00000114548 4482 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Soga3-201ENSMUST00000092629 4105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Mars-201ENSMUST00000037290 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Agap1-204ENSMUST00000190096 4078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Gm16835-201ENSMUST00000140488 2809 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Cdkl3-203ENSMUST00000109076 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Gm9867-201ENSMUST00000192212 2647 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Kdelc2-201ENSMUST00000037853 3642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Prdm12-201ENSMUST00000113470 2471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Cacna1h-205ENSMUST00000159610 8230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Cacna1h-201ENSMUST00000078496 8220 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Gpc3-201ENSMUST00000069360 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Sh3rf3-205ENSMUST00000153031 5682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Cdk19os-202ENSMUST00000143103 1124 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Rfxap-204ENSMUST00000217267 696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Fbxo2-201ENSMUST00000047951 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Dmgdh-201ENSMUST00000048001 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Gprc5b-201ENSMUST00000008878 4518 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Spi1-201ENSMUST00000002180 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Gm13327-201ENSMUST00000133391 2741 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Fgfr2-215ENSMUST00000122054 3323 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Spdef-205ENSMUST00000167489 1708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Uts2r-201ENSMUST00000039044 1703 ntAPPRIS P1 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Rab11fip3-202ENSMUST00000120691 5103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Gm16867-201ENSMUST00000179116 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Pced1a-202ENSMUST00000110277 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Dnajc25-201ENSMUST00000095070 4023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Was-201ENSMUST00000033505 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Ltb4r2-201ENSMUST00000044554 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Kctd9-205ENSMUST00000152243 2528 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Nptx2-201ENSMUST00000071782 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 Cnksr1-201ENSMUST00000030645 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Rnf40Q3U319 B3gnt6-201ENSMUST00000098278 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 B230208B08Rik-201ENSMUST00000173049 404 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gm27801-201ENSMUST00000184174 223 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 1700016K19Rik-201ENSMUST00000066408 921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Plbd2-201ENSMUST00000031597 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Cend1-202ENSMUST00000124444 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.4 ms